Недолго, однако, представители иудейства, заседавшие в синедрионе, следовали благоразумному совету Гамалиила, вскоре они подняли настоящее гонение не только на апостолов, но и на всех вообще верующих8. Они начинали уже понимать, что из последователей Христовых образуется совершенно особое, самостоятельное религиозное общество, которое может поколебать все иудейство, а главное, подорвать их авторитет. Повод к гонению был следующий. Силе апостольской проповеди иудейские законоучители захотели противопоставить свою мудрость. И вот, некоторые из них вступили в спор со Стефаном, одним из семи диаконов, о христианском учении и законе Моисеевом, «но не могли противостоять мудрости и Духу, Которым он говорил». Вследствие этого они сильно озлобились на Стефана, схватили его и привели в синедрион. Здесь наученные ими ложные свидетели обвиняли его в том, что будто бы он говорил хульные слова на святое место сие и на закон, ибо он говорил, что Иисус Назорей разрушит место сие и переменит обычаи, которые передал Моисей. В свою защиту Стефан сказал пред синедрионом речь, в заключение которой обличил самих иудеев в несохранении закона Моисеева и убиении Мессии, о Котором предсказал Моисей. Слушая его, члены синедриона «рвались сердцами и скрежетали зубами». Когда же Стефан, исполнившись Святого Духа, воззрев на небо, воскликнул: «Вот я вижу небеса отверстые и Сына Человеческого, стоящего одесную Бога!», они с яростью бросились на него и, выведши за город, побили его камнями. Стефан до самой своей смерти молился за своих убийц. Это событие относят к 36 году по Рождестве Христовом. Мученическою смертью Стефана началось открытое преследование верующих в Иерусалиме. Их отыскивали по домам, заставляли хулить имя Иисуса, заключали в темницу и после суда многих предавали смерти. Особенною ревностью при этом отличался один юноша, по имени Савл, родом из Тарса. Еще в убиении первомученика Стефана он принимал некоторое участие, охраняя платье бросавших камни убийц и ободряя их; когда же началось преследование верующих, он не только отыскивал их и заключал в темницу, но и подавал свой голос за убиение их9. Спасаясь от преследований, верующие бежали из Иерусалима и рассеялись по всей Иудее и соседним странам. Апостолы, однако, оставались в Иерусалиме.
Рассеяние верующих из Иерусалима послужило на пользу Церкви, так как они сделались распространителями Христова учения во всех тех местах, через которые проходили из Иерусалима или в которых поселялись на жительство. Одни из них проповедовали в Иудее и Самарии, другие же прошли с проповедью Евангелия даже до Финикии, Кипра и Антиохии; впрочем, все они распространяли учение Христово только между иудеями, самарянами и пришельцами правды10. Так, один из семи диаконов, Филипп, пришел в Самарию и проповедовал жителям ее о Христе. Свои слова он подтверждал чудесами, изгоняя нечистых духов из одержимых ими и исцеляя расслабленных и хромых. «Народ единодушно внимал тому, что говорил Филипп, слыша и видя, какие он творил чудеса». Следствием проповеди Филиппа было то, что многие из самарян крестились; между прочими крестился некий Симон, который перед тем волхвовал и изумлял народ самарийский, выдавая себя за кого-то великого. Находившиеся в Иерусалиме апостолы, услышав, что самаряне уверовали во Христа, послали к ним Петра и Иоанна, чтобы низвести на них Святого Духа. Петр и Иоанн, пришедши в Самарию, возложили на новокрещенных руки, и они получили благодатные дары Святого Духа. Симон волхв, видя, что чрез возложение апостолами рук подается Дух Святой, предложил им деньги с просьбою дать и ему такую же власть низводить Святого Духа. Симон крестился не по убеждению, а с тайною целью получить возможность творить чудеса, чтобы еще более изумлять народ, почему и обратился к апостолам с такой просьбой; как маг он считал апостолов своими собратьями, только более его искусными. Апостол Петр ответил ему: «Серебро твое да будет в погибель с тобою, потому что ты помыслил дар Божий получить за деньги. Нет тебе в сем части и жребия». На возвратном пути в Иерусалим апостолы Петр и Иоанн прошли с проповедью Евангелия по многим Самарийским селениям, а диакон Филипп, по указанию ангела, отправился на дорогу из Иерусалима в Газу и, встретивши здесь одного вельможу эфиопской царицы, приезжавшего в Иерусалим на поклонение и возвращавшегося домой (очевидно, последний был пришельцем правды), обратил его ко Христу и крестил11. В это же время один из 70-ти учеников Спасителя, Анания, пришел в Сирию и положил начало Церкви в Дамаске. Вообще, при посредстве рассеявшихся из Иерусалима верующих христианские общины появились на пространстве всей Палестины и отчасти в Сирии.