В 1185г. болгары свергли греческое иго. Два брата, бояре Петр и Асень, восстановили царство, хотя и не в прежних пределах, со столицей в Тернове. Так как архиепископия находилась во власти греков, то, по распоряжению новых государей, в 1185-6 г. был поставлен болгарский архиепископ, с кафедрой в Тернове. Оказалось два автокефальных болгарских архиепископа - один в Византии, другой в Болгарии. Цари Петр и Асень и преемник их Иоанн Калиан (1195-1207) находились в неприязненных отношениях с Византией. Нуждаясь в признании другими государствами, Болгария завязала отношения с папой. На папском престоле был известный Иннокентий III. Он предложил царю Калияну короновать его, но с подчинением болгарской церкви папскому престолу. В 1204 г. папский легат короновал Калияна королевским венцом, а терновского архиепископа Василия возвел в звание примаса болгарской церкви. Но подчинение состоялось только на бумаге и в политических целях. Сношения с Римом вскоре прекратились.
После завоевания крестоносцами в 1204 году Константинополя, греческая империя ограничилась малоазиатскими владениями (Никейское государство). Болгарское же царство, при царе Асене II (1221-45), обладая большей частью Балканского полуострова, достигло высшей степени своего могущества. Вследствие этого греческий имп. Иоанн Дука (1222-55) просил руки дочери Асеня для своего сына. Используя такое положение, Асень добился того, что император и патриарх константинопольский, с другими патриархами, предоставили тер-новскому архиепископу титул патриарха, после чего он стал именоваться, как и архиепископы первого царства, патриархом. Первым патриархом, посвященным в Лемсаке в 1234 г., был Иоаким I. В последующие времена константинопольские патриархи, признавая за тернов- скими архиепископами автокефальные права и патриарший титул, все-таки не признавали их равными себе.
В пятидесятых годах 14 в., при патриархе Феодосии II, в Тернове состоялся собор по поводу ереси богомилов, продолжавшей еще смущать болгарскую Церковь и после формального суда над еретиками во время владычества в Болгарии греков. Последним патриархом во второй половине 14 века был Евфимий. Он известен не только своей ревностной пастырской деятельностью, но и особенными своими трудами по исправлению богослужебных книг. Исправленные патр. Евфимием "добрые терновские изводы" разошлись не только по Болгарии и Сербии, но были принесены и в Россию.
В 1393-98 гг. Болгария пала под оружием османских турок, еще раньше утвердившихся на Балканах, а вместе с ней окончилось и существование терновского патриархата. Последний патриарх Евфимий, после взятия Тернова, был изгнан из своей соборной церкви, обращенной турками в мечеть, а затем в скором времени сослан в заточение. Патриархия, стараниями греков, была закрыта и все ее епархии подчинены константинопольскому патриарху. Охридская же архиепископия, став греческой, осталась автокефальной как до падения Византийской империи (1453 г.), так и после него. Только в 18 веке патриарху Самуилу I удалось (1767 г.), подчинить ее своей власти.
Греки, сами страдая от турок, не стеснялись умножать страдания болгар. Они отняли у них национальную иерархию. Греки-епископы, преследуя свои интересы, делали все, чтобы только подавить болгарскую народность, не говоря уже о поборах и вымогательствах. Испытывая двойной гнет и не имея своего объединяющего центра, которым мог быть терновский патриарх, болгары в течение 400-летнего рабства стали утрачивать свое национальное сознание. Некоторые принимали мусульманство и примыкали к туркам. Некоторые, главным образом в городах, усваивали греческую народность и её язык. Богослужение в городах и многих сёлах совершалось на греческом языке. Болгарской письменности почти не существовало. Известны только некоторые труды болгар. В 1762 г. хиландарский монах Паисий, родом болгарин из Самокова, написал книгу: "История славяноболгарска о народах, и о царях, и о святых болгарских", в которой приводятся из тьмы забвения факты минувшей славы болгарского народа, как предмет, достойный памяти и подражания. Ученик Паисия, Софроний, еп. Врачанский (1815 г.), издал на новоболгарском языке: "Собрание поучений, переведенных со старославянского и греческого языка" (Кириако-дромион, Рымник, 1806 г.), которая тоже указывала на живучесть болгарской народной речи, заслужившей внимание и сочувствие своего народа (Прав. Богослов. Энциклопедия). Среди деревенских жителей еще сохранялась болгарская национальность, но вследствие забитости и притеснений со всех сторон национальное сознание у них было развито слабо.
