Несмотря на успехи, достигнутые на раннем этапе (или, возможно, вследствие их), история ордена, созданного святым Франциском, была бурной. Франциска всегда беспокоило, что его монахи станут богатыми и будут вести спокойную жизнь. Поэтому он предписывал нищенское существование не только отдельным монахам, но и ордену в целом. Это повеление он подтвердил в завещании и запретил своим последователям вносить какие-либо изменения в составленный им "Устав".
Вскоре после смерти Франциска орден раскололся. Ригористы настаивали на неукоснительном соблюдении наставлений основателя. Умеренные говорили, что изменившиеся обстоятельства требуют не такого буквального толкования "Устава" и что орден должен принимать собственность, которая ему передается для выполнения миссии. В 1230 году Григорий IX заявил, что завещание Франциска не связывает орден и что он может обратиться в Рим для пересмотра пункта, касающегося нищеты. В 1245 году орден начал владеть собственностью, хотя формально она принадлежала Римской курии, а францисканцы имели право лишь пользоваться ею. В конечном счете отказались и от этой видимости, и орден стал собственником обширных владений.
Постепенно ригористов все больше отвращала церковная иерархия. Все происходившее они считали предательством святого Франциска. Вскоре начали говорить об исполнении пророчеств Иоахима Флорского, жившего до Франциска. Иоахим предложил делить человеческую историю на три последовательных этапа: эру Отца, эру Сына и эру Святого Духа. Первая эра, от Адама до Иисуса, продолжалась в течение жизни сорока двух поколений. Поскольку Бог любит порядок и симметрию, говорил Иоахим, эра Сына должна продолжаться в течение жизни того же числа поколений. Из расчета тридцати лет на поколение, Иоахим пришел к выводу, что в 1260 году закончится эра Сына и начнется эра Духа. Поскольку монахи более духовны по сравнению с остальными верующими, именно они в эпоху Сына выступают глашатаями эры Духа.
1260 год приближался, и неудивительно, что многие убежденные францисканцы, враждебно настроенные к церковной иерархии, приняли концепцию Иоахима. По их мнению, разворачивавшийся конфликт был последней схваткой перед наступлением новой эры, когда их усилия получат достойную оценку. Папу же и других иерархов церкви они считали в лучшем случае верующими второго сорта, необходимость в которых отпадет.
Эти францисканцы, называвшие себя "духовниками", начали проповедовать теории Иоахима Флорского. Одним из их сторонников стал генерал ордена Иоанн Пармский, и какое-то время казалось, что францисканцы пойдут по пути вальденсов и порвут связи с иерархически организованной церковью. Но следующий генерал святой Бонавентура сумел соединить глубокую духовность с повиновением иерархии, и "духовники" утратили авторитет. Те же идеи в XIV веке проповедовали "фратичелли" (в переводе с итальянского – "малые братья"), которые подвергались безжалостным преследованиям и в конце концов были искоренены.
Вормсский конкордат (1122) не положил конец проблемам, связанным с папским престолом. В Риме были могущественные семейства, стремившиеся завладеть им для достижения собственных целей, и вскоре на престол святого Петра опять появилось два претендента. Если бы не решительное вмешательство Бернара Клервоского в пользу Иннокентия II, Европа оказалась бы разделенной. Оставив Рим в руках своего противника, Иннокентий нашел убежище во Франции, которая встала на его сторону. Англия и Германия, традиционные враги Франции, проявляли нерешительность. Но Бернар убедил обоих монархов выступить в пользу Иннокентия. В конечном счете при поддержке императорских войск Иннокентий вернулся в Рим.
