Афонсу, следующий маниконго, относился к португальцам и к их миссионерам еще благожелательнее. В 1520 году папа Лев X после длительных переговоров посвятил в епископы Конго Энрике, брата Афонсу. Но, вернувшись домой, вновь назначенный епископ увидел, что многие европейские священники не обращают особого внимания на его указания. Он умер в 1530 году, и два года спустя церковь в Конго была поставлена под юрисдикцию португальского епископа расположенного неподалеку острова Сан-Томе. В союзе, заключенном в столь сердечной атмосфере, возникали все большие трения. После смерти Афонсу вспыхнула гражданская война, причиной которой послужило отчасти недовольство конголезцев присутствием португальцев и тем влиянием, которым они пользовались. Португальцы применили военную силу, и в 1572 году маниконго Альваро объявил себя вассалом Португалии. К этому времени дружеские отношения сменились взаимными обидами и подозрительностью.
К югу от Конго располагались земли, которыми правил вождь, известный под именем "Нгола". Эта страна, которая сейчас называется Анголой, с самого начала рассматривалась как источник рабов. В Конго работорговлю контролировал маниконго. В Анголе же португальские работорговцы силой добились для себя больших выгод. В конечном счете побережье стало португальской колонией. Португальцы заявляли о своем праве и на обширные земли внутри континента, но они редко появлялись там и рассматривали их просто как источник рабов, которых приводили на побережье. Там появлялись церкви, но почти исключительно для португальцев и для некоторых африканцев, живших на побережье. Гораздо больше португальцев привлекали другие земли, поэтому церковь в Анголе они поручили заботе наименее способных португальских священников.
На восточном побережье Африки португальская колонизация сопровождалось еще большим насилием. Когда Васко да Гама приплыл в Мозамбик и увидел, что многие жители там были мусульманами, он обстрелял город из пушек. Подойдя к Момбасе, он сделал то же самое. В конце концов он заключил союз с племенем малинди, соперничавшим с Мозамбиком и Момбасой. В 1505 году Португалия отправила в Индию флот, состоявший из двадцати трех кораблей, с поручением останавливаться по пути и закрепить господство Португалии в Восточной Африке. За пять лет португальским стало все побережье. В 1528 году Момбаса еще раз попыталась восстать и вновь была расстреляна из пушек.
Первые португальские священники появились в Мозамбике в 1506 году. Основная их задача заключалась не столько в обращении африканцев, сколько в служении капелланами в португальских гарнизонах. Под юрисдикцию созданного в 1534 году епископства Гоа в Индии поставили все восточное побережье Африки.
В то время как большинство португальских священников оставались на побережье под прикрытием португальских пушек, многие иезуиты и доминиканцы шли в глубь континента. Наиболее известным из них был иезуит Гонсало де Сильвейро, который дошел до Зимбабве, где обратил в веру и окрестил правившего там вождя. Но африканские торговцы, опасавшиеся, что успехи миссионеров откроют путь португальским купцам, убедили вождя, что иезуит – шпион и что он занимается черной магией. Узнав, что вождь решил убить его, Сильвейра решил не бежать, а остаться на своем посту, но был задушен во сне. Восхищение многих африканцев заслужили и многие другие миссионеры, отдавшие жизнь в течение последующих пятидесяти лет. Но хотя многие принимали мученическую смерть, большинство священнослужителей не проявляли особой заботы об африканцах, что отражало позицию официальных властей Португалии, которые обратили взгляд на Дальний Восток и уже не очень интересовались африканскими колониями.
Когда после первых открытий Колумба папа поделил весь нехристианский мир между Испанией и Португалией, последней досталась не только Африка, куда уже проникли португальские колонизаторы, но и весь Восток, который всегда был основной целью колонизации Африки. По возвращении Васко да Гамы стало ясно, что Португалия не в состоянии покорить обширные территории и многочисленные народы Индии, Японии и Китая. Поскольку восточные товары – шелк и пряности – высоко ценились на европейских рынках, Португалия избрала политику торговли, а не завоеваний.
