На патриарший престол против своей воли был возведен Фотий в 857 г. Ему было около 60 лет (его брат был женат на сестре имп. Феодоры), он отличался любовью к наукам и образованностью, некогда учил имп. Михаила и Константина Философа, в последнее время был первым секретарем в государстве. В несколько дней он прошел степени чтеца, диакона, священника и, наконец, был посвящен во епископа. По посвящении, Фотий дал собору епископов письменное заверение, что он неповинен в низложении Игнатия и всегда будет относиться к нему с уважением. Игнатий же наложил отлучение на всех, кто не будет признавать его патриархом. В 859 году местный собор в Константинополе признал поведение Игнатия неодобрительным и утвердил Фотия на престоле. Несмотря на ходатайства Фотия, начались преследования сторонников патр. Игнатия, которые (их называли "акрибийцами") считали необходимым вести беспощадную борьбу с иконоборцами. На стороне Фотия были так называемые "экономы", стоявшие за снисходительное отношение к еретикам. Вражда все более обострялась.
Для прекращения этих церковных беспорядков имп. Михаил, по совету Варда, решил созвать большой собор и пригласить на него папу Николая 1-го.
Собор был назначен в Константинополе в 861 г. Папе были отправлены пригласительные письма от императора и патриарха. Хотя в своем письме к папе император скрыл настоящую цель собора, Николай знал уже об этих иерархических смутах, и так как он стремился к осуществлению лжеисидоровских декреталий о папском всевластии, то поспешил воспользоваться этим случаем, чтобы сделаться судьей восточной церкви. Он отправил на собор двух легатов и с ними письма к императору и Фотию. Императору, между прочим, он надменно писал, что тот будто бы поступил вопреки церковным правилам, низложив одного патриарха и поставив другого, без ведома его, папы; а Фотия обличал в честолюбии и незаконном принятия патриаршего сана, так как церковные законы запрещают возводить мирян сразу на все церковные степени; причем прибавлял, что он до тех пор не признает его патриархом, пока его легаты не разберут всего дела.
В 861 году в Константинополе, действительно, состоялся собор в присутствии папских легатов. Но здесь, вопреки ожиданиям папы, восточные отцы действовали независимо от его влияния. Игнатий был признан низложенным, а Фотий законным константинопольским патриархом. Определения собора были отправлены с легатами к папе для сведения. Фотий присоединил к этому еще и свой ответ на письмо папы, в котором с достоинством объяснял, что он принял патриарший сан не по честолюбию, что он его не искал, а его заставили стать патриархом. Относительно же нарушения правил Фотий ответил, что эти правила есть постановления местных церквей и необязательны для константинопольской, и что даже западная церковь допускает такое поставление. Кроме того, Фотий заметил папе, что, заботясь о церковном мире, папа сам его нарушает, так как принимает в общение беглых духовных лиц константинопольского патриархата, не имеющих представительных грамот. Николай был крайне недоволен исходом дела на соборе и письмом Фотия. Он, может быть, и признал бы Фотия патриархом, если бы не увидел в нем твердого противника своим притязаниям на главенство в Церкви. Теперь он решается начать борьбу с восточной церковью, рассчитывая низложить Фотия и затем подчинить своему влиянию восточные церкви, как были подчинены западные. С этой целью он написал имп. Михаилу письмо, в котором, принимая тон судьи, высказывал, что он не признает определений собора относительно Игнатия и Фотия, что он поручал своим легатам только разобрать дело, а не решать, что теперь он объявляет Фотия лишенным патриаршего сана, а Игнатия приказывает возвести, без всяких исследований, на престол и тому подобное. В письме к Фотию папа опять доказывал незаконность его поставления в патриархи, и что если у них нет запрещающих правил, то они имеются в Римской церкви, которая есть глава всех церквей и все должны исполнять ее постановления.
