Папы Виктор III (1086-87), Урбан II (1088-99) и Пасхалий II (1099-1118), управлявшие Римской церковью после Григория, были его учениками и старались осуществлять его планы. Поэтому борьба императоров за инвеституру продолжалась. Они требовали уничтожения инвеституры, подвергали императоров отлучению от церкви, составляли против них политические союзы. Генрих IV и сын его Генрих V приходили с войсками в Италию и изгоняли пап из Рима, восстанавливая антипапу Климента. Особенно решительно боролся с имп. Генрихом IV папа Урбан II (1088-99). Ему удалось даже в 1092 г. настроить против Генриха его сына Конрада, восемь лет после этого управлявшего в Ломбардии и Тоскане. Урбан II своей проповедью о крестовом походе в Пьяченце и Клермоне (во Франции) возбудил фанатическое воодушевление в народных массах и сумел воспользоваться этим для своих целей. В 1096 г. крестоносцы, отправлявшиеся через Италию, помогли ему изгнать из Рима Климента и усмирить римских вельмож, державших сторону императора. Урбан занял папский престол в Риме. Преемнику Урбана Пасхалию II удалось совершенно вытеснить из Римской области антипапу Климента, в том же году умершего. Генрих IV ничего не смог сделать с Урбаном II. Защитой папы против императора служили владения маркграфини Матильды, загораживавшие Рим с севера, и поддержка норманнов в южной Италии. В старости Генриху IV пришлось воевать с сыном Генрихом. В 1106 г. их войска встретились на Рейне. Генрих IV внезапно умер. Сына против отца настроил папа Пасхалий, писавший ему льстивые письма с просьбой "оказать помощь церкви Божией".
Генрих V сначала пошел по стопам отца. Маркграфиня Матильда умерла, завешав свои громадные имения Римскому престолу. Генрих V не хотел допускать такого усиления светских владений папы и продолжал настаивать на праве императора давать инвеституру высшему духовенству германского и итальянского королевств. Хотя он и занимал Рим, но непрочность его положения в Германии опять сослужила папам великую службу. Обе стороны утомились в борьбе. При папе Каллисте II (1118-24) на сейме в Вормсе был заключен папой выгодный для него договор с императором Генрихом V и германскими князьями. В 1122 г. на основании Вормского конкордата, папе, как духовному лицу, была предоставлена духовная инвеститура, т. е. право избирать и посвящать епископов и аббатов, согласно церковным законам, вместе с вручением им кольца и жезла. Императору, как светскому главе, предоставлена была инвеститура светская, т. е. право раздавать тем же епископам и аббатам княжеские права, владения и пр., беря с них ленную присягу. На время прекратились споры и беспорядки, разъединявшие западный христианский мир.
Борьба пап с государями
Стремясь к осуществлению теократических планов папы Григория VII, последующие папы вступили в борьбу с государями за верховное господство церкви над государством. Так, Иннокентий II (1130-43) начал открыто заявлять, что императоры свое достоинство получают как лен от папы. То же объявил папа Адриан IV (1154-59) в письме к императору Фридриху I Барбароссе (1152-90) из дома Гогенштауфенов.
По этому вопросу началась борьба пап с Гогенштауфенами, длившаяся почти столетие. Фридрих Барбаросса в 1158 г. пришел в Италию, желая ограничить притязания папы Адриана. Им был созван сейм, на котором он доказывал, что подчиняться императору должны и епископы и что сами папы, если пользуются светской властью, то не по божественному праву, а по распоряжению королей, давших им эту власть. Вскоре при выборе преемника папы Адриана мнения кардиналов разделились. Одни выбрали Александра III (1159-81), противника императора, другие - Виктора IV (1159-64), его сторонника. Фридрих воспользовался этим обстоятельством, чтобы подчинить своему влиянию пап. Он созвал собор и потребовал, чтобы оба папы явились на разбирательство. Александр на собор не явился и предал отлучению Виктора и Фридриха. Император тогда изгнал из Рима Александра в 1167 г и посадил нового папу, Пасхалия. Александр, опираясь на поддержку ломбардских городов, не сдавался. Когда дела Фридриха в Италии сложились неблагоприятно, он в 1177 г. помирился с Александром, на условиях, выгодных для папы.
Преемники папы Александра не были настолько сильны, чтобы противостоять Фридриху Барбароссе и его преемнику, Генриху VI (1191 г.). Последний, при помощи брака с Констанцией, единственной наследницей сицилийской короны, присоединил к своим владениям норманнское королевство обеих Сицилии и сделался повелителем всей Италии. Папы были сильно стеснены даже в самом Риме, где распоряжался императорский префект.
Со смертью в 1197 г. Генриха V, который оставил после себя малолетнего сына, Фридриха, положение изменилось. Правительницей Сицилии стала Констанция, а в Германии князья решил выбрать нового императора. На папский престол вступил Иннокентий III (1198-1216), один из выдающихся политиков своего времени. Он поставил задачей осуществить во всей полноте теократические планы папы Григория VII и успел поставить папство на такую высоту, на которую оно ни прежде, ни потом не восходило. После вступления на престол он заставил присягнуть себе префекта Рима, назначенного императором, и этим уничтожил императорскую власть над Римом. Сделав то же в других городах церковной области, Иннокентий образовал самостоятельное папское государство. Восстановив против императорской власти остальные итальянские города, обеспечив себе их поддержку, папа взялся за Сицилию. Удачно для него было то, что Констанция сама просила Иннокентия утвердить за ней и ее сыном, Фридрихом, владение Сицилией как леном папского престола. Перед смертью (1198 г.). Констанция завещала папе опеку над сыном. Иннокентий управлял Сицилией. В Германии в это время шла борьба за императорский престол, и оба претендента обратились за помощью к папе. Иннокентий возложил корону в 1209 г. на Отгона Саксонского. Получив ее в Риме, Отгон нарушил свое обещание охранять все права папы и расширить его владения в Италии. Он объявил многие из папских владений императорскими ленами и напал на Сицилию. Тогда Иннокентий III отлучил Отгона от церкви (1210 г.), и объявил лишенным императорского достоинства. Папа предложил германским князьям избрать императором своего воспитанника Фридриха II, который и стал императором.
Иннокентий III проявил свою власть и во Франции, в Португалии и в Англии. В последней ему пришлось выдержать борьбу с английским королем Иоанном Безземельным. Король не пожелал в 1207 г. принять кардинала Стефана Лангтона, назначенного папой архиепископом Кентерберийским. В результате борьбы папа отлучил в 1209 г. Иоанна и затем лишил его в 1212г. престола. Народ не любил короля за жестокость. В Англии начались восстания. Иоанн смирился, принял Лангтона и признал даже себя ленником папы, с обязательством уплачивать ему ленную подать.