Таким образом, самостоятельность Эллинской Церкви была провозглашена. Но еще во время провозглашения ее многие из греческих епископов и мирян заявляли сомнение, законно ли и согласно ли с церковными канонами поступило правительство, объявив Греческую Церковь самостоятельной без ведома и согласия Константинопольского патриарха. После же провозглашения недовольные действиями правительства выступили с открытыми протестами; правительство должно было прибегать к мерам строгости. Константинопольский патриарх на провозглашение самостоятельности Эллинской Церкви без его согласия также смотрел как на дело антиканоническое. Это он высказал в 1841 году, когда эллинский Синод, желая вызвать Константинопольского патриарха на сношения с собою как с учреждением канонически существующим, написал ему послание по одному не особенно замечательному случаю. Патриарх возвратил послание нераспечатанным, сказав, что он не знает никакого Синода, самовластно состоявшегося в православном греческом государстве. Подобная же попытка косвенным образом достигнуть признания церковной независимости сделана была эллинским правительством и Синодом и в 1849 году, но также была неудачна. Теперь эллинское правительство волей-неволей должно было войти в прямые сношения с Константинопольским патриархом по вопросу об управлении Эллинской Церковью. В 1850 году оно отправило к патриарху грамоту, в которой, извещая о провозглашении самостоятельности Эллинской Церкви и учреждении Синода, просило рассмотреть это учреждение, признать Синод во Христе братом и вообще благословить дело благочестивого греческого народа. Патриарх Константинопольский
Анфим IV для обсуждения церковных дел Эллинского королевства собрал в том же 1850 году собор, в котором, кроме постоянных членов патриаршего Синода, принимали участие пять прежде бывших Константинопольских патриархов и патриарх Иерусалимский Кирилл. Здесь вопрос об Эллинской Церкви поставлен был несколько иначе, чем ставило его греческое правительство. Анфим и члены собора прежде всего заявили о том радостном чувстве, с каким они встречают старания элладских епархий, находившихся семнадцать лет вне церковного союза, войти в общение со своим законным предстоятелем; затем подтвердили то положение, что право давать самостоятельность Церквам, принадлежащим к Константинопольскому патриархату, принадлежит Константинопольскому патриарху; наконец, уже решили, чтобы элладские епархии, до сего времени соединенные с константинопольским престолом, были на будущее время освобождены от всякой зависимости, чтобы Эллинская Церковь была провозглашена автокефальной, подобно прочим автокефальным Церквам, под управлением своего постоянного Синода, состоящего из архиереев. При этом собор, вопреки регламенту греческого правительства 1833 года, постановил, чтобы эллинский Синод управлял церковными делами по божественным и священным правилам, свободно и беспрепятственно от всякого мирского вмешательства. О таком провозглашении независимости Эллинской Церкви патриарх Анфим известил посланиями всех восточных патриархов и автокефальные Церкви, в том числе и русский Святейший Синод.