При такой своеобразной организации орден иезуитов выработал для своей деятельности и своеобразные нравственные правила. Усвоив себе схоластический метод доказательств за и против, иезуиты приложили его к нравственному учению и создали такую нравственную казуистику, на основании которой всякий порок и всякое преступление можно было признать нравственно невменяемыми. В этом случае они прибегали прежде всего к выработанной ими так называемой теории «оправдания» (probabilismus), сущность которой заключалась в том воззрении, что всякое действие может быть совершено и не будет противно нравственным законам, если только в оправдание его можно представить правдоподобное основание или мнение какого-нибудь авторитетного богослова. Там, где теория «оправдания» оказывалась неудобоприменимой, иезуиты прибегали к другому казуистическому средству — directio intentionis, которым допускалось совершение всякого безнравственного поступка, если только при этом безнравственный поступок не составлял главной цели, а совершался для того, чтобы достигнуть другой, позволительной и похвальной цели, то есть выходило, по их воззрению, что хорошая цель оправдывает дурные средства. Наконец, иезуиты, где нужно было, прибегали еще и к третьей казуистической уловке — к учению о так называемой «мысленной оговорке» (veservatio mentalis); на основании этого учения дозволялось давать ложные клятвы и обещания, только при этом нужно было держать в уме ограничение или отрицание клятвы и обещания.
Деятельность ордена иезуитов началась вслед же за утверждением его устава. Благодаря своей крепкой организации, уму и ловкости своих членов, а также привилегиям, данным папами, он распространился с необыкновенной быстротой почти во всех странах Европы, проник даже и в другие части света. Везде, где только поселялись иезуиты, они первым делом устраивали те или другие заведения — больницы, приюты, школы для детей, коллегии, занимались проповедничеством, делались духовниками и тому подобное. Посредством больниц и приютов они приобретали расположение низших классов. Учреждением школ и коллегий они забрали все образование в свои руки и воспитывали подрастающее поколение в строго-католическом духе; в качестве проповедников они являлись опытными и знающими борцами против протестантства и защитниками Римской Церкви со всеми ее догматами; наконец, при посредстве исповеди, вообще крайне снисходительной вследствие особых нравственных воззрений иезуитов, они не только привлекали к себе народ, но и покоряли совесть кающихся и управляли ею по своему произволу. Действуя таким образом на пользу Римской Церкви, иезуиты для достижения своих целей не пренебрегали и другими средствами, в числе которых первое место занимали у них интриги, соединенные со всевозможными неблаговидными действиями. Пренебрегая всеми нравственными законами ради достижения своих целей, они не останавливались и пред злодеяниями. Дворы католических королей и князей, у которых иезуиты постарались занять места духовников и даже советников, были главным поприщем их деятельности со всеми интригами и происками, и здесь по преимуществу они добивались осуществления конечной цели ордена — дать торжество Римской Церкви в борьбе с протестантством. С появлением иезуитов борьба Римской Церкви с протестантством действительно пошла успешнее. Во второй половине XVI века они успели в некоторых германских владениях остановить дальнейшее распространение протестантства, а в некоторых даже восстановить католичество. Там же, где обыкновенными средствами ничего нельзя было сделать для уничтожения протестантства, иезуиты стремились подавить его огнем и мечом. Так, например, религиозные войны во Франции для подавления кальвинизма происходили при самом деятельном участии иезуитов; Тридцатилетняя война в Германии, в которой католики стремились совершенно истребить протестантизм, подготовлена была ими и также велась при их деятельном участии.