На Калифорнийском полуострове миссионеры достигли гораздо больших успехов, чем колонизаторы и исследователи. Первыми там поселились иезуиты, сначала на восточном побережье Калифорнийского залива, а затем на самом полуострове. Выдающейся фигурой среди них был Евсевий Франциск Кино, итальянец по происхождению, создавший целую систему миссий, распространивших свою работу далеко за пределы подвластных Испании территорий вплоть до современной Аризоны. Незадолго до смерти в 1711 году он планировал начать миссионерскую работу среди апачей. Н о в 1767 году иезуитов изгнали из всех испанских владений. Некоторые их миссии были переданы в распоряжение францисканцев, доминиканцев и других орденов. Остальные просто пришли в запустение.
В Калифорнии францисканские миссионеры основные свои усилия сосредоточили на работе в северной ее части, которая теперь стала штатом Калифорния. В XVIII веке, когда власти организовали экспедицию для исследования и заселения этого района, к ней присоединился францисканец Хуниперо Серра. Там он основал множество миссий, многие из которых оставались вне досягаемости испанцев и не могли пользоваться их защитой. В тех районах, где индейцам предстояло жить под управлением испанцев, Серра стал активным защитником прав индейцев против посягательств испанцев.
Но наибольший интерес для францисканцев представляло северное направление, где конкистадоры искали семь мифических городов. Иногда вместе с конкистадорами, иногда после них, но чаще всего раньше их францисканцы переходили границы Мексики и вступали на территорию Ныо-Мексико. Там в 1610 году испанцы основали Королевский город Санта-Фе святого Франциска Ассизского, известного сейчас просто как Санта-Фе. Двадцать лет спустя пятьдесят миссионеров стали пастырями шестидесяти тысяч крещеных индейцев в Нью-Мексико. Во время восстания индейцев в 1680 году погибло около четырехсот испанцев, в том числе тридцать два францисканца. Когда испанцы вновь захватили эту территорию, вместе с ними вернулись и францисканцы.
Испанская экспансия из Мексики распространялась и в западном направлении через Тихий океан. В 1521 году Магеллан доплыл до Филиппин и был там убит аборигенами этих островов. Затем из Мексики было отправлено еще несколько экспедиций. Наконец, в 1565 году эти острова были захвачены экспедицией под руководством Мигеля Лопеса Легаспи. Там испанцы нашли множество мусульман, которых назвали морисками по аналогии с маврами, владевшими Испанией несколько веков. На некоторых островах эти мусульмане, а также китайцы оказали сильное сопротивление. Но в конце концов был покорен весь архипелаг. И здесь следовали той же политике, которая проводилась в Западном полушарии и вызвала сильное недовольство среди коренных жителей островов. Испанцы надеялись сделать эти острова плацдармом для дальнейшего проникновения на Дальний Восток, но они не хотели заниматься образованием филиппинцев, и их план провалился.:
Регион, который сейчас называют Центральной Америкой и Панамским перешейком, давно привлекал внимание испанских властей. Колумб плавал вдоль его берегов в надежде найти проход на запад. В 1509 году были предприняты первые попытки завоевания и колонизации. Они заканчивались неудачей до тех пор, пока авантюрист по имени Васко Нуньес де Бальбоа не сместил официально назначенного руководителя экспедиции и не взял дело в свои руки. В отличие от большинства других конкистадоров, Бальбоа умел располагать к себе индейцев, хотя и сам был способен на злодеяния. Судя по всему, он дружил с индейцами прежде всего потому, что считал такую тактику наилучшей, чтобы получать у них золото и женщин. Благодаря помощи индейцев ему удалось отправить в Испанию золото в надежде узаконить тем самым свою власть. С их же помощью он дошел до Тихого океана, который назвал "Южным морем".
