Вскоре же после уничтожения ордена иезуитов над папством разразились новые бедствия. В Австрии император Иосиф II (1780-1790 гг.) предпринял такие реформы в церковном управлении, в силу которых заведование внешними делами Церкви переходило в руки правительства, а внутреннее управление предоставлялось епископам, влияние же папы на церковные дела Австрии совсем почти устранялось. В некоторых мелких немецких государствах католического исповедания сделаны были попытки основать Национальную Католическую Церковь, независимую от папы. Наконец во Франции в 1789 году началась революция, которая сопровождалась ниспровержением папской власти не только в этой стране, но и в самой церковной области. В то революционное время папство в лице Пия VI и Пия VII испытало такое унижение, какого оно не испытывало со времени Бонифация VIII. В 1796 году французы появились в Италии, заняли папские владения и образовали Римскую республику (1798 г.). Папа Пий VI (1774-1799 гг.), ограбленный и униженный, взят был в плен и отведен во Францию, где вскоре и умер. Его преемник Пий VII (1800-1823 гг.), избранный в Венеции под защитой Австрии, подвергался подобным же притеснениям от Наполеона I, который в 1809 году перевез его во Францию и заставил дать согласие сделать Францию местопребыванием римских первосвященников навсегда. Только в 1814 году, после низвержения Наполеона, папа получил возможность возвратиться в Рим, а в 1815 году на Венском конгрессе восстановлен был в своих духовных и светских правах.
После Французской революции папство все свое внимание сосредоточило на восстановлении своей власти. В этих видах папа Пий VII вскоре же после своего возвращения в Рим в 1814 году восстановил орден иезуитов — этих, по выражению папской буллы, сильных и опытных кормчих папского престола. Католические государства, только что успокоившиеся после революционных волнений, не возражали против такого распоряжения, и иезуиты по-прежнему распространились всюду. С официальным и открытым появлением иезуитов снова начались усиленные заявления о правах пап на всемирное преобладание в духовных и светских делах. Но в XIX столетии при широком распространении просвещения и настойчивом стремлении всех народов к национальному объединению и политической независимости подобные притязания труднее, чем когда-либо, могли быть осуществлены. Уже в двадцатых годах настоящего столетия в разных католических странах, например Испании, Италии, Франции, в связи с политическими движениями начались движения против иезуитов и папства. Движение в Италии с течением времени приняло особенно опасный для папской власти характер. Здесь разнообразные политические стремления к половине настоящего столетия приняли определенную форму — объединение Италии под властью одного государя со столицей в Риме сделалось жизненным вопросом для всего итальянского населения. Вместе с тем по всей Италии стали раздаваться голоса против светской власти пап. Сардинский король Виктор Эммануил наконец осуществил народные стремления. В 1861 году он успел соединить под своей властью мелкие итальянские государства и принял титул итальянского короля, в 1870 году присоединил к объединенной Италии папскую церковную область и сделал Рим столицей своего королевства. Папой в то время был знаменитый Пий IX (1846-1878 гг.). Будучи не в силах отстоять свою светскую власть оружием, он отдал Рим без сопротивления, но в то же время издал энциклику ко всем католическим епископам, в которой, протестуя против захвата Рима, проклинал и отлучал от церкви Виктора Эммануила и его сподвижников. Проклятие и отлучение, однако, не изменили хода событий — с занятием Рима войсками объединенной Италии папское церковное государство окончило свое существование. Упразднив светскую власть папы, Виктор Эммануил позаботился устроить самым почтенным образом его положение как духовного главы всего католического мира. В распоряжение Пия IX и его преемников предоставлен был так называемый город Льва, то есть предместье Рима, построенное в IX веке Львом IV, где находились Ватикан и церковь святого Петра; все папские дворцы в городе и за городом со всеми угодьями оставались также за ним; взамен доходов, которые папа получал со своей церковной области, назначена была ему определенная ежегодная сумма денег от государства; личность папы объявлялась священной и неприкосновенной; свобода и независимость в его первосвященническом служении обеспечивались ручательством короля и всей нации и так далее. Но Пий IX не хотел примириться с совершившимся фактом и, считая себя пленником в своем Ватикане, до самой своей смерти отказывался вступить в соглашение с итальянским правительством. Его преемник Лев XIII держался такой же роли ватиканского узника.