Со временем круг спорных вопросов расширился. Твердые лютеране обвинили филиппистов в том, что они придают слишком большое значение участию человека в спасении. Меланхтон, никогда не соглашавшийся с заявлениями Лютера о "порабощенной воле", постепенно пришел к мысли, что греховная человеческая воля в действительности обладает большей свободой, и в конце концов заговорил о сотрудничестве Духа, Слова и человеческой воли. Твердые лютеране, напротив, подчеркивали, что грех растлил человеческую природу, а Флаций даже утверждал, что растление есть сама природа падшего человечества. Одновременно твердые лютеране упорно противопоставляли Лютера Кальвину, истолковывая присутствие Господа в обряде причащения, и утверждали, что филипписты – по сути кальвинисты, так как взгляды Меланхтона весьма схожи с позицией Кальвина.
Эти и другие споры в конечном счете привели к выработке в 1577 году Формулы согласия. По большинству спорных вопросов Формула отражала промежуточную позицию. Например, в ней провозглашалось, что хотя в Евангелии действительно есть несущественные элементы, тем не менее во времена гонений от них отказываться нельзя. Но в вопросе о причащении Формула согласия приняла точку зрения твердых лютеран – в ней заявлялось, что между позицией Цвингли, безоговорочно отвергнутой Лютером на Марбургской встрече, и позицией Кальвина никаких существенных различий нет. В результате с этого времени одной из отличительных черт лютеранства стало особое толкование обряда причащения, шедшее вразрез с кальвинистскими представлениями на этот счет.
Триумф ортодоксииПериод до принятия Формулы согласия был отмечен полемикой между филиппистами и твердыми лютеранами, а следующие поколения поставили перед собой задачу привести в соответствие учения Лютера и Меланхтона. Это стремление уже прослеживалось в Формуле согласия и во взглядах ее главного составителя Мартина Хемница, который, разделяя многие положения, выдвигавшиеся твердыми лютеранами, в то же время в общих чертах придерживался той же методологической схемы, что и Меланхтон. Хемниц считал, что прежде всего следует заняться примирением и согласованием разных направлений внутри лютеранства, одновременно отмежевываясь как от католичества, так и от других форм протестантизма.
Возникшее на основании этой программы богословие получило название "протестантской схоластики", и именно она определила лютеранскую мысль на протяжении всего XVII и частично XVIII веков. Основной ее отличительной чертой был упор на систематизации. Лютер никогда не стремился создавать какую-то богословскую систему. Меланхтон написал краткое систематическое руководство, получившее широкое распространение. Богословы же протестантской схоластики писали пространные систематические труды, сравнимые со всеобъемлющими "Суммами" средневековых схоластов по объему и по тщательности исследования и анализа. Например, работа Иоганна Герхардта состояла из девяти томов, превратившихся при втором издании в двадцать три. С 1655 по 1677 годы Абрахам Каловий выпустил труд по систематическому богословию в двенадцати томах.
Второй отличительной чертой протестантской схоластики, сближавшей ее со средневековым богословием, было использование философии Аристотеля. Лютер говорил, что если человек хочет стать богословом, он должен отойти от подобных воззрений. Однако к концу XVI века возродился интерес к философии Аристотеля, и вскоре большинство лютеранских богословов начали строить свои системы на основании его логики и метафизики. Некоторые из них пользовались даже работами иезуитских богословов, которые тоже опирались на Аристотеля. Таким образом, хотя по содержанию протестантская схоластика резко отличалась от католической, по своему тону и методике она приближалась к католическому богословию того времени.