Из теоретического учения богомилов вытекали их взгляды на Православную Церковь, ее верования и учреждения. Считая только себя просвещенными Святым Духом, они смотрели на Церковь как на плотскую, на православных христиан как на людей, в которых плотское начало берет перевес, и так далее. Таинства Церкви они отвергали. Крещение, например, называли крещением водою; вместо него совершали свое крещение, которое называли духовным. Оно состояло в том, что на вступающего в их общину они полагали «Евангелие Иоанна» (апокрифическое), произносили над ним молитву «Отче наш...» и призывали Святого Духа. Таинство евхаристии также отвергали в том убеждении, что истинное общение со Христом есть духовное. Почитание Пресвятой Богородицы, святых, их мощей, почитание икон и креста Господня — все отвергали как плотское. В жизни богомилы были строгими аскетами: удалялись от браков, не употребляли мясной пищи и тому подобное. Источником своего учения они признавали все Священное Писание Нового Завета, кроме Евангелия Иоанна, вместо которого у них было свое, апокрифическое, Иоанново евангелие; из Ветхого же Завета они принимали только псалмы и пророков. Кроме того, у них в большом употреблении были апокрифические сочинения. В устройстве своей общины богомилы хотели подражать апостольской Церкви — у них было 12 апостолов, над которыми возвышался еще главный начальник секты.
В первый раз богомильская ересь была открыта византийским правительством в начале XII века. В Константинополе ходили о ней темные слухи. Император Алексей Комнин обратил на них внимание и после розысков, соединенных с пытками, ему удалось узнать, что во главе секты стоит монах Василий. Пригласив к себе этого монаха, император притворно высказал свое желание сделаться членом его общества и просил рассказать об учении богомильском. Василий поддался хитрости и открыл все, относящееся до секты. Между тем во время его беседы с императором в соседней комнате, отделенной только завесою, сидели скорописцы и записывали его слова; здесь же собраны были высшие духовные и светские лица. Поэтому, когда Василий кончил и приподнялась завеса, сейчас же начался над ним суд. Василий не отказывался от своих слов. Его заключили в тюрьму. Вместе с ним схватили многих других богомилов, в том числе и 12 апостолов, и также заключили в тюрьму. Одни из них признали себя принадлежащими к секте, другие не признали. Для того чтобы узнать, кто из захваченных действительно принадлежит к богомильской ереси, император употребил следующее средство. Объявив, чтобы все готовились к смертной казни, он приказал поставить на площади два костра и при одном из них крест. Те, которые, идя на казнь, молились перед крестом, признаны были не принадлежащими к секте и после наставления были отпущены. Прочие же посажены были в тюрьмы на пожизненное заключение. Сожжен был один только Василий (1119 г.). Несмотря на такие строгие меры, секта богомилов не уничтожалась. Втайне, особенно по монастырям, она продолжала существовать. Впоследствии, в XIII веке, патриарх Герман (1221-1239 гг.) в своих беседах вооружался против богомильских мнений. Из Болгарии богомильские мнения, вследствие близких сношений Русской Церкви с Церковью Болгарской, проникли и в Россию.