Во время великого переселения народов вся тяжесть бедствий ложилась преимущественно на западные Церкви. Между тем и восточные Церкви страдали очень много именно от персов. Войны между Персией и Восточной империей были очень часты, и перевес по большей части был на стороне персов. Особенно бедственно было для Церкви нашествие персов на империю в начале VII века. Персидский царь Хозрой II вступил с большим войском в восточные пределы империи и прошел даже до Халкидона (616 г.). В покоренных областях христиане были преследуемы со страшной жестокостью. Палестина и Иерусалим особенно пострадали в это время. При взятии Иерусалима (614 г.) погибло много клириков, монахов и монахинь, церкви, и в том числе храм Воскресения, разграблены, разрушены или сожжены, церковные сосуды расхищены, даже древо Креста Господня сделалось добычею персов. Иерусалимский патриарх Захария со многими тысячами христиан отведен был в плен. Вместе с персами на погибель христиан соединились палестинские иудеи; они выкупили несколько тысяч пленных христиан и умертвили их. Такая же участь постигла и окрестности Иерусалима. Например, лавра святого Саввы Освященного была разграблена и разрушена, многие монахи ее умерли смертью мучеников. Только император Ираклий, разбив персов наголову (628 г.), положил конец их жестокостям. Все христианские пленники, в том числе и престарелый патриарх Захария, были возвращены, равно как было возвращено и древо Креста Господня.
В то время как Ираклий освобождал восточные Церкви от одних врагов, из Аравии поднимались новые враги Церкви и государства, опаснейшие из всех доселе бывших. Это аравитяне-мусульмане. Выше было замечено, что в Аравии христианство распространялось довольно успешно. К несчастью, вместе с истинным христианством, в Аравию проникли всякого рода ереси. Преследуемые в империи еретики, начиная с манихеев и кончая монофизитами, бежали в Аравию как такую страну, где можно было найти безопасное убежище и даже безбоязненно распространять свое лжеучение. Христианство, таким образом, встречало здесь препятствия к своему распространению не только в местном язычестве и иудействе, но и во множестве христианских сект. Сосредоточение в Аравии нескольких религиозных систем и учений и происходящая отсюда борьба и брожение разнообразных религиозных элементов легко могли повести к слиянию в большей или меньшей мере всех их и образованию новой религии. Действительно, в начале VII века в Аравии появилась новая религиозная система — ислам или магометанство, носящая в себе элементы язычества, иудейства и христианства. Основателем новой религии был Мухаммед или Магомет, родившийся около 570 года в аравийском городе Мекке. В ранней молодости он совершил много торговых путешествий; на 40-м году жизни, отказавшись от торговли, он предался спокойной созерцательной жизни. Столкновения во время торговых путешествий с евреями, христианами и христианскими сектами не могли не пробудить в Магомете религиозных дум. Из всех религиозных учений Магомету представлялось самым чистым и возвышенным учение Авраама о Едином Боге, которое, по его мнению, извращено евреями, христианами и его единоверцами, и это-то учение он решился восстановить во всей его чистоте. Получив в 611 году первое откровение, как он сам рассказывал, от архангела Гавриила, он объявил себя пророком и начал сначала тайно, а потом открыто проповедовать. Полагая в основу своей религии строгое единобожие, в противоположность языческому многобожию и христианскому учению о Святой Троице, Магомет учил, что Бог открывался много раз иудейскому народу чрез пророков, но иудеи не слушали и преследовали их. Одного из пророков, самого высшего из всех бывших до него, Иисуса, возвещавшего божественные истины, иудеи убили, а христиане обоготворили. Наконец, Бог послал в мир последнего совершеннейшего пророка, его, Магомета, который несравненно выше Моисея и Иисуса, так как он удостоен был непосредственного созерцания Бога, будучи вознесен до седьмого неба. Этот пророк должен сообщить и сообщает людям истинное религиозное учение. При конце мира явится Иисус, который поразит антихриста и распространит учение Магомета между всеми людьми. Вера в Единого Бога и Его пророка, Магомета, рабская покорность провидению, исполнение внешних дел благочестия — чтение молитв, посты, частые омовения и прочее — вот единственный путь ко спасению, по учению Магомета. Каждого истинного мусульманина, устроившего свое спасение, ожидает блаженная жизнь за гробом, полная чувственных наслаждений. В Мекке Магомет нашел не много последователей; его даже стали преследовать, так что в 622 году он должен был бежать в Медину. Здесь он нашел сочувственный прием у тех из жителей, которые прежде в качестве пилигримов посещали Мекку и слушали его проповеди; сюда же пришли некоторые из его последователей из Мекки. Теперь он получил возможность лучше устроить свои дела: он постоянно проповедовал, приобретал новых последователей, получал новые откровения, издавал заповеди, устраивал богослужение и прочее. Своих последователей Магомет не стеснял требованиями высокой нравственной жизни. Льстя чувственности язычников, он дозволял своим последователям многоженство; хищничеству кочевников-аравийцев придал религиозное значение, дозволив грабить и убивать для славы Божией всех не принимающих его учения. Отсюда общество его последователей на первых же порах приняло вид хищнической шайки, которая под его предводительством производила набеги на соседние с Мединою племена и особенно на колонии евреев, которые, несмотря на некоторые уступки в пользу их религии, никак не хотели принимать нового учения. В 630 году Магомет был уже настолько силен, что завоевал Мекку и заставил жителей ее принять свое учение и признать себя духовным и светским главою. Храм каабы в Мекке, с которым у обитателей Аравии соединены были религиозные воспоминания, он сделал главным религиозным пунктом для своих последователей. Распространяя свое учение огнем и мечом, Магомет был страшен для всех народов. Еще до завоевания Мекки в 628 году он посылал посольство к византийскому императору Ираклию с требованием признания его пророком. Утвердившись в Мекке, он собирался было предпринять поход против империи, но дела в Аравии остановили его. Затем в 632 году он умер, передав духовную и политическую власть своему преемнику (халифу-наместнику) Абу Бекру. Этот собрал все откровения Магомета в одну книгу, которая составила известный Коран, заключающий в себе 114 глав.