Уже через месяц, в мае, было опубликовано «Предварительное сообщение» подкомиссии [Предварительное сообщение 1904], содержавшее проект изменений. Помимо устранения «обветшавших» букв, предлагалось отказаться от написания твердого знака в конце слов, от различения на письме окончаний прилагательных во множ. числе им.-вин. пад., с одной стороны, мужского, а с другой, женского и среднего рода: добрые мальчики, но добрыя девочки и добрыя дети (А. А. Шахматов называл такое различение позднейшими мудрствованиями грамотеев), от написания в окончаниях прилагательных в род. пад. ‑аго/‑яго (добраго, третьяго); писать только они, одни, её, но не онѣ, однѣ, ея. Предлагалось также после шипящих под ударением писать только о: шолк, пошол. Смысл этих и некоторых других изменений заключался в том, чтобы освободить русское правописание от условностей, не основанных на фактах живого языка.
Несмотря на такое благополучное начало, судьба реформы оказалась драматичной. Работа комиссии натолкнулась на сильнейшее сопротивление. Реформу поддержали преподаватели и демократически настроенная общественность, но общество в целом было настроено против нее. Разжигали страсти, как бы мы сказали сейчас, СМИ. При одном только известии о создании комиссии, по свидетельству «летописца» этих событий, одного из членов подкомиссии В. И. Чернышева [Чернышев 1970], стали распространяться слухи о том, что готовится покушение на основы русской культуры. Бодуэн де Куртенэ, член комиссии, так комментировал протесты против отмены твердого знака в конце слов: «Отсутствие буквы ъ в конце писанных русских слов, или т. н. „писание без еров“ („безъерье“) действует на своеобразных „патриотов“ как красная тряпка на быка» [Бодуэн де Куртенэ 1912]. Но особенно ожесточенное сопротивление вызвало известие об «изгнании» буквы ѣ. Эта буква стала настоящим знаменем борьбы — многие сводили реформу к вопросу, быть или не быть этой букве. Защитники видели в ней святыню языка, священную реликвию. Даже признавая, что эта буква — условность и бесполезное украшение, считали, что этот «орфографический орнамент есть венок на могилу наших предков». Автор одной газетной статьи заявлял: «Сам я не стану писать без ятей, хотя бы Академия наук исходатайствовала уголовное наказание за употребление этой бесценно дорогой для меня, потому что купленной немалыми страданиями, буквы».
Причины неприятия изменений в письме были разного характера: социальные, политические, психологические и в наименьшей степени — научные. «Орфографический раскол» был в какой-то мере отражением социального расслоения общества. Реформа носила демократический характер: в ней в первую очередь были заинтересованы широкие слои народа, приобщавшиеся к грамоте. Именно эта демократическая направленность реформы и раздражала многих. Правописание — «привилегия образованного… перед чумазыми», — писалось в одной газете того времени. Бо́льшую же часть противников реформы составляли те, кто просто не хотел ничего менять. Многие боялись внезапно оказаться неграмотными — «попасть из попов да в дьяконы». Легализацией безграмотности назвал реформу в одной из газетных публикаций известный географ-путешественник Семенов Тян-Шанский.
Натиск противников реформы письма был так велик, что Ф. Ф. Фортунатов и А. А. Шахматов, понимая, что после такой травли проект не будет утвержден и в то же время не желая осуществлять реформу в урезанном виде, решили отложить на время ее обсуждение. Это были годы, наполненные драматическими событиями в жизни России: война с Японией, революция 1905 г., холера, две революции 1917 г. Но ничто не могло лишить актуальности вопрос об упрощении орфографии. Сейчас кажется удивительным, с какой страстью обсуждались вопросы письма в тех же номерах газет, которые печатали телеграммы о потоплении русскими миноносцами японского военного транспорта, сообщали о взятии в плен японских офицеров, помещали большую, на треть газетного листа, карту Южного фронта и вести с разных фронтов во время Первой мировой войны, а также призыв идти добровольно на фронт для защиты революции и Родины (в июне 1917 г.) и т. п.