Но и дальше между РПЦ МП и новой российской властью «тесные связи» в ходе которой власть пыталась за счет влияния РПЦ МП на граждан РФ обеспечить себе электоральную поддержку, а РПЦ МП взамен требовала усиление ее статуса и большей материальной поддержки и финансовых льгот.
Так со временем и образовался своего рода Священный СИНДИКАТ между Кремлем как мест о где заседают главные кремлевские политики и Троице-Сергиевой Лаврой где находятся Московские патриархи.
И начала тут как говорится в одной народной поговорке «рука руку мыть! Когда толпы вчерашних высокопоставленных коммунистов из высших эшелонов власти в РФ стали ломится в храмы за «отпущением грехов» буквально -в один день по примеру Президента РФ бывшего Первого секретаря Московского ГП Б. Ельцина уверовав в Бога! Ну, чем не ВСЕРОСИЙСКОЕ ЧУДО!
А, что касается Донского монастыря и его главной иконы «Донской ИБМ» то и монастырь, и его икона стали пропагандироваться как священные защитники Отечества. И чтобы подчеркнуть эту связь в 1990-х годах исторически сложившийся облик обители был искажён поставленной сразу за входными вратами бронетехникой, а также новыми постройками.
В конце 1990-х - начале 2000-х годов при наместнике Агафодоре интерьер трапезной Малого собора был расписан художником Алексеем Россалем-Вороновым. За эти росписи Малого собора Донского монастыря художник был удостоен патриаршей награды - медали преподобного Сергия Радонежского.
16 августа 2007 года, накануне подписания Акта о каноническом единстве РПЦЗ и РПЦ, делегация Русской православной церкви заграницей во главе с митрополитом Лавром посетила монастырь и молилась у мощей патриарха Тихона; молебен святителю Тихону у раки с его мощами отслужил в присутствии делегации наместник архимандрит Агафодор.
В январе 2010 года наместник монастыря епископ Кирилл (Покровский) заявил, что планируется открыть музей новомучеников, расширить доступ в монастырь, создать общецерковный миссионерский и образовательный центр с миссионерскими экскурсиями.
26 июня 2012 года наместником Донского монастыря назначен игумен Парамон (Голубка).
Летом 2014 года Малый собор был закрыт на реставрацию, которая включает золочение куполов (которые, впрочем, никогда не были позолочены) и установку новых иконостасов (прежний иконостас перенесён в надвратный храм Захара и Елисаветы). Мироваренную печь планируется перенести в храм Иоанна Златоуста. Но это все о современном состоянии Донского монастыря и тут видно, что монастырь переживает второй свой Ренессанс! Но отношения РПЦ МП с РФ как государством своего апогея достигли если говорить относительно «Донской ИБМ» в сентябре 2010 года! Именно тогда РПЦ МП сделала еще один антиконституционный рывок по аннулировании конструкционного запрета на отделения церкви от государства и заявила себя фактическим образом как государственная церковь! И случилось это 1 сентября 2010 года когда в РФ был установлен Праздник «Донской ИБМ» Теперь этот день стал официальным православным праздником всего россиского казачества. Такое решение принял Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в 2010 году. «Я объявляю День Донской иконы Божьей Матери, 1 сентября по новому стилю, праздником православного казачества», - сказал Патриарх после Литургии и молебна перед чудотворной Донской иконой Божией Матери в Московском Донском монастыре в этот день.
В ответ прозвучало дружное казаческое «Любо!»
«Казаки - особые воины, считает Святейший Патриарх. «Ни одно воинское подразделение в своем уставе не связывало принятие решений с благословением Церкви так, как это делало казачество.»
С этой особенностью Патриарх связывает не только непростую судьбу казачества, но и особую силу духа, помогающую выстоять казачеству в тяжелые времена смуты ХХ века