Тем временем в расположенном по соседству (между Францией и Испанией) Наваррском королевстве сестра Франциска Маргарита Ангулемская, вышедшая замуж за короля Генриха Наваррского, поощряла распространение реформаторского движения. Она была образованной женщиной и, когда еще жила во Франции, поддерживала французских реформаторов-гуманистов. Теперь же она предоставила церковь при своем дворе французским протестантам, бежавшим с территорий ее брата. Из Наварры и из городов, расположенных неподалеку от французской границы, таких как Страсбург и Женева, во Францию тайными путями постоянно переправлялись протестантские книги. Но несмотря на все это, до 1555 года никаких сведений о существовании протестантских церквей нет.
Франциск I умер в 1547 году, и его сменил сын Генрих II, продолживший политику отца, хотя с протестантизмом он боролся тверже и с большей жестокостью. Но несмотря на преследования, именно при Генрихе была создана первая протестантская церковь по образцу, установленному находившимся в изгнании Кальвином. Четыре года спустя, когда собрался первый национальный синод, церкви существовали уже по всей стране. Это собрание, тайно организованное близ Парижа, приняло "Исповедание веры" и "Дисциплинарный устав" новой церкви.
Вскоре после этого Генрих II умер от раны, полученной во время рыцарского турнира. Он оставил четырех сыновей, трое из которых будут поочередно занимать престол – Франциск II, Карл IX и Генрих III, – и трех дочерей, в том числе Маргариту Валуа. Матерью их была Екатерина Медичи, честолюбивая женщина, стремившаяся через своих детей управлять страной.
Но исполнению планов Екатерины препятствовали предводители рода Гизов. Это семейство из Лотарингии заняло видное положение при Франциске I. Позднее военачальник Франсуа де Гиз и его брат Карл, кардинал Лотарингии, были основными советниками Генриха П. Теперь же эти два брата фактически правили страной от имени молодого Франциска II, не интересовавшегося государственными делами. Но полученная ими власть вызывала недовольство у представителей более древних родов, в особенности у "принцев крови", то есть ближайших родственников короля.
В число этих принцев крови входили Антуан де Бурбон и его брат Луи де Конде. Первый был женат на Жанне д'Альбре, дочери Маргариты Наваррской, следовавшей религиозным убеждениям матери и ставшей кальвинисткой. Ее муж Антуан и деверь Луи приняли ее религиозные взгляды, и таким образом протестантские идеи проникли в сферу высшей аристократии королевства. Поскольку Гизы были убежденными католиками и стремились искоренить протестантизм, их борьба с Бурбонами вскоре приняла религиозную окраску. Затем был раскрыт амбуазский заговор, имевший целью устранить Гизов из окружения короля. Нельзя сказать, что заговорщики руководствовались исключительно религиозными мотивами, но большинство из них были "гугенотами" – этим словом неясного происхождения называли французских протестантов. Среди участников заговора, брошенных Гизами в тюрьму, был Луи де Конде. Это вызвало большие волнения среди знати, как протестантской, так и католической, опасавшейся, что суд над принцем крови и его осуждение станут тяжелым ударом по ее древним привилегиям.
В этот момент Франциск II неожиданно умер. Екатерина Медичи быстро вмешалась в события и приняла титул регентши своего десятилетнего сына Карла IX. Гизы неоднократно расстраивали ее планы и унижали ее, поэтому она фазу же освободила Конде и присоединилась к гугенотам в их борьбе за ограничение влияния лотарингского семейства, как называли Ги-зов. К этому времени гугенотов во Франции было уже много, о чем свидетельствовало количество протестантских церквей, приближавшееся к двум тысячам. Поэтому Екатерина, будучи католичкой, из политических соображений поддерживала протестантов. Тех из них, кто томился в заключении, освобождали, мягко увещевая отказаться от ереси. Затем она устроила в Пу-асси встречу протестантских и католических богословов для достижения соглашения между ними. Как и следовало ожидать, из этого ничего не вышло. Тогда в 1562 году регентша издала Сен-Жерменский эдикт, предоставлявший гугенотам свободу вероисповедания, но запрещавший им владеть местами для богослужений, проводить синоды без предварительного разрешения, собирать денежные средства, содержать вооруженные силы и так далее. Таким образом, гугеноты получили всего лишь право собираться на службы, если они происходят вне городов, в дневное время и без оружия. Тем самым Екатерина надеялась завоевать расположение протестантов, одновременно ограничив их возможное политическое или военное влияние. Она хотела, чтобы гугеноты стали опасны для лотарингского семейства, не угрожая при этом единству страны или королевской власти.