При Иннокентии образовалась Латинская империя и власть его, и влияние распространилось на значительную часть Востока. Свое блестящее управление Иннокентий заключил четвертым Латеранским собором (1215 г.), на котором, кроме множества епископов, аббатов, приоров, присутствовали многие из государей западной Европы.
После смерти Иннокентия императорская власть опять взяла перевес над папством. Фридрих II начал постепенно восстанавливать свою власть в Италии. Он не отделял, как хотел Иннокентий, сицилийской короны от германской. Второй преемник Иннокентия, папа Григорий IX (1227-42), пытался удалить Фридриха из Италии и требовал выполнения обещания крестового похода. Фридрих двинулся в Палестину, но вскоре вернулся, т. к. в его войсках начались болезни. Папа предал его отлучению за непослушание. Фридрих, не обращая на это внимания, без разрешения папы, совершил в 1228 г. пятый крестовый поход, временно отобрал у турок Иерусалим и возложил на себя иерусалимскую корону, вследствие бракосочетания с Иолантой, наследницей иерусалимского королевства. После возвращения в 1229 г. Фридрих временно примирился с папой, недовольным и его успехами, и возвращением. Вскоре между ними началась страшная вражда. Фридрих стал отбирать папские владения. Григорий IX в 1239 г. снова предал его отлучению. Фридрих отправил послание к князьям и кардиналам, в котором называл Григория врагом всех государей и обещал вскоре освободить всех от папской тирании. Папа в ответ направил им всем послание, в котором выставлял Фридриха неверующим. Император подступил к Риму в 1240 г. Папа тогда назначил собор на 1241 г., рассчитывая на французских епископов, как не подчиненных Фридриху; а тот, в свою очередь, захватил в плен ехавших из Франции епископов. Заняв Рим, он пленил и папу, который не выдержал такого гнета и скончался в 1241 г. Преемник его, Целестин IV, прожил всего три недели после избрания. Два года престол оставался незанятым по случаю раздора между кардиналами. В 1243 г. папой был избран Иннокентий IV (1243-54), который продолжал борьбу с Фридрихом. Папа, удалившись в Лион, собрал там собор в 1245 г., проклял на нем Фридриха, как еретика и святотатца, и объявил его лишенным престола, предложив германцам и сицилийцам выбрать нового государя. Не окончив борьбу с Иннокентием IV, Фридрих II умер в 1250 г. Иннокентий, узнав об этом, с восторгом объявил о его смерти всему миру, как о событии радостном для неба и земли.
Дети Фридриха, Конрад IV и Манфред, занялись упрочением императорской власти, первый - в Германии, второй - в Неаполе и Сицилии. Конрад скоре умер, оставив сына Конрадина. Как Иннокентий, так и его преемники, вели борьбу с Гогенштауфенами. Для вытеснения их из Неаполя и Сицилии, папы противопоставили им французского принца Карла Анжуйского, который, по их приглашению, явился в Италию с крестоносным ополчением. В этой борьбе Манфред был убит, а Конрадин, взятый в плен, был казнен Карлом в Неаполе (1268 г.), не без ведома папы Климента IV (1265-68.).
Упадок папского могущества
После столетий упорной борьбы с враждебным домом Гогенштауфенов, папство одержало над ним полную победу. Но эта победа была началом падения самого папства. Карл Анжуйский, обязанный папам своим владычеством над Неаполем и Сицилией и надававший им много обещаний, стремился теперь занять в Италии такое положение, какое занимали германские императоры. Папы должны были употребить все усилия, чтобы ослабить его власть. Папа Николай III (1277-80) заключил против него союзы с германским и византийским императорами, а перед смертью подготовил против него восстание в Сицилии, известное под названием Сицилийской вечери. Несмотря на это, Карл успел приобрести такое влияние в Италии, что в 1281 г. настоял на избрании преданного ему папы Мартина IV (1281-85). Но гораздо опаснее для папства был другой его противник, французский король Филипп Красивый (1285-1315). Он отвергал установившее было за папами право вмешиваться в светские дела других государств. Им был нанесен первый жестокий удар папе Бонифацию VIII (1294-1303). Филипп вел борьбу с Англией. Папа предложил свое посредничество, которое Филипп, не желая вмешательства папы, отверг. Папа пришел в негодование, узнав, что Филипп, для покрытия военных расходов, обложил податями французское духовенство. В 1296 г. папа издал буллу, в которой, (не называя Филиппа) грозил отлучением от церкви всем мирянам, налагающим подати на духовенство, и всем духовным лицам, платящим подати. Король на это ответил запрещением вывозить из Франции драгоценные металлы. Вследствие этого папа терял свои доходы во Франции, отчего и пошел на уступки. Духовенству не запрещалась делать добровольные пожертвования на нужды государства. Состоялось