При Стефане Первовенчанном в Сербской Церкви учреждена была независимая архиепископия и установлен был более прочный порядок в церковном управлении. Первым архиепископом Сербским был другой младший сын Немани, святой Савва, долгое время подвизавшийся на Афоне и затем в 1219 году исходатайствовавший у греческого императора и константинопольского патриарха для Сербской Церкви право иметь своего автокефального архиепископа. До сего времени во всей Сербии была одна только епископия в Расе; теперь святой Савва открыл еще несколько епископий. Епископами он поставлял по преимуществу своих учеников, пришедших с ним с Афона, и поручал им устраивать церковное управление на основании канонических правил. В видах приготовления достойных пастырей Церкви и вообще для распространения духовного просвещения и поддержания чистоты христианской жизни, святой Савва основал несколько монастырей с порядком жизни монастырей афонских. Между прочим, им основаны были два кафедральных монастыря — Жичский, в котором находилась кафедра самого святого Саввы, и Ипекский Печский, сделавшийся кафедрой его преемников.
После времен святого Саввы притязания пап на главенство в Сербской Церкви хотя не прекращались, но и не приводили к формальному ее подчинению Церкви Римской. Папские притязания поддерживали большей частью сами сербские государи по разным политическим расчетам, нередко уверявшие пап в своей преданности Римской Церкви и дававшие обещания, хотя и притворные, быть в подчинении ей. Так, например, тот же Стефан Первовенчанный, желая получить от папы королевский венец, давал ему такого рода уверения и обещания; впрочем, когда папа прислал этот венец со своим легатом, то короновал им Стефана его брат, архиепископ святой Савва, и о подчинении папе не было более речи. В начале XIV века сербский король Стефан Милутин (1275-1320 гг.) один раз отклонил предложение папы присоединиться к Римской Церкви, а в другой раз, желая быть принятым в число участников нового крестового похода, приготовлявшегося на Западе против Византийской империи, сам напрашивался на такое присоединение, от которого, однако, затем уклонился. Сам знаменитый сербский король Стефан Душан (1336-1355 гг.) два раза обращался к папе с заявлениями о своей готовности подчиниться ему, в расчетах на помощь папы в переговорах с венгерским королем, и оба раза уклонялся от исполнения своего намерения.
При Стефане Душане в Сербской Церкви учреждено было вместо архиепископии патриаршество. Стефан Душан, расширив пределы Сербии завоеваниями у соседних народов, главным образом у греков, и считая себя наследником Византийских императоров, задумал принять титул императора, а в соответствие этому и своего архиепископа решил возвести в сан патриарха. В 1346 году по его предложению собором сербских епископов тогдашний ипекский архиепископ Иоанникий был переименован в патриарха и объявлен совершенно независимым от константинопольского патриарха. Новый патриарх и короновал Душана императорским венцом. По делу об учреждении патриаршества в Сербии сношений с константинопольским патриархом не было, почему последний не хотел признавать за ипекским архиепископом патриаршеского достоинства. Вскоре константинопольский патриарх подверг даже отлучению Душана, ипекского патриарха, и всю Сербскую Церковь за то, что Душан епископские кафедры в завоеванных от империи областях, подчиненные прежде константинопольскому патриарху, заместил сербами и подчинил своему патриарху. Начавшийся по этому поводу раскол между Церквами Сербской и Греческой окончился только в 1375 году, когда спорные епархии присоединены были опять к Константинопольскому патриархату.
После Стефана Душана Сербия как быстро возвысилась, так быстро стала склоняться к падению. Завоеванные области стали мало-помалу отпадать от нее; с другой стороны, ее стали теснить османские турки. В 1375 году Сербия сделалась уже данницей турок, а в 1459 году совсем была завоевана и обращена в турецкую провинцию. Последний владетель Сербии, уже не из дома Немани, Лазарь пред своей смертью завещал свое государство в ленное владение папе, надеясь этим спасти его от турецкого ига; но когда папский легат прибыл в Сербию, чтобы провозгласить власть папы, то бояре и народ, желая лучше подвергнуться турецкому игу, нежели сделаться латинянами, сами пригласили турок, которые и положили конец Сербскому царству. С падением царства уничтожено было национальное правительство, но сербское патриаршество в Ипеке существовало еще долго.