Три года, проведенные в Страсбурге, с 1538 по 1541 год, были, вероятно, самым счастливым и спокойным периодом его жизни. Но несмотря на это, он сожалел, что не смог продолжить работу в Женеве, и очень беспокоился о судьбе женевской церкви. Поэтому когда ситуация в этом швейцарском городе изменилась к лучшему и новый городской совет попросил его вернуться, Кальвин без колебаний согласился.
В Женеву Кальвин вернулся в 1541 году и первым делом подготовил несколько церковных постановлений, которые городской совет утвердил с небольшими поправками. Тем самым управление церковью в Женеве передавалось в руки консистории, состоявшей из пасторов и двенадцати "старейшин" из числа мирян. Поскольку пасторов было всего пять, мирские старейшины составляли в консистории большинство. Но Кальвин пользовался таким высоким авторитетом, что консистория обычно следовала его рекомендациям.
В течение следующих двенадцати лет между консисторией и городским советом не раз возникали трения, так как церковный орган, следуя указаниям Кальвина, стремился подчинить жизнь граждан, которые в то же время были членами церкви, строгим требованиям, что не всегда нравилось городскому совету. В 1553 году к власти опять пришла оппозиция, и положение Кальвина стало шатким.
Именно к этому времени относится суд над Мигелем Серветом. Сервет был испанским врачом, работы которого в области психологии внесли значительный вклад в развитие медицинской науки. Но он был также автором нескольких богословских трактатов, в которых утверждал, что союз церкви с государством, заключенный после обращения Константина, означал по сути великое отступничество и что Никейский собор, провозгласивший учение о Троице, тем самым оскорбил Бога. Ему удалось бежать из французской тюрьмы, где католическая инквизиция судила его за ересь, но, когда он проезжал через Женеву, его опознали. Его арестовали, и Кальвин составил список обвинений против него из тридцати восьми пунктов. Противники Кальвина в Женеве встали на сторону Сервета под тем предлогом, что он обвиняется в ереси католиками и поэтому к нему надо относиться как к союзнику. Городской совет обратился за советом к другим протестантским кантонам Швейцарии, и все пришли к единодушному мнению, что Сервет – еретик не только по католическим, но и по протестантским меркам.
Это положило конец разногласиям, и Сервет был сожжен на костре, хотя Кальвин выступал за менее жестокую казнь отсечением головы.
Обстоятельства казни Сервета подвергались суровой критике, в частности со стороны Себастьяна Кастеллио, которого Кальвин ранее изгнал из Женевы за истолкование Песни песней как поэмы об эротической любви. Но и впоследствии сожжение на костре известного врача Сервета многие считали символом крайнего догматизма Кальвина. Безусловно, есть достаточно оснований для такой суровой оценки и самого суда, и той роли, которую во всем этом сыграл Кальвин. Но не надо забывать, что в то время с ересью в Европе в равной степени боролись как католики, так и протестанты. Сервет был приговорен к казни и французской инквизицией, которая не сожгла его на костре только потому, что ему удалось бежать.
После казни Сервета авторитет Кальвина в Женеве стал неоспоримым. Это объяснялось не в последнюю очередь тем, что он получил поддержку со стороны богословов других протестантских кантонов, в то время как его противники попали в сложное положение, поскольку им приходилось защищать еретика, осужденного и католиками, и протестантами.
В 1559 году сбылось одно из самых сокровенных желаний Кальвина – открылась Женевская академия, которую возглавил Теодор Беза, ставший впоследствии его преемником в качестве богословского лидера города. В этой академии женевская молодежь обучалась в соответствии с кальвинистскими принципами. Там училось и множество других студентов из разных концов Европы, которые затем, возвращаясь в родные земли, несли с собой кальвинистские взгляды.
Чувствуя приближение конца, Кальвин составил завещание и обратился с прощальным посланием к своим ближайшим помощникам. Последний визит ему нанес Фарель, взявший на себя проведение реформ в близлежащем Невшателе. Кальвин умер 27 мая 1564 года.
Кальвин и кальвинизм