Но больше всего методисты конфликтовали с англиканской церковью, к которой Весли принадлежал и членом которой хотел оставаться. До последних дней жизни он порицал методистов, желавших порвать с англиканством. Но разрыв так или иначе был неизбежен. Некоторые англиканские лидеры видели в методистском движении отражение собственных недостатков и потому не принимали его. Другие считали проповедь методистов без учета приходских границ непростительным нарушение порядка. Сам Весли тоже в достаточной степени оставался англиканином и сожалел, что приходится действовать именно так, но им двигало стремление дойти до людей, до которых не доходит церковь.
Еще больше дело осложнялось в связи со сложными юридическими моментами. По английским законам неангликанским церквам разрешалось проводить богослужения и владеть недвижимостью, но при условии, что они официально зарегистрированы как таковые. Это ставило методистов в сложное положение, так как церковь Англии не признавала своими их помещения и собрания. Регистрация фактически означала бы заявление о разрыве с англиканством. Отказ от регистрации означал нарушение закона. В 1787 году после долгих колебаний Весли дал своим проповедникам указание зарегистрироваться, сделав тем самым первый юридический шаг на пути создания самостоятельной церкви. Однако за три года до этого Весли совершил поступок, имевший еще более серьезные богословские последствия. Долгое время он был убежден, что в ранней церкви понятие "епископ" было равнозначным "пресвитеру" или "старейшине". Это привело его к мысли, что все рукоположенные пресвитеры, в том числе и он сам, имеют право рукоположения. Но он не пользовался им, дабы не осложнять еще больше отношения с руководством Церкви Англии. Однако завоевание Соединенными Штатами независимости поставило новые проблемы. Во время войны за независимость большинство англиканских священнослужителей были монархистами, и после завоевания независимости они вернулись в Англию. В результате совершение обряда евхаристии стало для жителей вновь созданного государства трудным, а в некоторых случаях и невозможным делом. Епископ Лондона, теоретически сохранявший свои полномочия в бывших колониях, отказывался рукополагать священников для работы в Coединенных Ш татах. Весли, будучи убежденным в том, что совершение таинства евхаристии составляет саму суть христианского богослужения, сожалел об этом, как, впрочем, и о том, что он считал ничем не оправданным бунтом бывших британских колоний. Наконец, в 1784 году он рукоположил двух проповедников из числа мирян пресвитерами для работы во вновь созданном государстве и назначил англиканского священника Томаса Коука их "суперинтендентом" (это название, как ему было хорошо известно, имеет тот же смысл, что и греческое слово, переводимое как "епископ"). Затем он начал рукополагать служителей для работы в Шотландии и других местах. Но несмотря на все это, Весли продолжал настаивать на сохранении связей с Церковью Англии. Его брат Чарлз сказал ему, что рукоположение священников для работы в Новом Свете само по себе уже означает разрыв. В 1786 году конференция приняла решение, что в тех местах, где англиканские церкви не охватывают все население или где их священники проявляют неспособность выполнять свою миссию, разрешается проводить независимые от англиканских богослужений методистские собрания. Хотя Весли противился этому, тем не менее ко времени его смерти методистская церковь становилась все более самостоятельной.
Популярность методистского движения объяснялась отчасти тем, что оно в определенной степени соответствовало новым требованиям, порожденным промышленной революцией. Во второй половине XVIII века Англия переживала бурный процесс индустриализации. Это в свою очередь влекло за собой массовое перемещение населения в промышленные центры. Люди, вырванные экономическими обстоятельствами из привычной среды, теряли связь и с церковью, приходская структура которой не соответствовала более потребностям городского населения. Именно на их нужды давал ответ методизм, и именно среди них он находил наибольшее число последователей.