примирение, и Филипп даже принял предложение папы о посредничестве в переговорах с английским королем. Но вскоре обнаружилось, что папа, в роли третейского судьи, поддерживает английского короля. Вражда возобновилась, и борьба Филиппа с Бонифацием обострилась до крайности. В 1301 г. папский легат, французский епископ, говорил с королем так дерзко, что тот велел его арестовать, не обращая внимания на требование папы передать это дело ему на суд. Папа с негодованием писал королю: "Бойся Бога и сохраняй Его заповеди. Желаем, чтобы ты знал, что в духовных и временных делах ты починен нам... Думающих иначе мы считаем еретиками". В другом письме он предлагал Филиппу с французским духовенством прибыть в Рим, или прислать уполномоченных для объяснений по этим делам. Филипп сжег оба письма и так ответил папе: "Да знает твоя величайшая глупость, что во временных делах мы не подчиняемся никому... Думающих иначе мы считаем безумными". Филипп созвал в 1302 г. депутатов всех сословий, которые высказались, как и король, против папы и торжественно заявили, что король получил корону непосредственно от Бога, а не от папы. С этим согласилось и французское духовенство. Бонифаций ответил на это собором в Риме, осудившем действия французов и буллой "унам санктам" (начальные слова), в которой с полной определенностью развил систему Григория VII. Он говорил: "Христос вручил церкви два меча, символ двух властей - духовной и светской. И та, и другая власть установлены в пользу церкви. Духовная власть находится в руках папы, а светская - в руках королей. Духовная выше светской, как душа выше тела. Поэтому, как тело находится в подчинении у души, так и светская власть должна находиться в подчинении у духовной. Только при этом условии светская власть может с пользой служить церкви. В случае злоупотреблений светской власти она должна быть судима властью духовной. Духовная же власть никем не судится. Отделять светскую власть от духовной и признавать ее самостоятельной, значит вводить дуалистическую ересь - манихейство. Напротив, признавать за папой всю полноту духовной и светской власти, значит признать необходимый догмат веры".
На эту буллу Филипп отвечал новым собранием представителей государств, на которое юрист Вильгельм Ногаре обвинил папу в разных преступлениях и предложил уполномочить короля арестовать его для суда. Бонифаций не выдержал более; в 1303 г. он проклял Филиппа, наложил на Францию интердикт и отрешил все французское духовенство. Филипп собрал третье собрание. Здесь его ловкие юристы обвинили Бонифация в симонии и других преступлениях, даже не существовавших, напр., в волшебстве, вследствие чего было решено немедленно созвать вселенский собор в Лионе для суда над папой и для оправдания короля. Между тем Вильгельму Ногаре было поручено арестовать Бонифация и представить на собор. Ногаре отправился в Италию; к нему присоединился еще один давний враг папы, кардинал из рода Колонна, изгнанный Бонифацием при вступлении на папство. Посланные нашли папу в городке Ананьи, Чтобы обезоружить своих врагов, он встретил их, сидя на престоле и в полном папском облачении. Но те, не обратив на это внимания, арестовали папу и в его же доме и так грубо и жестоко обращались с ним, что он, освобожденный через три месяца жителями Ананьи, по возвращении в Рим, сошел с ума и вскоре умер (1303 г.).
Преемник Бонифация, Бенедикт XI, сознававший, что его предшественник действовал слишком круто, старался примириться с Францией; но он через восемь месяцев умер (1304 г.). При выборе нового папы кардиналы разделились, - стоявшие за французские интересы желали видеть на престоле француза, преданные же интересам Бонифациева папства - итальянца. Наконец, французская партия взяла перевес. Папой был выбран архиепископ бордосский Бертран, принявший имя Климента V( 13 05-14). Филипп Красивый, имевший влияние на выбор, взял с нового папы клятву отменить все распоряжения Бонифация относительно него, осудить Бонифация и уничтожить орден тамплиеров. Опасаясь встретить неприятности в Риме за свою уступчивость Франции, Климент решил остаться навсегда во Франции, вызвал туда кардиналов и в 1309 г. утвердил свое местопребывание в Авиньоне. Здесь папы находились до 1377 г., и это почти семидесятилетние пребывание их в Авиньоне известно в истории под названием авиньонского пленения пап. Авиньонские папы, начиная с Климента V, попали в полную зависимость от французских королей и действовали под их влиянием. В то же время они вели жизнь, недостойную звания верховных первосвященников, чем еще больше ослаблялось их влияние. При всем том, авиньонские папы стремились играть роль всемирных повелителей, если не во Франции, то в других государствах. Но это им не удавалось.