В 1546 году, поручив другим продолжать его дело, начатое им в Индии, Ксавье отправился в более далекие страны. Трое японцев, которых он встретил в ходе своих путешествий, пригласили его посетить их страну. Вернувшись сначала на некоторое время в Гоа, Ксавье затем предпринял эту новую миссию. В 1549 году в сопровождении трех обращенных японцев и двух иезуитов Ксавье отплыл в Японию. Там его приняли хорошо, и число обращенных убедило его, что он заложил основания того, что скоро станет процветающей церковью. Он не мог знать, что вскоре после его смерти разразятся гонения и что созданная им церковь будет почти полностью уничтожена. (Она, действительно, казалась полностью разрушенной, но три века спустя протестантские миссионеры обнаружили около ста тысяч христиан, в Нагасаки и его окрестностях.)
По возвращении в Малакку Ксавье узнал, что орден иезуитов решил создать новую провинцию, включающую в себя все территории к востоку от мыса Доброй Надежды, и что он назначен ее главой. Новые административные обязанности вынудили его вернуться в Гоа и отказаться на время от мечты проповедовать Евангелие в Китае.
Наконец, в 1552 году он отправился в Китай. Перед отплытием из Гоа он написал королю Португалии: "Нас воодушевляет, что эту мысль вложил в нас Бог… и у нас нет сомнений, что власть Бога неизмеримо выше власти короля Китая". Но несмотря на такую уверенность, Ксавье так и не попал в Китай, правительство которого противилось иностранному вмешательству в любой форме. Он умер на острове у границы Китайской империи, где поселился в ожидании дня, когда эта земля откроется для него.
Ксавье и другие миссионеры не проводили четкого различия между европейской культурой и христианской верой. При крещении обращенных им давали "христианские", то есть португальские имена, и рекомендовали носить европейскую одежду. Многие из обращенных верили, что после принятия крещения они становятся подданными короля Португалии. По тем же причинам культурные и обладающие властью слои населения стран, посещавшихся миссионерами, рассматривали христианство как чужеродное вмешательство, подрывающее основы традиционной культуры и существующего общественного порядка.
Иезуиты следующего поколения, действовавшие под покровительством португальцев, хотя многие из них по происхождению были итальянцами, начали ставить под сомнение целесообразность отождествления христианства с Португалией как таковой и с ее культурой и искали пути "приспособить" его к древним культурным традициям Востока. Наиболее известными среди них были Роберто де Нобили и Маттео Риччи – первый работал миссионером в Индии, а второй – в Китае.
Де Нобили начал миссионерскую деятельность на Жемчужном берегу и именно там понял, что принятие христианства многочисленными членами низших каст не только заставит их осознать разрыв со своей приниженностью, но и обернется нежеланием высших каст прислушаться к посланию, которое в их глазах было связано с отбросами общества. Поэтому когда его перевели в другой район, Нобили решил действовать иначе. Заявив, что в своей стране он родился в семье благородной крови, он ходил в одеянии брахмана и называл себя "учителем". Он, как и все добропорядочные индусы, следовал вегетарианской диете и изучил санскрит. Тем самым он завоевал уважение многих представителей высших каст. После обращения некоторых из них он выделил для них особую церковь и распорядился, чтобы представители низших каст не допускались на совместные служения с этими привилегированными обращенными.
Свои действия Нобили оправдывал тем, что кастовая система, даже если она кажется неприемлемой, тем не менее представляет собой культурную, а нерелигиозную действительность. Надо уважать культуру индусов и проповедовать Евангелие с учетом кастовых различий. В таком случае, утверждал он, низшие классы последуют примеру высших, и в веру обратятся все. Но его доводы опровергались теми, кто заявлял, что Евангелие призывает к справедливости и любви и что отрицание этого означает проповедь ложного евангелия. В конечном счете наиболее крайние воззрения Нобили были отвергнуты. Тем не менее в Индии долгое время существовали отдельные церкви или отдельные районы с церквами для разных каст.
Матгео Риччи, "мудрец с Запада".
В Китае Маттео Риччи действовал примерно так же, но он не вдавался в крайности. Китай был полностью закрыт для любого иноземного вмешательства, за исключением небольшого торгового "окна", открытого в Макао. Вскоре после смерти Ксаверия испанский миссионер с Филиппин, тоже пытавшийся проникнуть в Китай, заявил, что "попытка войти в Китай при поддержке солдат или без нее равнозначна попытке отправиться на луну". Но несмотря на такие трудности, иезуиты не забыли о мечте Ксавье. Поняв, что Китай представляет собой страну с высокоразвитой цивилизацией, относившуюся ко всему остальному миру как к варварам, иезуиты решили, что единственный способ оказать воздействие на этот огромный народ заключается в изучении не только его языка, но и его культуры. Именно этим занялась группа иезуитов, обосновавшаяся на границах Китайской империи. Постепенно образованные китайцы, жившие в близлежащих районах, пришли к выводу, что эти европейцы, в отличие от многих авантюристов, пытавшихся просто проникнуть в Китай, достойны уважения. В конечном счете после длительных переговоров им разрешили создать поселение в Чаочине, но ограничиться только этим.
Среди прочих в Чаочине поселился Маттео Риччи. Он не только изучил язык и культуру Китая, но был также географом, астрономом, математиком и часовщиком. Зная, что дружелюбие – важная добродетель в глазах китайцев, он написал трактат на эту тему, в котором, придерживаясь канонов китайской литературы, мудрость этой страны дополнил материалами западной философии. Вскоре его уже называли "мудрецом с Запада", и к нему приходили ученые для обсуждения вопросов, связанных с астрономией, философией и религией. Составленная Риччи карта мира с неизвестными китайцам обширными территориями привлекла внимание пекинского двора. Еще большее уважение он завоевал, истолковав движение небесных тел в соответствии со сложными математическими законами. Наконец, в 1601 году его пригласили к императорскому двору в Пекин, где он получил необходимые средства для строительства большой обсерватории и где оставался до самой смерти в 1615 году.
Риччи не стремился в Китае к большому количеству обращенных. Он опасался, что в случае религиозных волнений, вызванных его деятельностью, его вместе с другими миссионерами вышлют из страны и вся их работа окажется напрасной. Поэтому он не построил ни одной церкви или часовни и никогда не проповедовал большому числу людей. Немногих обращенных он приобрел у себя дома в узком кругу друзей и почитателей, собиравшихся у него, чтобы поговорить на темы, связанные с часовым делом, астрономией, а также религией. После его смерти осталась небольшая группа верующих, все из которых принадлежали к интеллектуальной элите. Но они в свою очередь обращали других, и в конце концов в стране появилось немало христиан под водительством иезуитов, которые продолжали служить при пекинском дворе в качестве официальных астрономов.
Как и в случае с Нобили, методы Риччи вызывали возражения со стороны других католиков. В данном случае разногласия касались не кастовой системы, а поклонения предкам и конфуцианства. Иезуиты утверждали, что конфуцианство – не религия и что многие положения учения Конфуция можно использовать для приобщения к Евангелию. Поклонение же предкам, по их мнению, было не подлинным поклонением, а просто общепринятым обычаем уважительного отношения к предкам. Возражали им, в основном, доминиканцы и францисканцы, утверждавшие, что такое поклонение не что иное, как идолопоклонство. Еще один спорный вопрос заключался в том, какое из двух возможных китайских слов надо использовать для обозначения христианского Бога. Узнав, что этот вопрос передан на рассмотрение папы в Рим, китайский император пришел в негодование при мысли, что варвар, ни слова не знающий по-китайски, берет на себя смелость учить китайцев, как они должны говорить на своем языке.