Отправка золота в Испанию привела к обратным результатам. Власти сочли эту землю слишком ценной, чтобы доверить ее Бальбоа, и в колонию, которую назвали Золотой Кастилией, был назначен другой губернатор. С Бальбоа они не поладили, и в конце концов новый губернатор приговорил своего предшественника к смертной казни. Его политика заключалась в насильственном принуждении индейцев добывать золото. Многих отдали в энкомьенды колонизаторам. Других, кто не мог или не хотел приносить испанцам достаточно золота, истребляли. В конечном счете большинство индейцев разбежались и начали вести против конкистадоров партизанскую войну. Землю не засеивали, и продовольствия было недостаточно. Умерло свыше пятисот испанцев, причем многие из них от голода. Епископ, назначенный для руководства церковью и францисканскими монастырями в колонии, вернулся в Испанию в знак протеста против плохого управления колонией. Прошли десятилетия, прежде чем установилась хоть какая-то видимость порядка.
Наиболее интересной личностью в ранней истории церкви Центральной Америки был, пожалуй, Хуан де Эстрада Раваго – бывший францисканец, лишенный монашества, честолюбивый конкистадор, неудачливый придворный и добровольный миссионер. Он был уже готов вернуться в Испанию во исполнение королевского указа, повелевавшего всем монахам-расстригам покинуть колонии, когда узнал, что на планировавшуюся экспедицию в Коста-Рику не хватает средств. Он предоставил средства и сам присоединился к экспедиции, которую в конце концов возглавил. Он выучил язык индейцев и за одним-единственным исключением воздерживался от применения насилия в отношении к ним. Он ходил по стране, учил христианской вере, крестил людей и основывал церкви. На свои собственные средства он покупал одежду и пищу как для индейцев, так и для поселенцев. К нему присоединились двенадцать францисканцев из Мексики, и церковь быстро росла.
К концу XVI века большинство коренных жителей Центральной Америки называли себя христианами. Но оставались обширные районы, не исследованные испанцами, где индейцы сохраняли древнюю религию и самоуправление. На территориях, считавшихся христианскими, священников не хватало, и их работу крайне затрудняло чувство неприязни, вызванное поведением конкистадоров. Из Золотой Кастилии драгоценного металла поступало не слишком много, и Испания особого внимания на нее больше не обращала.
Испанцы давно знали о землях к северу от Кубы. В 1513 году губернатор Пуэрто-Рико Хуан Понсе де Леон получил королевскую привилегию на исследование и колонизацию земли "Бимини", где, по слухам, находился источник, воды которого обладают омолаживающими или по крайней мере исключительными лечебными свойствами. Экспедиция Понседе Леона высадилась на берегах Флориды, названной так потому, что именем короля они захватили ее на Пасху – Pascua Florida. После исследования побережья со стороны Атлантического океана и Мексиканского залива и кровавых стычек с индейцами экспедиция вернулась в Пуэрто-Рико. Несколько лет спустя Понсе де Леон организовал вторую экспедицию, в ходе которой был ранен индейцами и вернулся на Кубу, где и умер.
Особых результатов не принесли и другие экспедиции. Одна из них, организованная в 1528 году, была просто-напросто уничтожена индейцами. Восемь лет спустя в Мехико появились четверо оставшихся в живых, прошедших полконтинента. В 1539 и 1540 годах этот район исследовал Эрнандо де Сото, но он не пытался колонизовать его. Еще одна колониальная экспедиция была предпринята двадцать лет спустя, но через два года от нее отказались из-за неимоверных трудностей без каких-либо значимых результатов.
В конце концов предпринять все необходимые меры для завоевания этой земли испанцев побудило присутствие французов. В 1562 году французы под руководством Жана Рибо начали создавать поселения во Флориде и в Южной Каролине. С точки зрения испанцев, все это усугублялось тем, что большинство французских поселенцев были протестантами. В ответ на захват земель, считавшихся переданными папами Испании, испанское правительство поручило Педро Менендесуде Авилесу уничтожить поселения. Он напал на французов с сильным отрядом. Многие скрылись во внутренних районах страны, где в конечном счете были перебиты индейцами. Остальных взяли в плен испанцы, предавшие мечу 132 человека. В живых они оставили только женщин и детей младше пятнадцати лет. Рибо, отсутствовавший в то время, потерпел кораблекрушение и сдался испанцам, казнившим его вместе с более чем семьюдесятью других французов, уцелевших после кораблекрушения. Затем Менендес де Авилес основал город Святого Августина, ставший центром колонизации.