Когда в 1542 году умер Я ков V, наследницей престола стала его дочь Мария Стюарт, родившаяся всего через несколько дней после его смерти, что привело к борьбе за власть. Генрих VIII хотел женить на малолетней королеве своего сына и наследника Эдуарда, и этот план поддерживала проанглийски настроенная протестантская шотландская знать. Со своей стороны, католики профранцузской ориентации хотели отправить Марию для получения образования во Францию и там выдать ее замуж за французского принца. В этом они преуспели, сорвав тем самым планы Генриха.
Тем временем группа протестантских заговорщиков захватила замок Сент-Андрус и убила архиепископа. Правительство, раздираемое внутренними конфликтами, мало что могло сделать. Чтобы схватить и наказать бунтовщиков, были отправлены войска, но после непродолжительной осады их отозвали, и отныне протестанты всего королевства видели в замке Сент-Андрус оплот своей веры.
Именно тогда на сцену выступил Джон Нокс. О молодых годах пламенного реформатора, ставшего лидером шотландского протестантизма, известно мало. Родился он около 1515 года, изучал богословие и был рукоположен священником до 1540 года. Затем он стал домашним учителем сыновей двух дворян, участвовавших в заговоре по захвату замка Сент-Андрус, и поддерживал связь с Джорджем Уисхартом, известным протестантским проповедником, принявшим смерть за веру. Когда заговорщики захватили замок Сент-Андрус, Ноксу поручили привести туда его юных воспитанников. После этого Нокс намеревался отправиться в Германию изучать протестантское богословие, но в замке он оказался в самой гуще событий, сотрясших страну. Помимо воли его сделали проповедником в протестантской общине, и с этого времени он стал основным рупором протестантского движения в Шотландии.
В замке Сент-Андрус протестантам удалось продержаться благодаря тому, что и Англия, и Франция переживали трудные времена и не могли вмешаться в шотландские дела. Но как только Франция сумела отправить в Шотландию подкрепление, правительство послало против замка сильную армию, и протестантам пришлось сдаться. Однако условия капитуляции не были выполнены, и Нокса с некоторыми другими повстанцами приговорили к каторжным работам, на которых будущий реформатор в невыносимых; условиях провел девятнадцать месяцев. Его освободили благодаря вмешательству Англии, где теперь правил Эдуард VI и где Нокс стал пастором.
Этот английский период его жизни закончился со смертью Эдуарда, когда на трон взошла Мария Тюдор и начались преследования протестантов. Нокс уехал в Швейцарию, где оставался некоторое время в Женеве с Кальвином и в Цюрихе с преемником Цвингли Буллингером. Он также дважды посетил Шотландию, чтобы укрепить решимость протестантской общины.
Тем временем в Шотландии происходили важные события. Молодую Марию Стюарт отправили во Францию, где она пользовалась покровительством своих родственников из семейства Гизов. Ее мать, тоже принадлежавшая к этому роду, осталась в Шотландии регентом. В апреле 1558 года Мария вышла замуж за наследника французского престола, который через год с небольшим был коронован под именем Франциска П. Таким образом, в шестнадцать лет Мария стала супругой короля Франции и официальной королевой Шотландии. Но это было еще не все – она также претендовала на титул законной королевы Англии. Мария Тюдор умерла в 1558 году, и престол заняла ее сводная сестра Елизавета. Но если справедливы утверждения католиков, что Елизавета – незаконнорожденная, престол должен был принадлежать Марии Стюарт, правнучке Генриха VII. Поэтому после смерти Марии Тюдор Мария Стюарт приняла титул королевы Англии, превратившись тем самым в злейшего врага Елизаветы. В Шотландии в качестве регентши правила королева-мать Мария де Гиз. Ее прокатолическая политика вынудила протестантских лидеров объединиться, и в конце 1557 года они заключили торжественное соглашение. Они дали обещание служить "благословенному Слову Божьему и Его конгрегации" и поэтому получили название "Лорды конгрегации". Понимая, что у них одни цели с английскими протестантами, они установили с ними связь. Регентша усилила гонения на "еретиков", но они не оставляли своих позиций и в 1558 году организовали собственную церковь. Незадолго до этого они написали Ноксу в Швейцарию и попросили его вернуться в Шотландию.
В изгнании Нокс написал сочинение с резкими выпадами в адрес женщин, правивших в то время в Европе: регентши Шотландии, Марии Тюдор в Англии и Екатерины Медичи во Франции. Его работа "Первые звуки труб против чудовищного правления женщин" вышла не ко времени, так как едва она попала в Англию, как умерла Мария Тюдор и ее сменила Елизавета. Хотя книга была направлена против ее покойной сводной сестры, Елизавете в ней многое не понравилось, ибо аргументация Нокса, построенная на антифеминистских предубеждениях, могла относиться и к ней самой. Это препятствовало естественному пониманию, которое могло бы сложиться между Елизаветой и Джоном Ноксом, к которому, несмотря на его неоднократные отречения,английская королева относилась с недоверием.