Церкви, отказавшиеся принять "Определение веры" Халкидонского собора на том основании, что, с их точки зрения, оно отделяет человечность Иисуса от Его божественности, обычно называют "монофизитскими", хотя это наименование не совсем точно выражает их христологические позиции.
Самые крупные из них – Коптская церковь Египта и ее дочерняя церковь, Церковь Эфиопии. Последняя является одной из восточных церквей, дольше других пользовавшихся активной поддержкой со стороны государства, но помощь прекратилась с падением императора Хайле Селассие в 1974 году. Древняя Сиро-монофизитская церковь, известная также как "якобитская", занимает сильные позиции в Сирии и Ираке. Резиденция ее главы, якобитского патриарха Антиохии, расположена в столице Сирии Дамаске. Церковь Индии сиро-восточного обряда, заявляющая, что ее основал св. Фома, теоретически подчиняется этому патриарху, но на практике совершенно самостоятельна, состоит полностью из местных жителей и насчитывает около полумиллиона членов.
Как уже отмечалось выше, Армянская церковь отказалась признать халкидонское "Определение веры" главным образом потому, что Римская империя не пришла на помощь, когда в Армению вторглись персы. Затем эта территория была завоевана турками, и упорное нежелание армян отказаться от веры предков стало одной из причин вражды между ними и турецкими захватчиками. Когда сила Османской империи ослабла, эта вражда вылилась в открытые насильственные действия. В 1895, а затем в 1896 и 1914 годах были вырезаны тысячи армян, живших под властью турков. Примерно миллиону удалось бежать, и в результате значительное число армянских христиан проживает сейчас в Сирии, Ливане, Египте, Иране, Ираке, Греции, Франции и в западном полушарии. В той части Армении, которая находилась под советским контролем, церковь существовала в таких же условиях, как и остальные церкви в Советском Союзе.
В первых десятилетиях XX века отношение восточных церквей к экуменическому движению было достаточно сдержанным. Они опасались, что готовность обсуждать вопросы "веры и порядка" может быть расценена как нетвердость в убеждениях или как готовность пойти на компромисс в своих верованиях. Поэтому, хотя некоторые из них сотрудничали с другими христианами в практических делах, они вместе с тем отказывались принимать официальное участие в дискуссиях, которые могли бы быть истолкованы как попытка решить вероучительные вопросы путем переговоров. Когда церквам разослали приглашение принять участие в работе первой ассамблеи Всемирного совета церквей, которая состоялась в Амстердаме в 1948 году, большинство православных церквей после взаимных консультаций решили воздержаться. В 1950 году Центральный Комитет Всемирного совета церквей выступил с заявлением, в котором развеял их опасения. После этого большинство православных церквей стали полноправными членами Всемирного совета церквей. Возросло участие и других восточных церквей. В такой обстановке, в значительной степени при посредничестве Всемирного совета церквей, проводились переговоры между церквами, признающими халкидонское определение и отвергающими его, – несторианскими и монофизитскими. В ходе переговоров выяснилось, что между этими церквами существует глубокое единодушие и что многие разногласия возникли в результате взаимного непонимания. Таким образом, открыв диалог между западным и восточным христианством, экуменическое движение в то же время способствовало началу полезных переговоров между восточными христианами.
Рассматривая положение дел в этих церквах в целом, можно сделать два вывода. Во-первых, история этих церквей, с необычайной быстротой перешедших в постконстантинову эпоху, может служить показательным уроком для других христиан, переживающих сейчас аналогичные преобразования. Во-вторых, западные христиане, возможно, недооценивают силу литургии и предания, позволившую этим церквам продолжать существование и даже процветать в самых неблагоприятных условиях.