В первый раз анабаптисты появились в германском городке Цвиккау около 1520 года. Здесь во главе их стояли Фома Мюнцер, занимавший должность проповедника, Николай Шторх, простой фабрикант, и Марк Штюбнер, бывший студент Виттенберского университета. За свои проповеди, призывавшие слушателей к ниспровержению всех существовавших порядков жизни, Мюнцер в 1521 году был изгнан из Цвиккау и отправился блуждать по Германии с теми же революционными целями; оставшиеся же здесь анабаптисты продолжали устраивать свое общество и скоро от слов перешли к делу, подняв возмущение против городских властей. За это одни из них поплатились заключением в тюрьмы, а другие принуждены были спасаться бегством. Шторх, Штюбнер и другие (цвиккауские пророки) ушли в Виттенберг, надеясь найти у германских реформаторов сочувствие своим пророческим откровениям относительно устройства новой церкви, но были изгнаны и отсюда (1522 г.). Между тем Мюнцер, скитаясь по Германии, успел распространить в народе свои разрушительные идеи, вследствие чего во многих местностях начались восстания крестьян против помещиков и властей. Мюнцер, приняв на себя роль церковного и гражданского реформатора, стал во главе восставших (крестьянская война), но, разбитый в одном сражении наголову, был пойман и казнен (1525 г.). После этого во всей Германии началось жестокое преследование анабаптистов, и католики, и протестанты жгли и казнили их без всякой пощады. Но преследования не уничтожили анабаптизма — он продолжал развиваться в Швейцарии и Нидерландах, а в тридцатых годах XVI столетия с новой силой заявил себя опять в Германии. В 1529 году в вестфальском городе Мюнстере появились выходцы из Нидерланд, анабаптисты Иоанн Матисен, по профессии булочник, и Иоанн Боккольд, портной из Лейдена (называемый поэтому Иоанном Лейденским). Выдавая себя за пророков, они своими проповедями о новой церкви и наступлении тысячелетнего царства Христова увлекли чернь, выгнали из города всех не принимавших второго крещения и начали устраивать свое общество. Матисен скоро был убит в одной вылазке против осаждавшего город изгнанного мюнстерского епископа, и его место во главе анабаптистов занял Иоанн Лейденский.
Этот объявил себя королем Сиона, то есть Мюнстера, ввел равенство сословий и состояний, общение имущества, многоженства и тому подобное, предоставив, однако, себе деспотическую власть над жизнью и имуществом своих подданных. Дикое изуверство и антиномистическая распущенность нравов были неизбежным последствием этих новых порядков жизни. В 1535 году изуверное царство анабаптистов в Мюнстере окончило свое существование — мюнстерский епископ взял, наконец, город, и Иоанн Лейденский со многими из своих последователей был казнен. Вслед за тем в Германии снова началось преследование анабаптистов; гонимые и преследуемые всюду, они рассеялись по всей Европе.
После мюнстерского погрома секта анабаптистов стала склоняться к падению. Но ее возродил к новой жизни некто Симон Меннон, католический священник из Голландии, вступивший в 1536 году в ряды анабаптистов. Он совершенно преобразовал секту: ввел в жизнь ее строгонравственные правила, установил строгую церковную дисциплину, вероучению придал определенность и так далее. Благодаря его неутомимой двадцатипятилетней деятельности, рассеянные анабаптисты организовались в упорядоченные общины и из буйных и безнравственных фанатиков-разрушителей сделались людьми мирными, трудолюбивыми и нравственными. От прежнего анабаптизма у них осталось только отрицание крещения детей и мечтательное представление о своей секте как обществе святых; отрицание же существующих порядков и разрушительные стремления после преобразования секты у анабаптистов стали проявляться совершенно в ином виде — обязательным удалением от всякой службы, военной и гражданской, от судебных процессов и вообще жизнью, замкнутой и сосредоточенной в своем обществе. Что касается вероучения преобразованных анабаптистов, то Меннон приблизил его к реформатскому, придав только большое значение обрядности. С преобразованием секты анабаптисты приняли и другое название — от имени своего реформатора они стали называться меннонитами. Меннониты сосредоточивались и сосредоточиваются до настоящего времени главным образом в Голландии, где еще в 1851 году им предоставлена была свобода богослужения. Меннонитские общины есть и в России.