На Южном Калимантане голландцы приступили к эксплуатации открытых там (1849) угольных месторождений. Эксплуатация рабочих была столь тяжелой, что в 1857 г. на шахтах близ г. Банджармасин началось восстание угольщиков, а в 1859—1863 гг. развернулась настоящая антиколониальная война, возглавленная князем Антасари не желающим допустить провозглашенную голландцами ликвидацию султаната (начиная с 1860 г.). Повстанцы захватили ряд копей, голландский пароход. Лишь играя на противоречиях группировок в феодальном руководстве восстанием, колонизаторы, которые ввели в единственные пути коммуникаций — реки — сильный флот, сумели разгромить основные силы Антасари (1863). Восстание угасало в джунглях до 70-х гг.
На Северном Сулавеси голландцы довольно легко восстановили свое господство. Население Минахасы к этому времени приняло христианство. В 1832 г. колонизаторам даже удалось ввести там систему принудительных культур.
На Юго-Западном Сулавеси Батавия вновь в 1858 г. оказалась втянутой в войну с непокорными бугекими княжествами, прежде всего — с Боне. Весной 1859 г. они нанесли поражение голландскому экспедиционному корпусу. Осенью, прибегнув к помощи князя из дома Ару Палаки, войска колонизаторов захватили Боне и восстановили своего пособника на престоле в качестве вассала. Ряд отторгнутых у прочих княжеств территорий перешел уже под прямое управление колониального правительства.
Конфликт с правителями острова Бали вылился в ожесточенную колониальную войну. После отвоевания Баламбангана (XVIII в.) голландцы мало вмешивались в дела населения Бали, сохранявшего социально-политический строй и традиции индояванской эпохи. На острове существовало 9 княжеств; правитель одного из них, Клункунга (юго-восток Бали), считался главой конфедерации. В 1846 г. голландская эскадра бомбардировала, а десант захватил ряд селений северных княжеств Бали в отместку за захват их населением потерпевших кораблекрушение голландских торговых судов. Правителям княжеств Булеленг и Карангасем пришлось согласиться на выплату крупной контрибуции и строительство колонизаторами форта. Князья, однако, саботировали выполнение условий договора. Карательная экспедиция была разгромлена при попытке штурма крепости Джагарага (1848). Третьей экспедиции (5 тыс. солдат при поддержке тяжелой артиллерии) в марте—апреле 1849 г. удалось захватить крепости балийцев и победить в «войне Джагарага», как она вошла в историю Индонезии. По договору 1849 г., князья о. Бали признали голландский сюзеренитет, обязались не иметь никаких отношений с прочими европейцами и снести все фортификационные сооружения. Батавия, назначив ассистент-резидента в ближайшем к Яве княжестве Булеленг (1860), воздерживалась впредь от вмешательства в дела воинственных княжеств Бали.
Активнее всего голландская экспансия развернулась на Суматре: там угроза английского вмешательства была наибольшей. Вдобавок Батавия добивалась статуса по меньшей мере совладелицы Малаккского пролива. На западе и северо-западе Суматры разгром падри и захват портов Барус (1839) и Сингкил (1840) вплотную приблизили голландские владения к Аче. От конфликтов с самим султанатом голландцы благоразумно воздерживались. Особенно беспокоил голландцев «вакуум силы» в большинстве княжеств Восточной Суматры, возможность успеха там эскапад, подобных авантюре Дж. Брука. Батавия развернула экспансию сначала «на ближних подступах». В 1851 г. был аннексирован оловоносный о. Белитунг; частная голландская компания приступила к эксплуатации его богатств. Еще до этого, в 1849 г., колонизаторы разгромили партизанское движение на соседнем о. Банка. В 1856 г. после упорной борьбы была покорена территория Лампунг. Годом позже голландцы сместили султана архипелага Риоу, вознамерившегося восстановить суверенитет. В 1851—1855 гг. они, воспользовавшись вспышкой междоусобной борьбы в Палембанге, поддержали центральную власть и подавили восстание удельных князьков. Это позволило им проникнуть глубже во внутренние районы султаната.