Тогда бразды правления взял в свои руки Кромвель. Он не участвовал в чистке парламента, но одобрил ее, и от имени "охвостья" парламента сначала подавил восстание ирландцев, а затем положил конец всплеску роялистских настроений в Шотландии. Карл II был вынужден бежать на континент. Затем Кромвель решил сделать то, чего не сумел король: когда "охвостье" парламента приступило к обсуждению закона, который должен был увековечить его власть, Кромвель явился на заседание, изгнал из помещения немногих остававшихся там делегатов и опечатал его. Тем самым, возможно даже против собственной воли, он стал хозяином страны. В течение некоторого времени он пытался вернуться к какой-то форме представительного управления, но в конце концов принял титул "лорда-протектора". Теоретически он должен был править с помощью парламента, состоявшего из представителей Англии, Шотландии и Ирландии. Но на самом деле парламент состоял по преимуществу из англичан, а реальная власть принадлежала Кромвелю.
Кромвель разработал программу реформирования как церкви, так и государства. С учетом атмосферы в стране его религиозная политика выглядела достаточно терпимой. Сам он был индепендентом, но старался установить такую религиозную систему, где нашлось бы место пресвитерианам, баптистам и даже умеренным сторонникам епископского правления. Будучи пуританином, он пытался также реформировать нравы и обычаи в стране путем принятия законов, касающихся воскресенья, скачек, петушиных боев, театральных представлений и так далее. Его экономическая политика благоприятствовала среднезажиточным слоям населения в ущерб интересам аристократии и в определенной мере бедноты. Сопротивление протекторату росло как среди самых богатых, так и среди самых бедных.
При жизни Кромвелю удавалось сохранять контроль над страной. Но его мечты о создании сильной республики не исполнились. Как и короли до него, он не ладил с парламентом даже при том, что сторонники Кромвеля силой не допускали туда его противников, превратив тем самым парламент в новое "охвостье". Протекторат был по сути своей временным явлением, и Кромвелю предложили королевскую корону, но он отказался, все еще надеясь установить республиканский строй. В 1658 году, незадолго до смерти, он назначил преемником своего сына Ричарда. Но молодой Кромвель не обладал способностями отца и сложил с себя доверенные ему полномочия.
РеставрацияПадение протектората не оставило другой альтернативы, кроме восстановления монархии. Парламент во главе с генералом Монком призвал Карла II занять престол своего отца. Это повлекло за собой принятие антипуританских мер. Поначалу Карл хотел найти в национальной церкви место для пресвитериан, но новый парламент выступил против таких планов и предпочел традиционное епископское правление. В результате новое правительство восстановило епископское правление и "Книгу общественного богослужения", а также приняло законы, направленные против диссидентов, места для которых в официальной церкви не оставалось. Но эти законы не смогли положить конец движениям, возникшим во время народных волнений в прежние годы. Они тайно продолжали существовать вплоть до конца века, когда была провозглашена веротерпимость.
В Шотландии последствия реставрации оказались более серьезными. В этой стране пресвитерианство пустило прочные корни, и теперь королевским указом вновь вводилось епископское правление, а пресвитерианских служителей надлежало заменить другими, готовыми поддержать епископов. По стране прокатились беспорядки и бунты. Был убит архиепископ Джеймс Шарп, наиболее видный прелат Шотландии. Это привело к вмешательству англичан, поспешивших на помощь шотландским роялистам, и пресвитерианское восстание было потоплено в крови.
На смертном одре Карл II объявил себя католиком, подтвердив тем самым подозрения многих подвергавшихся преследованиям пуритан и шотландских пресвитериан. Его брат и преемник Яков II решил восстановить католичество в качестве официальной религии своих королевств. В Англии он попытался добиться поддержки диссидентов, провозгласив политику веротерпимости. Но антикатолические настроения там были настолько сильны, что их сторонники предпочли бы даже отказаться от терпимости в отношении самих себя, лишь бы помешать возрождению католичества. В Шотландии все складывалось еще драматичнее, и Яков II (он же Яков VII Шотландский) распорядился приговаривать к смертной казни всех, кто посещает неразрешенные службы, и поставил на ключевые должности католиков.