Выборы в Боснии и Герцеговине дали четкий результат: победили три национальные партии: мусульмане — 40%, сербы — !/з, хорваты — ХА. Президентом стал мусульманин А. Изетбегович. Но компромисс в Боснии был шатким.
Союзная скупщина фактически утеряла законную базу, т. к. выборы в нее не были проведены. В начале 1991 г. судьба Югославии была мрачной. Словения быстро ликвидировала связи с центром. Основное напряжение коренилось в хорватско-сербских отношениях. В первые недели 1991 г. начались вооруженные столкновения из-за спорных территорий. Хорватское население стало покидать районы под сербской властью, сербы устремились в Сербию.
25 марта 1991 г. Милошевич и Туджман тайно встретились в Воеводине и договорились не препятствовать друг другу занять сербские и хорватские районы Боснии и Герцеговины. Но договориться о Краинах в Хорватии не удалось.
В апреле-мае 1991 г. на рубежах Сербской Краины в Хорватии спорадические перестрелки переросли в полномасштабную войну. И сразу же начались преступления против гражданского населения. Изгнание коренного населения из родных мест осуществлялось обеими воюющими сторонами. В апреле Хорватия стала спешно комплектовать армию. Частям югославской армии (ЮНА) вначале было приказано развести враждующие стороны, но фактически она вскоре перешла на сторону сербов. Хорватские подразделения вступали в бои с ЮНА.
Заключительная фаза развала югославского государства формально началась 25 июня 1991 г., когда Словения и Хорватия провозгласили полную независимость. Хорваты этим пока что ограничились, а вооруженные отряды территориальной зашиты Словении немедленно напали на части ЮНА, охранявшие границу с Италией и Австрией и не имевшие приказа открывать огонь. За 10 дней боев погибло шесть словенцев и 39 солдат ЮНА. Милошевич решил не препятствовать уходу Словении из Федерации. Под давлением ЕС было заключено перемирие. ЮНА согласилась покинуть Словению, а словенское правительство обязалось отложить окончательный разрыв с СФРЮ на три месяца. Но фактически Словения с июня 1991 г. стала независимой. Между тем в Хорватии уже шли ожесточенные бои. Туджман был в нерешительности. Ведь Хорватия была почти безоружной перед лицом ЮНА. 25 июня, объявив о независимости, хорватский сабор прокламировал широкие национальные права сербов. Через несколько дней сербам была обещана широкая политическая автономия в рамках Хорватии. Но было поздно. Сербы хотели во что бы то ни стало порвать с Хорватией.
Летом 1991 г. бои распространились на все области Хорватии, граничившие с Боснией, Черногорией и Воеводиной. В руках югославской армии и сербских повстанцев оказалась треть территории Хорватии. Ввиду блокады хорватами гарнизонов ЮНА в глубине страны бои переместились и в центральные районы Хорватии.
В этих условиях народ проникся мыслью о ведении справедливой отечественной войны. На Западе пришли к заключению, что сохрание Югославии невозможно, а выход — в признании новых республик. На эту эволюцию сильно повлияла Германия, с самого начала ставшая на сторону Хорватии и Словении. Иностранные дипломаты пытались остановить войну. В октябре 1991 г. ЕС объявило экономические санкции Югославии (фактически — Сербии и Черногории). Постепенно сербское руководство склонялось к отказу от плана захвата всей Югославии (кроме уже ушедшей Словении) в пользу идеи уменьшенной Югославии (состоящей из Сербии, Черногории, Боснии и Герцеговины, Македонии и областей Хорватии, захваченных местными сербами), а возможно, и без Македонии и Боснии (но при сохранении за Белградом сербских районов).
Главное внимание властей Милошевича переключилось на консолидацию сербских территориальных приобретений и их присоединение к Сербии. 19 декабря 1991 г. в Книне была провозглашена «Сербская Рее-публика Краина».
В 1991 г. резко обострилась ситуация в Боснии и Герцеговине. 15 октября 1991 г. боснийский парламент провозгласил суверенитет. Сербская часть (т. е. ‘/з депутатов) была против, покинула парламент и организовала свою скупщину.
23 декабря 1991 г. Хорватия, Словения, Македония и Босния и Герцеговина обратились в Европейский союз с просьбой о дипломатическом признании их независимости. 7 января 1992 г. Милошевич и Туджман согласились прекратить огонь. Уполномоченный ООН Сайрус Вэнс предложил план размещения «голубых касок» ООН в Хорватии для контроля над соблюдением мира. План был принят Белградом и Загребом. Кончился первый этап войны.