Как раз когда парламент готовил армию, на первый план выступил Оливер Кромвель. Он был довольно богатым человеком и потомком одного из советников Генриха VIII. За несколько лет до этого он стал пуританином и теперь жадно читал Писание. Он был убежден, что любое решение, личное или политическое, должно основываться на Божьей воле. Поэтому поиски решения часто занимали у него много времени, но, раз приняв его, он шел по избранному пути до конца. Он пользовался уважением пуритан, но до Гражданской войны был известен всего лишь как один из членов палаты общин. Однако, осознав неизбежность вооруженного конфликта, он отправился домой и собрал небольшой отряд кавалерии. Он понимал, что кавалерия – основное оружие короля и что парламенту понадобится такой же род войск. Его пример оказался заразительным, и небольшой отряд превратился в мощную кавалерийскую часть, воины которой были убеждены, что ведут священную войну, и отправлялись в бой с пением псалмов. Вскоре вся армия парламента прониклась такой же убежденностью и превратилась в непреодолимую силу, разгромившую войска короля в битве при Нейсби.
Эта битва стала началом конца короля. Повстанцы захватили лагерь, где нашли доказательство тому, что он подталкивал иностранные католические войска к вторжению в Англию. Тогда Карл решил провести переговоры с шотландцами в надежде задобрить их обещаниями. Но шотландцы взяли его в плен, а затем передали парламенту. Выиграв войну, парламент принял ряд законов в пуританском духе – таких как предписание посвящать воскресенье только религиозным делам и запрет фривольных развлечений.
Но в рядах пуритан, объединившихся в борьбе с королем и его епископами, наблюдался теперь глубокий раскол. Большинство парламента поддерживало в то время пресвитерианскую форму правления с национальной церковью без епископов. Но в армии большинство составляли индепенденты. По многим вопросам у них не было между собой согласия. Но все они единодушно считали, что национальная церковь с пресвитерианской формой правления лишит их свободы следовать Библии в соответствии с тем, как они ее понимают. В результате отношения между парламентом и армией все больше обострялись. В 1646 году парламент предпринял безуспешную попытку распустить армию. В армии набирали силу еще более радикальные группы, такие как "пятая монархия" и "левеллеры". Некоторые из них провозглашали, что Господь вот-вот вернется и что необходимо преобразовать общественный порядок, установив справедливость и равенство. Парламент, в котором купеческое сословие все еще обладало значительным весом, в ответ ужесточил меры против армии, та же в свою очередь заявила, что от имени народа может выступать не парламент, а армия, так как она шире отражает его представительство.
В этот момент король сбежал. Затем он начал переговоры с шотландцами, с армией и с парламентом, давая всем взаимоисключающие обещания. Он добился поддержки шотландцев, которым обещал установить пресвитерианство как в Шотландии, так и в Англии. Тем временем он продолжал секретные переговоры с парламентом. Но пуританская армия разгромила шотландцев, захватила короля и приступила к чистке парламента. Сорок пять лидеров парламента были арестованы, среди оставшихся многих не пускали на заседания, а кое-кто сам отказывался их посещать. То, что от него осталось, его противники совершенно справедливо назвали "охвостьем" Долгого парламента.
Именно это "охвостье" начало судебное разбирательство по делу Карла, которого обвинили в государственной измене и в развязывании в стране гражданской войны. Четырнадцать лордов, посмевших явиться на заседание палаты лордов, единодушно отказались поддержать обвинения. Тем не менее палата общин продолжила суд, и Карл, не желавший защищаться на том основании, что у его судей нет правовых полномочий, 30 января 1649 года был обезглавлен.
ПротекторатШотландцы, боявшиеся вновь стать зависимыми от Англии, быстро признали своим монархом Карла II, сына покойного короля. Ирландцы воспользовались обстоятельствами и подняли очередное восстание. В самой Англии среди пуритан-индепендентов возникли разногласия. Все большую силу набирали "диггеры" – одно из самых радикальных ответвлений этого движения. Они призывали к установлению нового общественного порядка, при котором право на обладание собственностью должно принадлежать всем. Своей пропагандой они угрожали интересам торгово-купеческих слоев, ранее поддерживавших парламент в его противоборстве с королем. В то же время пресвитериане продолжали настаивать на принципах общенациональной церкви, что с точки зрения индепендентов было тиранией. Короче говоря, стране угрожал хаос.