Как бы то ни было, только Церковь от этой подати душ теряла весьма много своих членов. Подать, наложенная на христиан Магометом II в виде хараджа, постоянно возраставшая при его преемниках, в правление Солимана увеличилась еще более. Турки сами не платили податей; поэтому вся тяжесть государственных расходов ложилась на христиан, а при Солимане эти расходы были весьма значительны.
Преемник Солимана Селим II (1566-1574 гг.), называвший себя разрушителем веры христиан, относился к ним так же жестоко, как и его предшественники. В 1569 году он наложил арест на доходы всех церквей своего государства, за исключением церквей в Константинополе, Адрианополе и Бруссе, с дозволением христианам выкупать их. Христиане вынуждены были отдавать последние средства и даже продавать церковную утварь, чтобы внести выкуп. В 1571 году, когда турецкий флот был разбит наголову западными союзными государствами, Селим до того озлобился, что приказал было избить всех христиан в Константинополе, не щадя ни пола, ни возраста. Только благоразумные представления великого визиря остановили варварское распоряжение. Паши были такими же варварами, как и сам султан. Вот пример обращения их с христианами. Около 1570 года в Иерусалим прибыл новый паша; монахи Лавры Саввы Освященного в большом числе пришли с подарками поздравить его. Паша подарки взял, но, указывая на то, что нельзя допустить, чтобы в одном монастыре проживало такое множество народа, приказал многих из них тут же умертвить. Селим одобрил распоряжение своего чиновника.
Следующий султан Мурад III (1574-1595 гг.) был человек корыстолюбивый, роскошный и в высшей степени сладострастный. Для удовлетворения своего корыстолюбия и роскоши он брал взятки со своих пашей, а паши в свою очередь отнимали последнее у несчастных христиан, тем более что они, как и все вообще турецкие чиновники, жалованья от казны не получали. Грабительства и насилия пашей произвели то, что города, населенные христианами, запустели, поля их оставались необработанными и тому подобное. От грабительств не были изъяты и христианские церкви. В 1584 году один грек-отступник донес Мураду, что храм Всеблаженной, при котором была патриархия, владеет несметными сокровищами. В то же время фанатики из турок представили ему, что в Константинополе, с увеличением магометанского населения, ощущается недостаток в мечетях. Мурад, побуждаемый, с одной стороны, корыстолюбием, с другой — фанатизмом, сделал распоряжение отобрать у христиан все церкви и обратить их в мечети. При этом он указывал на то, что привилегии, данные Магометом II христианам, относились только к тому времени, когда Константинополь был пуст и была нужда в христианском населении, между тем как теперь он населен с избытком мусульманами. Патриарх Иеремия II (1572-1594 гг.) с твердостью восстал против такого распоряжения, ссылаясь на фирман Магомета II; но Мурад приказал заключить его в тюрьму и затем сослал в заточение на остров Родос. Во время этого заточения храм Всеблаженной и еще одна церковь были отняты (1586 г.) у христиан, ограблены и обращены в мечети. Та же участь постигла бы и другие церкви, если бы христиане не откупились золотом и если бы за них не вступились иностранные посланники. Теперь патриархия перенесена была сначала и на короткое время к храму Богородицы Утешительницы, потом к храму святого Димитрия и наконец (1603 г.) к храму святого Георгия в Фанаре294, где она остается и до настоящего времени.