В таком положении застало болгар XIX столетие, когда христианские народности, подвластные Турции, при содействии России мало-помалу начали приобретать себе политическую и религиозную независимость. В среде болгар, хотя несколько и позже других народов, также началось движение в пользу национального возрождения, затронувшее и церковный быт. В 1856 году турецким правительством издан был по настоянию европейских государств известный гатти-гумаюн335, которым, между прочим, обещаны были реформы в пользу христианских подданных Турции. На основании этого акта болгары и обратились с просьбой к турецкому правительству о назначении их епархиальным архиереям определенного жалованья, как это предполагалось гатти-гумаюном, взамен тех податей и поборов, которыми облагали их сами архиереи — греки. Константинопольская патриархия, которой была передана просьба болгар, отказалась удовлетворить ее, тогда болгары снова обратились к турецкому правительству и просили уже, чтобы им дано было народное церковное управление, независимое от Константинопольского патриарха, или, по крайней мере, чтобы архиереи избирались у них из болгар, а не из греков. И в этой просьбе, рассматривавшейся также при патриархии несколько раз и несколькими комиссиями, было отказано болгарам. После этого раздраженные болгары решились формально отложиться от Константинопольского патриарха. В 1860 году, в первый день Пасхи, во время торжественного богослужения в церкви при болгарском подворье, болгарские депутаты и болгары, проживавшие в Константинополе, запретили епископу Илариону (из огречившихся болгар, но принявший теперь сторону поборников болгарской народности) поминать имя константинопольского патриарха. С этого времени и началась так называемая греко-болгарская распря. В самой Болгарии некоторые епископы из болгарских уроженцев также примкнули к национально-церковному движению, архиереи же греки или были удалены из своих епархий, или лишились всякой власти. Между тем переговоры и совещания между правительством, патриархией и болгарскими депутатами об устройстве церковных дел в Болгарии не прекращались. Патриархия не желала сделать болгарам никакой уступки или предлагала уступки несущественные. Мечтая о восстановлении Византийской империи на развалинах Турции, она желала сохранить для нее болгар, чего не могло случиться, если бы болгары получили политическую и религиозную самостоятельность. В 1867 году патриарх Григорий VI решился было сделать серьезную уступку болгарам, предложив устроить особый болгарский экзархат из 13-ти предбалканских епархий под иерархической властью константинопольского патриарха, но болгары не приняли этого предложения, требуя автокефального управления для всех вообще болгарских епархий. Наконец после многих неудачных переговоров с патриархией турецкое правительство решилось само покончить спор между греками и болгарами, — в 1870 году издан был фирман об устройстве церковных дел в Болгарии, по которому полагалось устроить отдельный болгарский экзархат для всех болгарских епархий и с предоставлением права епархиям смешанным присоединиться к экзархату, если все жители их или, по крайней мере, две трети пожелают этого. Патриархия не приняла этого фирмана, болгары приняли и, образовав свой экзархат, в 1872 году торжественно провозгласили независимость Болгарской Церкви от константинопольского патриарха. Первым болгарским экзархом избран был видинский митрополит Анфим, родом болгарин, но получивший греческое образование и первоначально принадлежавший к греческой партии. Константинопольский патриарх Анфим VI, находившийся под влиянием крайних поборников эллинизма, не согласился и теперь на церковную независимость болгар. В том же 1872 году он составил собор, на котором предал отлучению как нового болгарского экзарха и болгарских епископов, так и всех имеющих общение с ними. Болгарский экзархат тем не менее организовался и в 1878 году состоял уже из 15-ти митрополий, не считая епископий. После победоносной войны России с Турцией, поднятой на защиту болгар от турецких жестокостей, Болгария предбалканская в 1878 году получила и политическую независимость под именем Болгарского княжества. Во время войны в 1877 году болгарский экзарх Анфим был низложен турецким правительством и заточен; на место его был избран Иосиф. Теперь Болгарская Церковь, имеющая свою национальную иерархию и независимое церковное управление, сосредоточивает все свои силы на своей внутренней организации — распространение духовного просвещения и особенно приготовление достойных священников составляет ее главную заботу. Остается только восстановить ей общение с константинопольским патриархом.