После смерти королевы в 1603 году у нее не осталось прямого наследника, но своим законным преемником она объявила Якова, сына Марии Стюарт, который уже был королем Шотландии. Передача власти произошла без особых затруднений, и таким образом правящей династией в Англии стали Стюарты. Для нового короля – Якова I в Англии и Якова VI в Шотландии – управление Англией оказалось делом нелегким. Англичане всегда относились к нему как к иностранцу. Вынашивая замысел (в конечном счете исполнившийся) объединить два королевства, он нажил себе много врагов как в Шотландии, так и в Англии. Принятые Елизаветой меры по развитию торговли начали приносить плоды, и купеческое сословие, недовольное политикой короля, защищавшего интересы дворянства и своих фаворитов, набирало силу. Но в особенности настороженно к Якову относились те протестанты, которые считали, что Реформация в Англии развивается слишком медленно и что повинна в этом политика монархов и их советников. Поскольку соседняя Шотландия, выходцем из которой был новый король, продвинулась по пути реформ дальше, английские кальвинисты полагали, что настало время для таких же изменений и у них в стране.
Эти радикально настроенные протестанты не составляли единой группы и между ними не было единодушия, поэтому им трудно дать общее определение. Их назвали "пуритане", поскольку они настаивали на необходимости "очистить" церковь путем возврата к библейским религиозным принципам. Они выступали против многих традиционных элементов служения, сохранившихся в церкви Англии, таких как использование распятия, ношение некоторых священнических облачений и совершение евхаристии на алтаре. Вопрос о том, должен ли это быть стол или алтарь и где этот стол или алтарь должен помещаться, подразумевал разное истолкование смысла евхаристии и вызывал долгие и ожесточенные споры. Они также проповедовали простую жизнь, основанную на заповедях Писания и лишенную роскоши и внешнего блеска. Недовольство богослужениями церкви Англии усиливалось и тем, что многое в них казалось им неоправданно усложненным. Многие настаивали на необходимости посвящать воскресенье исключительно религиозным и благотворительным делам. Они не выступали за полное запрещение алкогольных напитков, и большинство из них употребляли их в умеренных дозах, но крайне неодобрительно относились к пьянству, в особенности – среди служителей церкви Англии. Они осуждали также все, что считали безнравственным, в том числе театральные представления, причем не только из-за тех сцен, которые казались им безнравственными, но и из-за "Двуличия", исконно присущего игре актеров.
Многие пуритане выступали за упразднение должности епископов. Они утверждали, что епископское правление, по крайней мере в том виде, каким оно было в их время, является позднейшим изобретением, о котором ничего не сказано в Библии, и что церковь должна считать Писание своим основным законом не только в вероучительных вопросах, но и в делах, относящихся к ее устройству и управлению. Более умеренные пуритане просто заявляли, что в Библии показаны разные формы церковного управления и что, следовательно, епископство, будучи само по себе, возможно, целесообразным и полезным, не относится к вопросам "божественного права". Другие утверждали, что новозаветной церковью управляли "пресвитеры", то есть старейшины, и что истинно библейская церковь должна следовать этому примеру. Третьи заявляли, что каждая церковь должна быть независимой от других, за что их назвали "индепендентами". Среди последних были люди, считавшие, что крестить можно только взрослых верующих, поэтому их назвали "баптистами". Между этими различными группами не было согласия по многим вопросам, но в целом они вдохновлялись идеями Кальвина, Цвингли и других швейцарских реформаторов. Наиболее радикально настроенные среди них придерживались взглядов, близких к анабаптистским.
Тем временем официальная церковь шла параллельным, но противоположным курсом. Елизавета достигла равновесия, учредив церковь с умеренно кальвинистской богословской системой и одновременно сохранив в служении и управлении все, что ясно и прямо не противоречило этому новому богословию. Но поддерживать установленный Елизаветой порядок было трудно. Защищая традиционные формы богослужения, многие начали отходить от кальвинистских богословских взглядов. Ведущие богословы церкви Англии до такой степени восторгались красотой проводившихся тогда богослужений, что почти и не пытались привести их в соответствие с богословскими требованиями или с библейской экзегетикой. Вскоре пуритане начали опасаться, что готовится возврат к "папизму" и что многие стремятся именно к этому.