Но после смерти императора отношения Иннокентия с его преемником испортились. В Италии распространялись республиканские идеи, и папа поддерживал их в принадлежащих империи городах на севере, а император то же самое делал в Риме. Несколько городов, находившихся в подчинении империи, восстали и провозгласили себя республиками. В Риме произошло то же самое, его жители провозгласили республику, избрали сенат и заявили, что будут подчиняться только духовной, но не мирской власти папы. Следующие несколько пап лишь изредка подолгу оставались в городе. Противоборство между папством и империей еще усугубилось при следующем императоре Фридрихе Барбароссе (1152-1190), когда одновременно избирались разные папы. Но он не сумел навязать свою политику в Италии, где непокорные города объединились в Ломбардскую лигу и нанесли ему поражение. После многих лет борьбы Барбаросса заключил мирное соглашение с папой, которым в то время был Александр III. Его соперник, Каликст III, сложил свои полномочия в 1178 году. Александр благосклонно отнесся к нему и даже назначил его на высокий пост в церковной иерархии.
Фридрих укрепил позиции, женив своего сына Генриха на наследнице престола Сицилийского королевства – традиционного союзника пап. Потом Фридрих утонул во время Третьего крестового похода, и на престол взошел его сын Генрих VI, ставший одновременно германским императором и королем Сицилии. Вскоре выяснилось, что Генрих стремится к установлению контроля над папским престолом, и папа Целестин III отлучил его от церкви. Открытое столкновение казалось неизбежным, но тут почти одновременно умерли император и папа.
Империя еще не успела оправиться от неожиданной смерти Генриха VI, и кардиналы воспользовались этим, избрав папу без внешнего давления. Их выбор пал на тридцатисемилетнего Лотарио де Конти ди Сеньи, который под именем Иннокентия III стал самым могущественным папой за всю историю христианства.
Вдова Генриха опасалась, что ее малолетний сын Фридрих станет жертвой кого-либо из претендентов на власть в Германии и поместила ребенка под покровительство папы, объявив Сицилийское королевство вассальным владением папского престола. Таким образом была ликвидирована угроза, которую это королевство представляло для папства при Генрихе VI.
Императорская корона Генриха не была наследственной. Император избирался знатью. Юный Фридрих был, разумеется, слишком молодым, чтобы стать императором, тем более что эту корону удержать было нелегко. Сторонники Генриха VI и династии Гогенштауфенов избрали императором брата Генриха Филиппа. Но соперничающая партия выдвинула Оттона IV, которого затем поддержал Иннокентий III. Избрание Филиппа было, несомненно, совершено по всем правилам. Но Иннокентий заявил, что он запятнан кровью преступлений своего брата и что папа в любом случае имеет право определять законного императора. Как духовная, так и мирская власть, говорил он, установлены Богом. Они подобны луне и солнцу. Но как луна получает свет от солнца, так и император должен получать власть от папы. На этом основании законным императором Иннокентий объявил Отгона, и началась гражданская война, продолжавшаяся десять лет и закончившаяся лишь с убийством Филиппа.
Человек, осужденный судом испанской инквизиции. В силу незначительности вины его приговорили не к смерти, а к позорному ношению "самбенито".
Став полновластным хозяином империи, Оттон IV порвал с папой, который ранее его поддерживал. В очередной раз основной причиной разлада стали попытки императора укрепить свою власть в Италии и сопротивление этому со стороны папы. Приверженцы Отгона поощряли действия сторонников республики в Риме, а сам он готовился к вторжению в Сицилийское королевство, принадлежавшее, во всяком случае номинально, папскому престолу, так как молодой Фридрих был вассалом Иннокентия.
В ответ Иннокентий отлучил Отгона от церкви, объявил его низложенным, а законным императором назвал молодого Фридриха. При поддержке папы Фридрих перешел через Альпы, появился в Германии и вырвал императорскую корону из рук своего дяди. Победа была одержана в результате весьма странных действий как Фридриха, так и Иннокентия. Поддержав Фридриха, Иннокентий способствовал восстановлению династии Гогенштауфенов – традиционных противников папского престола. Со своей стороны, новый император Фридрих II получил корону на основании заявления папы о его власти над императорами и королями. Таким образом, Иннокентий признал Фридриха, а новый император молчаливо признал за папой право определять законного правителя. Германия была не единственной страной, в дела которой вмешивался Иннокентий III. По сути в Европе вряд ли был какой-то монарх, который не испытывал бы давления с его стороны.