Но чтобы сделать торговлю с Востоком выгодной, Португалии необходимо было взять ее под свой контроль. Именно эту цель преследовало создание широкой сети военных баз, призванных служить пунктами ремонта и обслуживания для португальских судов и охранять морские пути. Закрепившись на обоих побережьях Африки, португальцы заперли Красное море, захватив остров Сокотру и другие близлежащие земли. В Индии они взяли Гоа и укрепили его. База на Цейлоне позволяла им контролировать судоходство у южной оконечности Индии. Их присутствие еще восточнее, на Малакке, закрывало путь в Китай любому дерзкому европейцу, который осмелился бы заплыть так далеко. Наконец, в самом Китае Макао служил перевалочным пунктом для торговли со всей этой огромной страной. Многие из этих баз были захвачены силой. В других местах, например в Макао, португальцы получали разрешение на поселение, так как местные или центральные власти хотели торговать с ними. Но даже в тех местах, которые изначально были взяты силой оружия, португальцев интересовала в первую очередь торговля, а не завоевания, поэтому они избегали любых конфликтов, которые могли бы нарушить торговые связи.
Король Португалии Жуан III, услышав о достоинствах недавно созданного ордена иезуитов, попросил отправить на Восток шестерых монахов. Основатель ордена Лойола смог выделить только двух. Одним из них был Франциск Ксавье. Узнав о поручении, он едва успел заштопать сутану и сразу отправился в Лиссабон. Там иезуиты произвели такое впечатление на короля и на двор, что одного из них оставили в Португалии, и миссионером на Восток поехал только Франциск Ксавье.
В мае 1542 года после путешествия, продолжавшегося больше года, Ксавье прибыл в Гоа, оперативный центр португальцев на Востоке. Его возмутил образ жизни португальцев, но скоро он понял, что все его увещевания напрасны. Тогда он прибегнул к уловке, которую будет использовать и в дальнейшем. Он ходил по улицам с колокольчиком, приглашая детей пойти с ним в церковь, где учил их катехизису и нравственным принципам церкви. Затем он отправлял их домой и просил поделиться полученными знаниями сродителями. Постепенно Ксавье завоевал уважение взрослых, которые начали приходить на его проповеди. За этим следовали сцены массового покаяния, напоминавшие Флоренцию во времена Савонаролы.
Но Ксавье приехал в Индию не для проповеди португальцам. Его пребывание в Гоа было лишь промежуточным этапом подготовки к более широкому служению тем, кто не слышал имени Христа. После пяти месяцев жизни в Гоа он отправился на Жемчужный берег, названный так потому, что был известен добычей жемчуга. Там часто появлялись португальские купцы, и многие местные индийцы приняли христианство просто потому, что это была религия могущественных португальцев. Ксавье взял с собой двух молодых священников, знавших местный язык, и, используя их как переводчиков, начал проповедовать и учить. От жителей окрестных деревень приходили просьбы проповедовать и у них. Удовлетворить все эти просьбы было невозможно, поэтому Ксавье подготовил нескольких своих обращенных, которые сами начали проповедовать и крестить.
Большинство обращенных Ксавье, как и приведенных ко Христу в других частях Индии, принадлежали к низшим кастам. Кастовая система имела глубокие корни в индийском обществе, и не принимать это во внимание было невозможно. Людям из разных каст не разрешалось есть вместе. Так как христиане причащались вместе, многие члены низших каст полагали, что обращение в христианство означает для них переход в касту португальцев. Поэтому для многих обращение и крещение приобретали значение социального освобождения. Но по тем же причинам члены высших каст противились проповеди христианства, так как считали его опасным. Во многих местах отмечались случаи мученической смерти, как это было во времена ранней церкви. Ксавье сам несколько раз подвергался нападениям и однажды был ранен стрелой. Какое-то время он рассчитывал на использование португальской военной силы для защиты обращенных. Португальские власти отвечали отказом, но руководствуясь не пацифистскими идеалами, а опасением, что это может повредить торговле.