Успехи Максимилиана вызвали серьезную озабоченность в протестантских странах. К этому примешивались династические соображения: усиление Габсбургов, правивших в Испании и со времени Карла V сохранявших императорский титул, внушало опасения другим правящим династиям. Поэтому в конце 1625 года Англия, Нидерланды и Дания объединились в Протестантскую лигу с намерением вторгнуться в Германию и восстановить Фридриха, который был зятем английского короля Якова I, на престоле Пфальца. Их также поддерживал ряд немецких протестантских князей и даже некоторые католики, опасавшиеся роста могущества Габсбургов. Тем временем Фердинанд II, не полагаясь в деле защиты своей империи только на Максимилиана и Католическую лигу, решил набрать собственную армию, которую поставил под командование Альбрехта Валленштейна. Таким образом, когда датский король Кристиан IV вторгся в Германию, ему пришлось воевать с двумя армиями – Максимилиана и Валленштейна. Походы и битвы в очередной раз подвергали разорению немецкую землю, пока Фердинанд II и Кристиан II не заключили Любек-ский договор. Датчане покинули Германию, не добившись особого успеха и лишь причинив еще большие страдания земле, уже и так опустошенной войной. За этим последовали тысячи насильственных обращений в католичество.
Затем пришла помощь с другой стороны. В 1611 году, когда ему едва исполнилось семнадцать, Густав Адольф унаследовал шведский престол. Наследие было небогатым, так как датчане владели большей частью Швеции и страна была поделена между несколькими политическими группировками, ни одна из которых не выказывала особого уважения к короне. Но молодой король проявил себя способным правителем, постепенно объединившим своих подданных и изгнавшим датских оккупантов. По мере роста сил его все больше тревожила угроза завоевания Габсбургами шведских владений на Балтийском море. Будучи также твердым лютеранином, которого беспокоили события в Богемии и Германии, он счел своим долгом вмешаться, преследуя две цели: защитить протестантов и разрушить амбициозные планы Габсбургов.
Фердинанд II распустил армию Валленштейна, которого боялся, и доверил защиту своих интересов Католической лиге. Поэтому когда в 1630 году Густав Адольф вторгся в Германию, выступившая против него от имени императора армия на самом деле принадлежала Католической лиге. Поначалу шведы не получали особой поддержки со стороны немецких протестантов, опасавшихся гнева императора и не доверявших шведским захватчикам. Но Густав Адольф был очень способным военачальником, чьи неоднократные победы вскоре стали легендарными. В отличие от армий других стран, участвовавших в этой затяжной войне, его войска относились к местному населению с уважением и доброжелательно. Будучи протестантами, шведы не требовали обращения католиков на завоеванных ими территориях. Густав Адольф неоднократно давал ясно понять, что он не ставит целью расчленение Германии в интересах Швеции. Когда Франция предложила ему денежные субсидии в борьбе против Габсбургов, он принял их с условием, что ни одна деревня на германской территории не станет в результате этого французской. В конце концов ему оказали поддержку несколько влиятельных немецких протестантских князей. Католическая лига осадила Магдебург в надежде, что шведы бросятся ему на помощь и попадут в приготовленную для них ловушку. Но Густав Адольф разгадал их уловку и продолжил кампанию по намеченному плану. Лига захватила Магдебург, жителей которого перебили, и двинулась навстречу шведам. На поле близ Лейпцига Л ига была наголову разбита, и Густав Адольф отправил некоторых своих немецких союзников в Богемию, а сам двинулся в Южную Германию, угрожая Баварии, центру Католической лиги. К тому времени некоторые католические лидеры уже просили мира, и многие были готовы подписать его на условиях шведского короля: религиозная терпимость в отношении как католиков, так и протестантов, восстановление прав Богемского королевства, возвращение Пфальца Фридриху и изгнание иезуитов из империи.
Католическая лига не оправдала ожиданий Фердинанда II, поэтому он снова призвал Валленштейна, который согласился прийти на помощь только после того, как ему было обещано большое вознаграждение. Валленштейн напал на протестантов, взявших Прагу, и вынудил их отступить. Затем он соединился с остатками армии Католической лиги и двинулся на шведов. Они встретились на поле близ Лютцена, где армия Валленштейна потерпела поражение, но Густав Адольф был убит.
Затем война превратилась в нескончаемые стычки, бандитские налеты и затяжные переговоры. Шведское правительство было готово заключить мир, но для его офицеров и войск, проведших не один год на поле битвы, война была теперь по сути дела их жизнью. Валленштейн вел секретные переговоры со шведами, французами и немецкими протестантами. Об этом узнал император, и Валленштейн вместе с несколькими своими офицерами были убиты, хотя и нет уверенности, что это произошло по прямому указанию Фердинанда. Испанские Габсбурги отправили армию на помощь своим родственникам в Германии. Французы, в свою очередь, стали активнее поддерживать протестантов, хотя Францией тогда правил кардинал-католик. Тем временем простой народ изнемогал под бременем войны, религиозная подоплека которой к тому времени почти забылась и стала просто предлогом в борьбе за власть.
Вестфальский мир