Жизнь Бонхеффера в Германии становилась все труднее. В 1938 году ему запретили жить в Берлине. Два года спустя его семинарию закрыли по приказу гестапо, а самому ему запретили печататься и выступать с публичными заявлениями. В течение следующих трех лет он принимал все более активное участие в подпольной деятельности против гитлеровского режима. До сих пор он был пацифистом. Но теперь он пришел к убеждению, что такой пацифизм, возлагающий на других обязанность принимать трудные политические и повседневные решения, означает по сути уклонение от ответственности. Встретившись с одним из друзей в Швеции, Бонхеффер сказал ему, что участвует в заговоре с целью убийства Гитлера. Он добавил, что ему это не очень нравится, но что другого выбора у него нет.
В апреле 1943 года Бонхеффера арестовало гестапо. В тюрьме и затем в концентрационном лагере Бонхеффер пользовался уважением как охранников, так и заключенных, которым он служил священником. Он также поддерживал переписку с друзьями на свободе, причем одни письма проходили цензуру, а другие тайком передавались с помощью симпатизировавших ему охранников. В этих письмах и других оставленных им записях он излагал охватившие его новые идеи, которые он пытался разрешить и над рядом которых будут биться последующие поколения. Он говорил, например, что мир "достиг совершеннолетия" и что Божье присутствие в этом мире очень похоже на поведение мудрого родителя, который по мере роста ребенка все больше отступает на задний план. Именно в этой связи он критиковал Барта, которого глубоко уважал, за то, что тот, по его мнению, принял точку зрения, которую он называл "позитивистским отношением к откровению", как будто откровение позволяет нам узнать больше, чем оно на самом деле содержит. Но в других вопросах он придерживался линии Барта и пытался смело развивать его концепции. Например, Барт заявлял, что религия выражает стремление человека спрятаться от Бога, и на этом основании, пытаясь определить будущую форму христианства, Бонхеффер говорил о "безрелигиозном христианстве". Прочитав эти строки, последующие поколения почувствуют необходимость развить эту мысль Бонхеффера и будут делать это, двигаясь совершенно разными путями.
С приближением американской армии и неминуемого поражения Третий рейх начал уничтожать тех, кого считал своими противниками. Среди них был и Бонхеффер. После короткого заседания военного суда его приговорили к смертной казни. Тюремный врач впоследствии рассказал, что видел, как он, стоя на коленях в своей камере, молился перед смертью. 9 апреля 1945 года, через два года и четыре дня после ареста, Дитрих Бонхеффер был повешен. Несколько дней спустя американская армия захватила тюрьму, в которой его казнили.
Послевоенный периодВ результате войны обширные территории Восточной и Центральной Европы попали под советский контроль. Большинство этих стран были преимущественно католическими, однако в каждой из них проживали значительные протестантские меньшинства. Попавшая в советскую зону оккупации часть Германии была колыбелью протестантизма с подавляющим преобладанием протестантского населения. Это привело одновременно к возникновению трений между протестантами и коммунистическими режимами и к оживлению диалога между марксистами и протестантами. Характер отношений между государством и церковью в разных странах и в разное время был неодинаковым. Ортодоксальная марксистская доктрина, безусловно, рассматривала христианство как противника, однако тогда как одни коммунистические лидеры проводили политику открытого противоборства церкви, другие предпочитали снисходительно не замечать ее, будучи убежденными, что религиозная вера – пережиток прошлого и исчезнет сама по себе. В Чехословакии и в Венгрии государство продолжало традиционную политику поддержки церкви из общественных фондов. С другой стороны, в Восточной Германии христиане подвергались серьезному ущемлению в гражданских правах, лишавшему их возможности получать образование и занимать ответственные должности.