Ибо следующий пункт назначения был Самарканд. Самарканд был резиденцией Хорезмшаха. Его защищали 110 000 воинов, 60 000 из них — тюрки. Было в городе даже 20 настоящих слонов. Стена была недавно укреплена, ров наполнен водой. Монгольское войско, оценив масштабы города, окружило его и взяло в кольцо осады. Пару дней осаждающие и осаждаемые присматривались друг к другу. На третий день начались вылазки с той и с другой стороны, было множество погибших и никакого результата. Горожане собирались защищать свой город, но казий и шейх отправились к хану и предложили его добровольно сдать. Они не представляли, как выглядит еще монгольское «добровольно». Ничего дурного не подозревая, горожане открыли на рассвете ворота.
«В тот день [монголы] были заняты разрушением крепостной стены и гласиса и сравняли их с дорогой. Женщин и мужчин сотнями выгоняли в степь в сопровождении монголов. Казия же и шейх-ал-ислама с имеющими к ним отношение освободили от выхода; под их защитой осталось [пощаженными] около пятидесяти тысяч человек. Через глашатаев объявили: „Да прольется безнаказанно кровь каждого живого существа, которое спрячется!“
И монголы, которые были заняты грабежом, перебили множество людей, которых они нашли [спрятавшимися] по разным норам. Вожаки слонов привели к Чингиз-хану в распоряжение слонов и попросили у него пищу для них, он приказал пустить их в степь, чтобы они сами отыскивали [там] пищу и питались. Слонов отвязали, и они бродили, пока не погибли от голода.
Ночью монголы вышли из города. Гарнизон крепости был в великом страхе. Алп-Эр-хан проявил мужество и с тысячью храбрейших людей вышел из крепости, ударил на [монгольское] войско и бежал. Ранним утром [монгольское] войско вторично окружило крепость, и с обеих сторон полетели стрелы и камни. Стену крепости и гласис разрушили, разрушили полный воды Свинцовый водоканал. Вечером монголы овладели воротами и вошли. Из отдельных [рядовых] людей и мужественных бойцов около тысячи человек укрылось в соборной мечети. Они начали жестоко сражаться [с монголами] стрелами и нефтью; монголы также метали нефть и сожгли мечеть со всеми теми, кто в ней находился; остаток населения и гарнизона цитадели они выгнали в степь, отделили тюрков от тазиков и всех распределили на десятки и сотни. По монгольскому обычаю тюркам они [приказали] собрать и закрутить волосы. Остаток [тюрков]-канлыйцев [в числе] больше тридцати тысяч человек и предводителей их — Барысмас-хана, Сарсыг-хана и Улаг-хана с двадцатью слишком другими эмирами из верховных султанских эмиров, имена которых [упомянуты] в ярлыке, написанном Чингиз-ханом Рукн-ад-дину Карту, они умертвили.
Когда город и крепость сравнялись в разрушении и [монголы] перебили множество эмиров и ратников, на следующий день сосчитали оставшихся [в живых]. Из этого числа выделили ремесленников тысячу человек [и] раздали сыновьям, женам и эмирам, а кроме того такое же количество определили в хашар. Остальные спаслись тем, что за получение разрешения на возвращение в город были обязаны, в благодарность за оставление в живых, [выплатить] сумму в двести тысяч динаров. Чингиз-хан соизволил назначить для ее сбора Сикат-ал-мулка и эмира Амид-Бузурга, принадлежащих к важным чиновным лицам Самарканда, и назначил [в Самарканд] правителя. Часть предназначенных в хашар он увел с собою в Хорасан, а часть послал с сыновьями в Хорезм. После этого еще несколько раз подряд он требовал хашар. Из этихха-шаров мало кто спасся, вследствие этого страна совершенно обезлюдела».
На этом хан не считал свою миссию исполненной: он решил поймать и примерно наказать султана Мухаммеда, Хорезмшаха. Он даже отправил рыскать по всей земле Джебе и Субеде, только бы отыскать ненавистного среднеазиатского правителя. Следом были отправлены отряд за отрядом, но султана так и не было. Султан бежал из Термеза, где тюрки, родичи его матери, поклялись его убить. Он неожиданно явился в Нишапуре, приказывая жителям укреплять стены и готовиться к приходу монголов. Одни города между тем сдавались монголам, другие предпочитали сражаться. Балх сдался, а Заве сопротивлялся три дня, пока монголы его полностью не уничтожили.