В 19 веке христианские народности, подвластные Турции, мало-помалу, при содействии России, начали приобретать политическую и религиозную независимость. Началось движение в пользу национального возрождения, затронувшее и церковный быт. После "гатти-гумаюна" 1856 г. болгары, основываясь на нем, просили о назначении епархиальным архиереям определенного жалования, взамен тех податей и поборов, которыми их облагали архиереи-греки. Правительство передало это дело константинопольской патриархии, которая отказала болгарам в их просьбе. Не имела успеха и просьба болгар иметь им архиереев-болгар по выбору патриархии. После этого раздраженные болгары решили формально отложиться от константинопольского патриарха.
В 1860 г., 3 апреля, в первый день Пасхи, во время торжественного богослужения в церкви при болгарском подворье, депутаты и болгары, проживавшие в Константинополе, за- претили еп. Илариону (из огречившихся болгар, не принявшему сторону болгарской народности), возношение при богослужении имени константинопольского патриарха. С этого времени и началась греко-болгарская распря. В самой Болгарии часть епископов из болгарских уроженцев также примкнули к национально-церковному движению. Архиереи же греки удалились из епархий и лишились власти. Турецкое правительство отправило епископов, отложившихся от патриарха, в ссылку в Малую Азию, откуда они через некоторое время были возвращены.
Между тем переговоры и совещания между правительством, патриархией и болгарскими депутатами об устройстве церковных дел в Болгарии не прекращались. Патриархия, мечтая о возобновлении Византийской империи, желала сохранить для нее болгар, чего не могло быть при получении ими политической и религиозной самостоятельности. В 1867 г. патр. Григорий VI решился сделать важную уступку болгарам, устроив болгарский экзархат, под иерархической властью константинопольского патриарха, (куда бы вошли 13 епархий). Болгары требовали автокефального управления для всех болгарских епархий. Крайние эллинические тенденции греческих представителей при переговорах затрудняли попытки патр. Григория, но он продолжал и дальше искать пути к примирению. Полная неудача в этом заставила его покинуть патриарший престол. Преемником его был 82-летний старец Анфим VI, который при своем избрании обещал привести к соглашению обе православные народности. Но его принудили подчиниться крайним поборникам эллинизма, не соглашавшимся на церковную независимость болгар.
Турецкое правительство решило само покончить с этим спором. В 1870 г., 27 февраля, султан издал фирман об устройстве церковных дел в Болгарии. Было предложено устроить самостоятельный экзархат для всех болгарских епархий; смешанные епархии могли к нему присоединиться, если этого пожелают две трети. Патриархия этого фирмана не приняла. Болгары же, с разрешения турецкого правительства, в 1872 г. торжественно провозгласили независимость болгарской церкви от константинопольского патриарха. Первым экзархом был избран виддинский митрополит Анфим, родом болгарин, но получивший греческое образование и до того состоявший в греческой партии. 2 апреля он получил от турок берат.
Патр. Анфим VI не согласился на церковную независимость болгар. Созванный им в 1878 г. собор предал отлучению как болгарского экзарха и епископов, так и всех имеющих с ними общение. На этом соборе, провозгласившем болгарскую "схизму", присутствовали патриархи Константинопольский, Александрийский и Антиохийский. Иерусалимский патриарх Кирилл оставил соборные заседания и отбыл в Иерусалим.
Болгарский экзархат все же организовался и в 1873 г. состоял уже из 15 митрополий, не считая епископий. Во время русско-турецкой войны болгарский экзарх Анфим был низложен турками и заточен. После окончания войны он был возвращен и занял снова свою виддинскую кафедру, скончавшись в 1889 г. Экзархом еще в 1877 г. был назначен ловчанский митрополит Иосиф. После войны Болгария получила и политическую независимость.