К назначенному для избрания дню все присутствующие митрополиты представляют в собрание запечатанные пакеты с именами кандидатов на патриаршество. Такие же пакеты присылают митрополиты, находящиеся в епархиях. После вскрытия пакетов имена всех указанных кандидатов вносят в особый список. При этом избиратели имеют право представлять своих кандидатов, если в пользу последних будет третья часть духовных членов собрания. Заготовленный список представляется правительству, которое имеет право не допускать до избрания неугодных ему лиц, о чем и извещает собрание в течение 24 часов. Затем начинается избрание. Сначала все избирают тайным голосованием троих из кандидатов. Потом из этих троих одни митрополиты и епископы избирают также тайным голосованием одного, который и объявляется патриархом. Об избранном патриархе немедленно доносят султану, который должен обязательно его утвердить. Султан лично принимает нового патриарха. Этими правилами полностью устранилось влияние турок на ход избрания патриарха, им оставалось только право отвода неугодных кандидатов. Эти правила ослабляли происки синодальных архиереев при избрании патриарха, т. к. в избрании принимали участие не только отсутствующие митрополиты, но и многие миряне.
Новые правила избрания были введены в 1860 г. В том году отказался от кафедры патр. Кирилл VII (1855-60). Синод, после утверждения правительством правил, провел выборы нового патриарха. Был избран Иоаким II (1860-63). Преемником его стал Софроний III (1863-67), Григорий VI (1867-71), Анфим VI (1871-73), Иоаким II (вторично по 1878 г.), Иоаким III (1878-84). Все они были избраны по новым правилам. Таким образом, теперь избрание патриарха есть дело духовенства и мирян, и является избранием церковно-народным. Права и преимущества патриарха остались те же. Изменилась только форма правления патриаршей власти.
Церковное имущество, в значительной мере конфискованное у Церкви еще при императорах, было полностью отнято турками. Единственным источником содержания духовенства остались сборы за совершение церковных треб. Но высшее духовенство по своему положению не могло пользоваться этим источником доходов. Пришлось прибегнуть к установлению пошлин и приношений в пользу высшего духовенства. Так, на содержание патриархии были установлены ставленные пошлины с митрополитов и епископов при их посвящении. Кроме того, были установлены пошлины с епископов в патриархию на епархиальные дела, приношения епископов новому патриарху при его посвящении, ежегодные сборы на его содержание; пошлины от духовных завещаний православных, умерших в Константинополе и засвидетельствованных патриархом; пошлины от имущественных исков, разбираемых патриархом. Кроме того, в пользу патриарха поступало имущество умерших митрополитов и епископов, не завещавших его никому.
На содержание епархиальных архиереев также были установлены пошлины с низшего духовенства, ежегодные сборы с церквей и духовенства при объезде ими епархий, приношения от духовенства при назначении на епархию, сборы с мирян, получающих наследство. Размеры всех этих пошлин были различны. На островах, где население было зажиточнее, и средства для духовенства были значительнее. Вообще же средства на содержание духовенства были ограничены, вследствие бедности православного населения. Особенно были ограничены возможности низшего духовенства, которое зачастую было вынуждено добывать средства существования посторонними занятиями - ремеслами, торговлей, и пр., что, естественно, пагубно сказывалось на его пастырском служении.
Остальные восточные патриархии
Александрийский патриарх начал испытывать нужду еще в 6-м в., когда коренные жители Египта, копты, образовали особую монофизитскую общину и отпали от Церкви. С того времени пределы патриархата значительно сократились. В его пастве остались только греки, проживавшие в Египте, да незначительно число арабов. С наступлением в 7-го веке мусульманского владычества в Египте сокращение продолжалось. К началу 20-го века в патриархате насчитывалось только от 14 до 20 тысяч человек, для которых имелось в разных местах 8 церквей и 2 монастыря - в Александрии и Каире. Сократилась и иерархия. Патриархат составляли - патриарх, митрополит Ливийский и епископ Фиваидский, носящие только титул, но кафедр не имеющие, несколько архимандритов, священников и пр. В 1850 г. в иерархии патриархии состояло только 26 лиц. Патриарх пребывал в Каире, куда патриархия была перенесена еще в 955 г. патр. Арсением. Здесь в 1839 г. на пожертвования из России устроена новая приличная патриархия и при ней храм. Средства на содержание все духовенство получало частично от своей паствы, но главным образом от принадлежавших патриархату нескольких монастырей в Румынии и подворья в Москве при храме св. Николая, пожертвованного ему еще в 1855 г. В общем, средства скудные. Иерархия по национальности греческая, но есть несколько священников арабов. Учебных заведений для подготовки духовенства нет. Иерархия не отличалась многосторонностью богословского образования, а верностью преданиям и правилам своего издревле православного патриархата, который занимает самостоятельное и независимое положение в ряду других Церквей. Попытки константинопольских патриархов поставить их в зависимость от себя успеха не имели. Константинопольский патриарх пытался поставить в 1845 г. на александрийскую кафедру одного из своих митрополитов, но александрийский клир с этим не согласился и избрал на патриарший престол своего архимандрита - Иерофея II.
Из александрийских патриархов замечательны: Иоаким I(1487-1565), управлявший 78 лет и отличавшийся святой жизнью. Мелетий Пигас (1588-1601), в свое время один из главных ревнителей православия на Востоке. Получив первоначальное образование в Падуанском университете, он, по возвращении на родину, принял монашество в одном критском монастыре. Потом на Синае и в клире Александрийской Церкви посвятил себя изучению св. Писания и церковных догматов по святоотеческому наследию. Его богословские познания были весьма обширны. Избранный патриархом, по указанию своего предшественника Сильвестра, Мелетий выступил ревностным борцом за православие против латинской пропаганды, усилившейся на Востоке и в западной России. Он писал сочинения, поучения, послания. В западную Русь он посылал своего экзарха Кирилла Лукариса. Мелетий отличался также строго благочестивой жизнью и мудростью в управлении. Когда константинопольская патриархия после Иеремии II пришла в крайнее расстройство, то тамошний Синод, не избирая нового патриарха, просил Мелетия принять на себя управление их Церковью со званием местоблюстителя. Он, насколько это было возможно в то тяжелое время, упорядочил дела патриархии.
Герасим Спарталиота (1621-30), ревнитель православия, с твердостью отклонивший попытки кальвинистов войти в общение с Александрийской церковью. В 1629 г. голландский посланник в Константинополе предложил ему, при условии объединения с кальвинистами, устроить в Египте училища и типографии за счет Голландии. Патриарх с достоинством ответил ему, что объединение с людьми иной веры есть не более, как ложный мир, который опаснее открытой войны. Относительно же училищ патриарх сказал, что оно имело бы полезное значение, если в них будут православные преподаватели догматов. Если же там будет хоть один иноверный учитель, то он не даст своего согласия на их открытие.
Иерофей I (1818-45) и Иерофей II (1847-58), отличавшиеся особой заботливостью о благоустройстве своего патриархата. Устройство новой патриархии, восстановление и украшение храмов, основание школ для начального обучения детей в православной вере, устройство больницы и приюта для престарелых, - все это сделано ими частично на средства, изысканные на месте, а главным образом - на пожертвования из России. По этому поводу Иерофей I писал искренние задушевные послания имп. Николаю I, русскому Синоду и другим.