Конклав продолжался всего один день и после трех голосований избрал его преемника. Им стал кардинал Пачелли, принявший имя Пия XII (1939-1958), показав тем самым, что он намерен продолжать политику Пия XI. Пий XII был опытным в дипломатических делах человеком с небольшой склонностью к непотизму и с крайне авторитарным и клерикальным взглядом на церковь, но в то же время мистиком, проводившим многие часы в молитве, неутомимым тружеником, помощники которого часто жаловались, что он слишком перегружает их работой, и человеком большого личного обаяния, которого уважали как друзья, так и противники. Начальные годы его понтификата проходили в условиях Второй мировой войны, которую он безуспешно пытался предотвратить. Когда война стала неизбежной, он направил усилия – опять же безрезультатно – на то, чтобы удержать Италию от участия в конфликте. Он также поддержал заговор с целью свержения Гитлера. С начала войны Пий XII проводил политику нейтралитета в надежде, что, оставаясь над схваткой, он в нужное время сможет стать посредником. Но этот нейтралитет был достигнут ценой молчания перед лицом нацистских зверств по отношению к евреям, и в этом плане его политика часто подвергалась суровой критике: даже его апологеты признают, что он знал о происходившем в Германии и в оправдание своей политики говорил, что протесты мало что дадут. Но такая позиция не мешала папе осуждать жестокое обращение нацистов с католиками в Польше, хотя польские епископы сообщали, что после каждого протеста, переданного по Ватиканскому радио, против их паствы принимались еще более суровые меры. В этих вопросах Пий XII был, по всей видимости, просто-напросто очередным выразителем настроений, господствовавших в Римской курии со времен Тридентского собора: защищать церковь любой ценой, стремясь обеспечить ей как можно большую свободу действий и власть, а все остальное подчинять этой первоочередной задаче. Возможно также, что хотя он и опасался победы нацистов, его тем не менее больше беспокоил рост влияния коммунизма и что в войне между странами "Оси" и СССР его симпатии были на стороне первых. Как бы там ни было, он постоянно делал упор на общих принципах, на основании которых следует судить о действиях государств и правительств, хотя сам воздерживался от высказывания таких суждений.
Отношение папы к преследованиям евреев в Германии и в оккупированных странах Европы оставляло желать много лучшего, но были другие католики, рисковавшие жизнью и свободой ради спасения своих еврейских братьев и сестер. Пию было известно о существовании подпольных сетей, с помощью которых евреи переправлялись из Германии, Франции и из разных стран Восточной Европы. И среди "праведных язычников", которые, по признанию международного еврейского сообщества, дали достойный ответ на брошенный тогда вызов, нередко совершая героические поступки, было немало католиков.