Еще до возникновения арианской ереси Афанасий написал две работы: "Слово против язычников" и "О воплощении Слова", задавшие тон его богословским воззрениям. В них нет места умозрительным построениям, как у Климента или Оригена. Эти работы отмечены его глубоким убеждением, что главным событием как христианской веры, так и всей человеческой истории является воплощение Бога в Иисусе Христе. Божье присутствие среди людей приняло человеческие формы: именно в этом состоит суть христианства в понимании Афанасия.
В одном из наиболее примечательных мест его сочинений воплощение описывается как посещение города императором. Император решил посетить город и остановился в одном из его домов. В результате не только этот Дом, но и весь город оказались под особой защитой и удостоились особой чести. Бандиты не решались к нему подходить. Точно так же Владыка вселенной посетил наш человеческий город, жил в одном из наших домов, и благодаря Его присутствию все мы получили защиту от нападок и козней лукавого. Теперь, после этого посещения Бога в Иисусе Христе, мы обрели свободу быть теми, кем нас хочет видеть Бог, то есть жить в тесном общении с божественным началом.
Совершенно очевидно, что центральное место в богословских воззрениях Афанасия занимало Божье присутствие. Неудивительно поэтому, что в арианстве он видел серьезную угрозу самой сути христианства. Арий учил что пришедший к нам в виде Иисуса Христа был не настоящим Богом, а каким-то менее значимым существом или творением. Такие взгляды были неприемлемы как для самого Афанасия и для монахов, удалившихся в пустыню и искавших там любви воплощенного Бога, так и для верующих, приходивших к Афанасию на богослужения. В глазах Афанасия, монахов и многих верующих арианские взгляды не выглядели вопросами, имеющими какое-то второстепенное значение. Они касались самой сути христианского послания.
Враги насмехались над небольшим ростом Афанасия.На гравюре из сборника его сочинений, изданного в 1777 году, изображено,как Афанасий пишет опровержение взглядов Ария.
Когда Александр, епископ Александрийский, лежал на смертном одре, никто не сомневался, что его сменит Афанасий. Но в это время молодой человек, стремившийся к мирной жизни среди людей и к совершению для них обрядов и богослужений, бежал в пустыню. Говорят, что перед смертью Александр попросил позвать к нему его молодого друга, по-видимому для того, чтобы сказать ему о своем желании видеть его следующим епископом Александрии. Но Афанасий прятался. В конечном счете через несколько недель после смерти Александра Афанасия против его воли избрали епископом Александрии. Это произошло в 328 году, в том же году, когда Константин отменил решение об изгнании Ария. Арианство набирало силу, и противники заняли означенные позиции.
Евсевий Никомидийский и другие ариане понимали, что Афанасий – один из их самых опасных противников. Вскоре они начали добиваться его ниспровержения, распуская слухи, что он занимается магией и ведет себя как тиран по отношению к христианской пастве в Египте. В результате Константин приказал ему предстать перед синодом, собравшимся в Тире, где он должен был ответить на выдвинутые против него серьезные обвинения. В частности, его обвиняли в убийстве некоего Арсения, епископа противоборствующей группировки, и в использовании отрезанной у того руки в магических ритуалах. В документе той эпохи, автор которого умело драматизирует события, сообщается, что Афанасий прибыл в Тир, как ему было приказано, и, выслушав обвинения, пригласил в комнату человека, завернутого в плащ. Убедившись, что среди присутствовавших были люди, лично знавшие Арсения, он откинул капюшон плаща, открыв лицо этого человека, и обвинители пришли в замешательство, поняв, что перед ними стоит предполагаемая жертва Афанасия. Тогда кто-то из тех, кто был убежден в достоверности слухов, касающихся епископа Александрийского, высказал предположение, что Афанасий не убивал Арсения, а просто отрезал ему руку. Когда собравшиеся потребовали представить доказательство, что рука не отрезана, Афанасий откинул плащ с одной руки Арсения. "Ты отрезал Другую руку!" – закричали его противники. Афанасий откинул плащ со второй руки и задал вопрос: "Вы думаете, что Арсений был уродом с тремя Руками?" В зале раздался смех, но многие негодовали, что ариане так их одурачили.
Сняв с себя обвинения на синоде в Тире, Афанасий решил поехать в Константинополь, чтобы изложить свои доводы императору. Но при дворе большим влиянием пользовался Евсевий Никомидийский, и Афанасий не смог добиться приема у императора. Тогда он решился на смелый шаг. Однажды, когда Константин совершал верховую прогулку, низкорослый епископ Александрийский подбежал к лошади императора, схватился за узду и не выпускал ее, пока не добился аудиенции. Учитывая политическую обстановку при дворе, такие методы были, возможно, оправданными. Но они лишь привели Константина к убеждению, что Афанасий действительно был опасным и необузданным фанатиком. Поэтому некоторое время спустя он с вниманием отнесся к словам Евсевия Никомидийского, что Афанасий похвалялся, будто может приостановить перевозку пшеницы из Египта в Рим. На основании обвинений Евсевия Константин выслал Афанасия из Александрии и отправил его на Запад в город Трир.
Вскоре, однако, Константин умер, окрещенный перед смертью Евсевием Никомидийским, и его сменили трое сыновей – Константин II, Констант и Констанций. Трое братьев решили, что все сосланные епископы (а их было немало) могут вернуться к своим кафедрам.
Но возвращение Афанасия в Александрию было не концом, а началом долгого периода борьбы и ссылок. В Александрии большим влиянием пользовались сторонники ариан, и теперь они утверждали, что ввиду своего долгого отсутствия Афанасий не является больше законным епископом. Его соперник, некий Григорий, пользовался поддержкой властей. Поскольку Афанасий отказывался передать ему церковные здания, Григорий решил захватить их силой, в результате чего произошли такие крупные беспорядки, что Афанасий поспешил покинуть город, дабы избежать дальнейшего насилия. Ходили слухи, что всю вину за беспорядки власти возлагали на Афанасия. Они подтвердились, когда в порту по распоряжению наместника ему запретили выезд. В конце концов ему удалось уговорить одного судовладельца, который тайно вывез его из порта и доставил в Рим.
Пребывание Афанасия в Риме было плодотворным. Как ариане, так и никейцы добивались поддержки епископа Римского Юлия. Афанасию удалось лично изложить никейскую позицию, и вскоре он стал пользоваться поддержкой римского духовенства, принявшего сторону никейцев против ариан. В конце концов собравшийся в древней столице синод объявил Афанасия законным епископом Александрии, а Григория узурпатором. Хотя это решение не означало, что Афанасий может немедленно вернуться в Александрию, оно тем не менее свидетельствовало о поддержке Западной церковью никейских принципов и лично Афанасия.
После смерти Константина II Констант, ставший единственным императором Запада, попросил Констанция, правившего на Востоке, разрешить Афанасию вернуться в Александрию. Как раз тогда Констанций нуждался в поддержке брата, поэтому он удовлетворил его просьбу, и Афанасий вернулся в Александрию.
Под управлением Григория в Александрии сложилась такая обстановка, что народ встретил Афанасия как героя и освободителя. Такому положению дел способствовало, возможного, что Григорий и ариане представляли эллинизированную знать, а Афанасий был человеком из народа. Во всяком случае ему был оказан шумный и радостный прием. Кроме жителей города, его встречали пришедшие из пустыни монахи. При такой поддержке Афанасий в течение примерно десяти лет был огражден от нападок противников. За это время он укрепил связи с другими защитниками ортодоксальности, с которыми вел оживленную переписку. В те же годы он написал несколько трактатов против арианства.