Создание новой конфессии не интересовало Весли. Он был и всю жизнь оставался англиканским служителем. Своей целью он видел скорее пробуждение и развитие веры широких масс в церкви Англии по примеру пиетизма в немецком лютеранстве. По этой причине он избегал выступать с проповедями в противовес службам церкви Англии и всегда считал само собой разумеющимся, что методистские собрания должны служить подготовкой для посещения англиканских богослужений и причащения на них. Для него, как и для большинства членов церкви в течение многих веков, центральное место в богослужении занимало причащение. Он принимал его сам и побуждал своих последователей как можно чаще причащаться на официальных службах Церкви Англии.
Движение не стремилось стать самостоятельной церковью, тем не менее оно нуждалось в определенных структурах. В Бристоле, где движение, по существу, зародилось, последователи Весли объединились в "общества", члены которых собирались сначала в частных домах, а затем приобрели собственные помещения. Их в насмешку называли "методистами", и в конце концов они стали гордиться этим названием. Когда методистские общества стали слишком многочисленными, так что полноценно работать с их членами оказалось затруднительно, Весли по совету одного из своих друзей разделил их на "классы" по одиннадцать членов и одному руководителю в каждом. Они собирались раз в неделю для чтения Писания, молитвы, обсуждения религиозных вопросов и сбора средств. От руководителя класса не требовалось быть богатым или образованным человеком, благодаря чему обеспечивалось широкое участие тех, кто выпадал из структуры Церкви Англии. Кроме того, были классы для женщин и под руководством женщин, поэтому женщины тоже играли в методизме видную роль.
Движение быстро росло, и Весли был вынужден ездить по всем Британским островам, выступая с проповедями и занимаясь организационной работой. Когда епископ Бристоля попытался ограничить его деятельность, заявив, что его проповеди нарушают порядок в приходах, Весли ответил: "Мой приход – весь мир". Эти слова, изначально высказанные в знак протеста против жесткой церковной организации, впоследствии стали лозунгом всего методистского миссионерского начинания. Но на том этапе Весли и его молодое движение нуждались в дополнительных силах для проповеднической работы. К движению примкнули несколько англиканских священников, наиболее видным среди которых был брат Джона Весли Чарлз, известный как автор гимнов. Но самую тяжелую ношу нес Джон Весли, выступавший с проповедями по нескольку раз в день и ежегодно вплоть до семидесятилетнего возраста верхом на лошади проезжавший тысячи миль.
В сложившихся обстоятельствах пришлось постепенно привлекать проповедников из числа мирян. Узнав, что мирянин Томас Максфилд проповедует в одном из обществ в Лондоне, Весли намеревался запретить ему это делать. Но его мать Сюзанна упросила его сперва послушать этого человека уже потом принимать решение, и Максфилд произвел на Весли такое впечатление, что он счел использование проповедников-мирян Божьим ответом на крайнюю нужду движения в проповедниках. Они не подменяли духовенство, так как не могли предлагать причастие, а это – наивысшая форма богослужения. Наряду с обществами они должны были, параллельно и дополнительно, помогать церкви Англии и ее рукоположенным священникам в выполнении евхаристической функции. Вскоре среди методистских проповедников-мирян появились женщины, что было тогда невозможным в рукоположенном духовенстве.
Заложив таким образом основание церковно-организационной структуры, Весли объединил своих последователей в единую "сеть". Были созданы состоящие из нескольких обществ "округа" под руководством "суперинтендентов". Для помощи в управлении "сетью" Весли начал периодически проводить собрания с участием как входящих в нее англиканских священнослужителей, так и проповедников-мирян. Эти собрания в конце концов превратились в ежегодные конференции, на которых назначались служители в каждый округ, обычно на трехлетний срок.
В ходе этого процесса не обходилось без конфликтов. На раннем этапе против методистов часто предпринимались насильственные действия. Кое-кому среди духовенства и знати не нравилось, что новое движение пользуется среди низших классов таким авторитетом. Поэтому собрания часто срывались нанятыми головорезами, а жизнь Весли несколько раз подвергалась опасности. Позднее сопротивление методистам ослабло и в конечном счете сошло на нет. Возникали и богословские конфликты. Весли пришлось порвать с моравскими братьями, так как он опасался их неприемлемой для него склонности к квиетизму.