В-третьих, есть возможность обездвижить бактериофаг уже после его присоединения к бактерии-хозяину в случае, если внешние барьеры не сработали. Клетка бактерии может распознать начавшийся процесс проникновения в нее, реагируя на определенные белки, молекулы сахаров или специфические структуры возбудителя. В ответ на это она вырабатывает противоядие, которое лишает бактериофаг возможности двигаться, так что он не может завершить процесс проникновения в бактерию. Образно говоря, подвергшаяся нападению бактерия обстреливает захватчика стрелами с парализующим ядом, и эта космическая капсула, пожирающая бактерии, выходит из строя. Даже на более поздней стадии, когда бактериофаг уже проник внутрь бактерии, она все еще может парализовать агрессора и остановить процесс инфицирования.
В-четвертых, бактерия способна распознать генетический материал бактериофага и попытаться обезвредить его путем уничтожения или изменения, пока он не превратил бактериальную клетку в фабрику по производству вирусов. В этом случае бактерия как бы обращает оружие вируса против него самого и модифицирует впрыснутый генетический материал, пока тот не сделал то же самое. При этом сохраняется собственная ДНК бактерии, которая находится, как мы помним, не в ядре, а во внутриклеточной плазме.
Большой интерес представляет пятый защитный механизм бактерий, так как он основан на сотрудничестве и представляет собой прототип нашей собственной иммунной системы. Для того чтобы ограничить размножение бактериофагов, бактерия помечает напавшего на нее возбудителя определенными веществами. Другие родственные бактериальные клетки распознают маркированные бактериофаги и уничтожают их. Правда, самόй подвергшейся нападению бактерии это уже не может помочь, но воздействие возбудителей на популяцию бактерий в целом удается ослабить.
Этот процесс интересен тем, что он представляет собой прототип так называемой опсонизации, играющий важную иммунобиологическую роль у многочисленных форм жизни, включая и людей. Он заключается в том, что наша иммунная система помечает вирусы или бактерии специальными белками из плазмы крови. На эту маркировку реагируют остальные клетки нашей врожденной иммунной системы, например фагоциты и нейтрофилы, выполняющие функции неотложной помощи. Эти клетки удаляют маркированных возбудителей, даже не прибегая к образованию антител.
Процесс основывается исключительно на механизмах врожденного иммунитета и был впервые изобретен бактериями — простейшими формами земной жизни. По аналогии с популяцией бактерий мы можем рассматривать свой организм как популяцию различных взаимодействующих друг с другом высокоспециализированных клеток. Для каждой из них, включая фагоциты и нейтрофилы, наше тело представляет собой среду обитания. Для нас опсонизация, то есть маркировка возбудителей с их последующим уничтожением защитными клетками, является способом избежать инфекций и выжить. В мире бактерий все иначе. Их среда обитания — это не многоклеточный организм, а, например, вода. Маркировка опасных бактериофагов с их последующим устранением направлена на защиту популяции, а не какой-то одной конкретной бактерии. Если довести эту мысль до конца, то можно сказать, что наш организм соответствует среде обитания, например морю, в котором живет множество отдельных клеток. Чтобы сохранить эту среду и тем самым свою популяцию, клетки сотрудничают друг с другом, защищаясь от возбудителей болезней, даже если сами погибают в этой борьбе. А уцелевшие — это мы: люди, животные, растения, которые стали средой обитания для хорошо организованных популяций клеток.
Шестой защитный механизм бактерий представляет особый интерес в плане истории иммунных систем, потому что он используется нами и всеми другими многоклеточными организмами в повседневной борьбе за сохранение здоровья. Этот важнейший механизм заключается в программируемой смерти клеток. Клетки нашего тела постоянно обновляются, что позволяет органам регенерировать и сохранять свои функции. Старые клетки уступают место новым. Если состарившаяся или подвергшаяся нападению возбудителей болезни клетка отказывается умирать, в дело вступает наш врожденный иммунитет и сам убивает ее. Эту задачу берут на себя клетки, носящие название естественных киллеров, о которых речь еще впереди. После этого отмершие клетки удаляются, перерабатываются, а то, что от них осталось, вновь пускается в дело. Например, с помощью фагоцитов, о которых также будет подробно рассказано ниже.