Среди поселенцев были люди, проявлявшие интерес к евангелизации своих индейских ближних. В этом отношении замечательный пример показывала семья Мейхью, поселившаяся в поселке Виноградник Марфы и занимавшаяся обращением и воспитанием индейцев на протяжении пяти поколений – с 1642 года вплоть до смерти Захарии Мейхью в 1806 году. Но гораздо большие последствия имела работа, начатая в 1646 году Джоном Элиотом среди могикан. Он пришел к убеждению, что индейцы и есть десять потерянных колен Израиля и что их обращение приведет к исполнению древних пророчеств. Для этого он собирал обращенных в деревнях, где они жили по Моисееву закону. Там он учил их европейским методам землепользования и техническим навыкам, благодаря которым они могли бы поддерживать свое существование. Большое внимание уделялось также чтению и изучению Библии, которую Элиот перевел на язык могикан после тщательного изучения их языка и разработки способа его записи. Сам Элиот основал четырнадцать таких деревень, а его последователи создали их еще больше.
В 1675 году индейцы под руководством вождя, которого они назвали королем Филиппом, решили положить конец грубому нарушению своих прав и постепенному захвату своих земель. В ходе этой схватки, получившей название "войны короля Филиппа", многие обращенные индейцы либо встали на сторону поселенцев, либо просто отказались от борьбы. Несмотря на это, сотни из них были изгнаны из своих деревень и выселены на и так уже переполненный остров в Бостонском заливе. Многие другие были убиты белыми, считавшими индейцев врагами. Одержав победу, поселенцы отдали захваченных и сдавшихся в плен индейцев в услужение белым – женщин и детей слугами, а мужчин рабами, которых можно было продавать или перевозить куда угодно. После этих событий от трудов и усилий Элиота не осталось почти никаких следов.
Род-Айленд и баптистыИз-за царившей в пуританских колониях нетерпимости многие покидали их. Самым известным диссидентом был Роджер Уильяме, приехавший в Массачусетс в 1631 году. Отказавшись служить пастором в Бостоне, он заявил, что пуритане не правы, возлагая на гражданские власти контроль за соблюдением заповедей, относящихся к личному общению человека с Богом. Он был убежден, что власти должны обладать полномочиями только в той сфере, которая имеет отношение к поддержанию порядка в обществе. Он заявил также, что колонии занимают земли, принадлежащие индейцам, и что все колониальное предприятие несправедливо и незаконно. Эти и другие идеи, казавшиеся в то время крайне радикальными, сделали его непопулярным в Бостоне, и он перебрался в Плимут. Затем он стал пастором в Сейлеме. Но когда он попытался отделить свою церковь от остальных, власти Массачусетса изгнали его. Тогда он вместе с группой друзей поселился сначала в Плимуте, а затем в Наррагансете на землях, купленных у индейцев. Там он основал колонию Провиденс, построенную на принципе религиозной свободы.
Уильяме считал, что такая свобода требуется в силу самой необходимости поклонения Богу. Поклонение должно быть искренним, и любые попытки принудить к нему фактически ослабляют его. Поэтому в новой колонии права граждан не должны были ущемляться на основании религиозных воззрений человека. Эти свои взгляды он изложил в опубликованном в 1644 году трактате "Кровавый принцип гонений за дело совести", на который один из пасторов Массачусетса ответил сочинением "Кровавый принцип отмыт и отбелен кровью Агнца".
Тем временем по аналогичным причинам в соседние районы перебирались и другие диссиденты. В конце 1637 года из Массачусетса изгнали пророчицу Анну Хатчинсон среди прочих причин за утверждения, что она получала личные откровения. Вместе с восемнадцатью своими спутниками на острове близ Провиденс она основала колонию Портсмут, в которой тоже исповедовался принцип религиозной свободы. Вскоре после этого группа из Портсмута основала общину Ньюпорт на другом конце того же острова. Все эти общины быстро росли за счет притока баптистов, квакеров и других людей из пуританских колоний. Но единственным правовым основанием этих новых поселений было заявление, что земля куплена у индейцев, и многие в соседних колониях выступали за уничтожение того, что они считали сточной трубой Новой Англии. Поэтому Роджер Уильяме отправился в Англию и в 1644 году добился от Долгого парламента юридического признания колонии Род-Айленд и Провиденс с демократической системой управления. После реставрации Стюартов Карл II подтвердил правовой статус колонии.