Затем папа созвал в Риме собор (862 г), из своих епископов, предал на нем проклятию Фотия и восстановил Игнатия. Кроме того, он разослал еще окружное послание ко всем восточным епископам, приказывая им прекратить общение с Фотием и сноситься с Игнатием. В Константинополе, конечно, не послушались папы. Император послал ему резкое письмо, в котором не стесняясь высказал ему горькую истину, что он, папа, вмешивается не в свое дело и что константинопольская церковь не признает за ним права быть главой и судьей Вселенской Церкви. Папа ответил таким же резким письмом - и разрыв между церквами начался.
Вопрос об управлении болгарской церковью еще более усилил неприязненные отношения между двумя церквами. Как известно, болгарский царь Борис принял крещение в 864 г. Начали креститься и его подданные. Первыми проповедниками христианства в Болгарии были греческие миссионеры, как и первая иерархия епископы и священники. Опасение подпасть под политическую зависимость вместе с религиозной от Константинополя, побудило Бориса искать церковного союза с Римом, тем более что римские проповедники уже проникли в Болгарию. Борис отправил (865 г.), посольство к папе Николаю 1-му и просил прислать в Болгарию латинских священников. Николай был обрадован таким предложением и послал латинских епископов и священников. После этого греческая иерархия были изгнана из Болгарии и ее место заняла латинская. Папские епископы и духовенство стали вводить во вновь создаваемые церкви свои заблуждения. Так, они вновь миропомазывали новокрещенных болгар на том основании, что прежнее недействительно, установили пост в субботу вместо среды, разрешили есть молочные продукты в первую неделю Великого Поста; женатых греческих священников называли незаконными, учили об исхождении Святого Духа и от Сына и тому подобное. Такое самоуправство папы и поведение латинского духовенства в Болгарии произвело плохое впечатление в Константинополе.
Фотий собрал поместный собор, осудил все римские заблуждения и сообщил об этом окружным посланием всем восточным патриархам, приглашая их на новый собор для рассмотрения вопросов о заблуждениях Римской церкви. Собор открылся в Константинополе в 867 г. На нем присутствовали местоблюстители восточных патриархов, много епископов и сам имп. Михаил с новым кесарем, Василием Македонянином. Фотий основательным образом раскрыл перед собором все заблуждения Римской церкви и предложил свергнуть с престола папу Николая, о чем было решено просить западного императора Людовика. Споры между церквами очень скоро приняли другой оборот. Император Михаил 3-ий был убит, благодаря интригам Василия Македонянина, который сам стал императором. В его политические расчеты не входил разрыв с папой, поэтому он решил низложить Фотия и восстановить Игнатия. В Рим, к папе было отправлено унизительное для восточной церкви письмо. Василий Македонянин сам подчинял восточную церковь папе, отдавая ему на суд Фотия и прося утвердить Игнатия. Николай не дожил до такого торжества, - он умер до приезда посольства.
Адриан 2-ой, новый папа, поспешил воспользоваться обстоятельствами, так хорошо сложившимися для римской кафедры. Он созвал (868 г.), в Риме собор, предал Фотия и его приверженцев проклятию, публично сжег определения Константинопольского собора (867 г.) против Николая, присланные ему Василием Македонянином, и затем отправил в Константинополь своих легатов, чтобы окончательным решением дела Фотия и Игнатия там доказать свою власть. В Константинополе в 869 году состоялся собор, считающийся на западе восьмым вселенским. На нем Фотий был низложен и предан проклятию, а Игнатий восстановлен, но что всего хуже, на этом соборе восточная церковь согласилась на все требования папы и подчинилась ему. Легаты, заправлявшие делами собора, толковали только о главенстве папы в духе лжеисидоровских декреталий и постарались даже провести такого рода определение, что даже вселенский собор не имеет права составлять определений против папы. Греческие епископы только после собора поняли, какую ошибку они сделали. Когда легаты представили императору соборные акты, он сначала отобрал их, но потом возвратил. Зато в вопросе о болгарской церкви восточные епископы и даже патриарх Игнатий оставались непреклонными.