4. Иоасаф II (1552-1564 гг.), пастырь просвещенный и добродетельный. Он был избран на патриаршую кафедру без всяких интриг, «общим голосом архиереев, клириков, архонтов (знатных греков) и народа». В свое двенадцатилетнее правление он сделал много добра для Церкви. Так, он успел понизить пескезий на 1000 червонцев; обстроил вновь патриархию, патриарший храм украсил приличной утварью; заботился об исправлении нравов клириков и духовном просвещении и прочее. Но пастыри, подобные Иоасафу, не могли нравиться распущенным клирикам патриархии и своевольным фанариотам. И те и другие добились того, что Иоасаф был низложен. В 1564 году Иоасаф созвал большой собор, при посредстве которого предполагал «исправить и вразумить клириков, смирить архонтов и удержать их от разных худых притязаний». Но собор по проискам клириков и фанариота Михаила Кантакузена обвинил самого Иоасафа в симонии и, не приняв от него никаких объяснений, низложил этого достойнейшего патриарха.
5. Иеремия II, по прозванию Транос (светлый). Он был выбран на патриаршую кафедру соборно в 1572 году и в первый раз занимал ее до конца 1579 года. Греческая Церковь нашла в этом патриархе пастыря просвещенного, деятельного, справедливого и безупречного в жизни. При предшественнике Иеремии, корыстолюбивом Митрофане, симония производилась открыто. Иеремия счел первым своим долгом по вступлении на кафедру принять строгие и решительные меры против этого зла. Он созвал собор, на котором, на основании древних канонов, было постановлено подвергать рукополагавших и рукополагаемых за деньги извержению из сана. Далее, ревностный патриарх обратил внимание и на другие стороны церковной жизни. Продолжая дело Иоасафа, он заботился о поднятии духовного просвещения, особенно между клириками; строго следил за выполнением всеми уставов и правил церковного благочиния, подвергая виновных в нарушении их отлучению от Церкви; ревностно оберегал Православие Восточной Церкви от пропаганды латинян и протестантов; наконец, будучи чужд постыдной страсти корыстолюбия, все средства, стекавшиеся в патриархию, он обращал на пользу Церкви. В патриархии он устроил много новых зданий, между прочим, для помещения приезжавших в Константинополь епископов, а самый храм Всеблаженной украсил так великолепно, что современники называли его земным небом. Таким образом управлял Иеремия Церковью в течение семи лет с половиной. В 1579 году он был низложен по приказанию султана, и место его занял прежде бывший патриарх Митрофан, подготовивший его низложение. Впрочем, Митрофан на этот раз занимал патриаршую кафедру только девять месяцев. По смерти его, в 1580 году Иеремия снова был восстановлен. Теперь для Иеремии и для Греческой Церкви наступили самые тяжелые времена. Митрофан в короткое время своего управления наделал множество долгов; для уплаты их Иеремия вынужден был делать сборы с архиереев, которые были крайне недовольны этим. Родственники Митрофана, желавшие доставить патриаршую кафедру одному из своей среды, воспользовались этим недовольством, составили сильную партию из клириков и архиереев и начали хлопотать о низложении Иеремии. Доходило до того, что они делали на него самые наглые доносы, будто он завлекает янычар в монашество, турчанок в христианство, переписывается с папой против султана и тому подобное. Дело кончилось тем, что по наущению противников Иеремии один грек-отступник так вооружил султана против Иеремии, что тот приказал схватить его и заключить в тюрьму. Это было в 1584 году. Затем Иеремия сослан был на остров Родос, патриаршую же кафедру занял на короткое время невежественный монах
Пахомий, а потом племянник Митрофана Феолепт. Но как против того, так и другого были очень многие, народ продолжал считать законным патриархом низверженного Иеремию. После многих стараний сочувствующие Иеремии архиереи и клирики добились наконец того, что в 1587 году Иеремия был возвращен и в третий раз вступил на патриаршую кафедру. Теперь достойному святителю предстояло еще больше трудов. В его отсутствие храм Всеблаженной был ограблен и отнят турками, патриархия впала в неоплатные долги. Для собрания средств на устройство патриархии при храме Богородицы Утешительницы и на уплату долгов Иеремия в 1588 году отправился в Россию, откуда возвратился в 1590 году со значительным запасом пожертвований. Во время путешествия чрез Западную Русь он прилагал все старания к тому, чтобы ослабить там латинскую пропаганду. Занимаясь по возвращении устройством своей патриархии, святитель по-прежнему особенно ревностно заботился о поддержании церковной дисциплины. Так в 1593 году, при участии Александрийского патриарха Мелетия Пигаса, он собрал в Константинополе собор, на котором было строго подтверждено, чтобы монахи подчинялись своим епархиальным архиереям, чтобы никто не был поставляем за деньги, чтобы люди недостойные не были рукополагаемы в священники, чтобы священные лица не носили роскошных и драгоценных одежд и тому подобное. В 1594 году Иеремия умер в сане патриарха и на патриаршей кафедре.