Гизы отказались подчиниться эдикту в надежде подорвать тем самым власть Екатерины. Спустя два с небольшим месяца после провозглашения эдикта братья Гизы с отрядом из двухсот вооруженных дворян окружили конюшню в деревушке Васси, где гугеноты собрались на службу, и перебили всех, кого могли.
Убийства в Васси привели к первой из долгой серии религиозных войн, прокатившихся по Франции. После нескольких мелких столкновений обе стороны собрали войска и выступили на поле боя – католики под командованием герцога де Гиза, а протестанты – адмирала Гаспара де Колиньи. В большинстве битв победу одержали католики, но их командующий был убит дворянином-протестантом, и ровно через год после убийств в Васси стороны согласились на перемирие, предоставлявшее гугенотам определенную свободу. Но мир продолжался недолго – в период между 1567 и 1570 годами вспыхнули еще две религиозные войны.
Варфоломеевская ночьПосле продолжительных войн заключенный в 1570 году договор давал надежду на установление долгого мира. Екатерина Медичи проявляла готовность пойти на уступки протестантам, чтобы заручиться их поддержкой в своей борьбе с Гизами за власть. В 1571 году Колиньи появился при дворе и произвел на молодого короля такое благоприятное впечатление, что тот величал его своим "отцом". Постепенно вызревал замысел брака между дочерью Екатерины Маргаритой Валуа и сыном Антуана протестантским принцем Генрихом Бурбоном. Для гугенотов, которые после долгих лет противостояния получили возможность свободно появляться при дворе, все как будто бы складывалось хорошо.
Но за этой благостной видимостью скрывались совсем иные помыслы. Генрих, новый герцог Гиз, был убежден, что его отца убили по приказу Колиньи, и жаждал мести. Екатерина все больше опасалась возросшего влияния протестантского адмирала, который завоевал доверие и восхищение короля. Возник заговор с целью убрать адмирала, который был одним из самых честных людей в те бурные времена.
На венчание Генриха Бурбона, к тому времени ставшего королем Наварры, и сестры французского короля Маргариты Валуа в Париж съехались наиболее видные гугеноты. Церемония состоялась 18 августа в атмосфере всеобщей радости и примирения. Дружеский прием и очевидные проявления доброй воли короля усыпили бдительность протестантов. Когда Колиньи возвращался из Лувра в особняк, где он остановился, кто-то выстрелил в него из окна, принадлежавшего Гизам. Он потерял палец на правой руке и был ранен в левую. Но покушение на его жизнь не удалось.
Возмущенные таким коварством, гугеноты, верившие в гостеприимство короля, потребовали расследования. Карл IX отнесся к расследованию серьезно, и появились сведения, что стреляли из аркебузы, принадлежащей герцогу Гизу, и что покушавшийся скрылся на лошади из конюшни Екатерины. Подозревали даже, что в заговоре участвовал брат короля Генрих Анжуйский, ставший впоследствии Генрихом III. Разгневанный король запретил Гизам появляться при дворе, а следствие продолжилось.
Заговорщики тем временем перешли к решительным действиям. Екатерина убедила Карла, что гугеноты организовали широкий заговор с целью свержения его с престола и что во главе заговора стоит Колиньи. Король, всегда отличавшийся мягкотелостью, все принял за чистую монету: дорога к избиению протестантов была открыта.
В ночь на 24 августа 1572 года (день св. Варфоломея) герцог де Гиз с согласия Карла IX и Екатерины Медичи собрал своих людей и парижскую милицию и подробно им разъяснил, в какие дома врываться и кто должен стать их жертвами. Убийство Колиньи, который еще не оправился от ранения, он взял на себя. Адмирала застали врасплох в его спальне и искромсали кинжалами. Еще живым, его выбросили из окна поджидавшему внизу герцогу, который приказал добить его. Затем его тело изуродовали, а то, что от него осталось, повесили на виселице в Монфоконе.
Та же участь ждала чуть ли не две тысячи гугенотов. Рассказывают, что даже в Лувре, королевском дворце, по лестницам текла кровь. Двух протестантских принцев крови Луи де Конде и Генриха Бурбона (короля Наварры, ставшего также зятем Карла) приволокли к французскому королю, где они отреклись от своей веры, тем самым сохранив себе жизнь.
Резня в Париже стала сигналом к избиению гугенотов в провинциях. Герцог де Гиз распорядился, чтобы бойня охватила всю Францию. Несколько не поступившихся совестью судей отказались исполнять приказ, заявив, что они не палачи и не убийцы. Но большинство подчинились, и число жертв достигло десятков тысяч.