Сношения Болгарской Церкви с Греческой восстановились только в 1234 году. После завоевания крестоносцами Константинополя (1204 г.) Греческая империя, сосредоточившаяся в своих малоазийских владениях (Никейское государство), находилась в то время в бедственном положении, Болгарское же царство, напротив, при царе Асене II (1221-1245 гг.), под властью которого находилась большая часть Балканского полуострова, достигло высшей степени своего могущества. Такое положение дел расположило греческого императора Иоанна Дуку (1222-1255 гг.) искать союза с Асенем; он даже просил руки дочери Асеня для своего сына. Асень воспользовался этим не только для восстановления общения Болгарской Церкви с Греческой, но и для возвышения своего архиепископа. По настоянию его император и патриарх Константинопольский с другими восточными патриархами предоставили терновскому архиепископу титул патриарха, после чего он стал именоваться, как и архиепископы первого Болгарского царства, патриархом. Впрочем, в последующие времена Константинопольские патриархи, признавая за терновскими архиепископами автокефальные права и патриарший титул, все-таки не признавали их равными себе.
Из жизни Болгарской Церкви в последующие века можно отметить только следующие факты. В пятидесятых годах XIV века, при патриархе Феодосии II, в Тернове был собор по поводу ереси богомилов, продолжавшей еще смущать Болгарскую Церковь и после формального суда над еретиками во времена владычества в Болгарии греков332. Во второй половине XIV века патриарх Евфимий предпринял и совершил весьма важное дело для Болгарской Церкви — исправление текста болгарских богослужебных книг.
В конце XIV века (1393-1398 гг.) Болгария пала под оружием османских турок, успевших еще ранее утвердиться на Балканском полуострове333, а вместе с ней окончилось и существование Тырновского патриархата. Последний болгарский патриарх Евфимий, после взятия турками Тырнова, изгнан был из своей соборной церкви, которая была обращена в мечеть, а затем в скором времени сослан в заточение, патриархия же по стараниям греков была закрыта и все епархии терновского патриархата подчинены Константинопольскому патриарху. Что касается Охридской архиепископии, превратившейся из болгарской в греческую с архиепископами и епископами из греков, то она по-прежнему оставалась автокефальной как до падения Византийской империи (1453 г.), так долгое время и после падения ее; только в XVIII веке Константинопольскому патриарху Самуилу I удалось (1767 г.) подчинить ее своей власти334.
Находясь под владычеством турок, болгары страдали от их деспотизма наравне с другими христианскими народами, подвергшимися той же участи. Греки, страдая сами от турок, не стеснялись увеличивать страдания болгар еще более. Добившись уничтожения независимого Болгарского патриархата, они отняли вместе с тем у болгар национальную иерархию. Епископы-греки, заступившие место епископов-болгар, преследуя свои национальные и личные интересы, делали все, чтобы только подавить болгарскую народность, не говоря уже о тех поборах и вымогательствах, которым они подвергали свою болгарскую паству нередко с турецкой жестокостью. Испытывая двойной гнет от турок и греков и не имея своего национального объединяющего центра, каким мог быть Тырновский патриархат, болгары в течение более чем четырехсотлетнего рабства (XV-XIX ее.) дошли до такого состояния, что начали утрачивать свое национальное сознание. Некоторые из них под тяжестью рабства принимали магометанство и примыкали к туркам; многие, каковы, например, все жители городов, под разнообразным давлением греков отказывались от своей народности и усваивали национальность греческую; болгарский язык в городах вышел совсем из употребления и его место заступил язык греческий; в школах, где такие существовали, шло обучение греческому языку и по-гречески; богослужение не только в городах, но даже и во многих селах совершалось на греческом языке; болгарской письменности не существовало. Только в среде деревенских жителей сохранялась еще болгарская национальность, но вследствие забитости и притеснений со всех сторон национальное сознание у них было слабо.