Но чрез шесть дней новый патриарх в свою очередь был низложен, так как не мог внести обещанных денег, а между тем народ просил, чтобы кафедра опять была предоставлена Лукарису, и последний был восстановлен в третий раз. В 1633 году Лукарис снова был низложен по разным проискам, между прочим и иезуитским, так как иезуиты все-таки оставались на Востоке, хотя и тайно, и снова был восстановлен чрез сорок дней. Наконец, в 1634 году последовало новое низложение Кирилла, а в 1637 году восстановление. Это было уже в пятый и последний раз. Против Кирилла поднялась страшная злоба иезуитов, опять усилившихся в Константинополе; они решились во что бы то ни стало погубить его. В 1638 году, в отсутствие султана Мурада IV, в Константинополь пришло известие, что казаки завладели Азовом и подступают уже к Константинополю. Иезуиты успели убедить визиря, что виною всего этого патриарх, призвавший казаков. Донесли об этом Мураду, который и приказал предать смерти Кирилла. Вследствие этого его схватили, посадили на корабль будто для отправления в ссылку, но среди моря, тут же на корабле, задушили его, а тело бросили в море. Такой же участи в 1650 и 1657 годах подверглись по интригам иезуитов патриархи Парфений II и Парфений III — первый был брошен в море, а второй удавлен. Но зато следующий патриарх, Парфений IV (1657-1660 гг.), ревностно и с успехом боролся с иезуитами. При нем иезуиты привезли из Франции книгу «Щит веры», в которой доказывалась правота Римской Церкви, и распространяли ее на Востоке. Парфений выхлопотал дозволение разослать увещательные грамоты об уничтожении этой книги, вследствие чего православные публично сжигали экземпляры ее на рынках.
На помощь иезуитам в XVII веке папы стали отправлять на Восток в качестве миссионеров монахов других орденов. Папа Адриан VI (в 1622 г.) основал в Риме общество распространения католической веры (Sacra congregatio fidei propagandae). Это общество, между прочим, должно было заботиться о приготовлении миссионеров и устройстве миссий на православном Востоке. И вот в XVII и XVIII веках произошел громадный наплыв в Турецкую империю миссионеров — монахов всевозможных орденов: доминиканцев, францисканцев, бернардинцев, кармелитов и тому подобных. Миссионеры основывали на всем пространстве Турецкой империи свои монастыри, школы, открыто ходили с проповедью по городам и селениям, совращая православных раздачей денег, разрешением постов и уверениями, что великая Константинопольская Церковь учит так же, как они, что она находится в единении с Римской Церковью. В начале XVIII века такого рода пропаганда латинских миссионеров на крайнем Востоке, особенно в Антиохии, до того усилилась, что православные пришли в крайнее смущение. Патриархи Константинопольский — Иеремия III, Антиохийский — Афанасий и Иерусалимский — Хрисанф в 1722 году вынуждены были составить по этому случаю в Константинополе собор, на котором, разоблачив дух латинской пропаганды, осудили 8 пунктов латинского лжеучения: главенство папы, filioque, опресноки, чистилище, пост в субботу, отвержение младенцев от причащения и прочее. Соборное определение на греческом и арабском языках было распространено по всему Востоку.
Но как эти, так и все последующие усилия латинской пропаганды на Востоке не привели к той цели, какую имели в виду папы со своими миссионерами. Правда, в течение четырехсотлетнего турецкого господства они совратили в латинство, а большей частью в унию немало православных, основали на Востоке несколько епархий, поставили туда своих епископов, архиепископов и даже патриархов, но все это было слишком далеко от окатоличивания православного Востока и подчинения Греко-Восточной Церкви папе. Совращенные, в общей массе православных и на пространстве четырех веков, составляют небольшое число и притом представляют собой худших членов Церкви; латинские епископии, архиепископии и патриархии на Востоке существуют скорее для колонии католиков, оставшихся там еще после крестовых походов или поселившихся в последующие времена, чем для совращенных православных, и притом большей частью существуют без нужды, а ради громкого титула, ради фальшивого уверения, что Восточная Церковь подчиняется папе. Латинская пропаганда даже не произвела сближения православных с католиками; напротив, она усилила в православных то нерасположение, какое они имели к ним в прежние времена.