Но наиболее значительным пиком в развитии Сарекат ислама явился, несомненно, его II Национальный конгресс в Батавии (20— 27 окт. 1917 г.). К этому времени его отделения возникли также на Сулавеси и Калимантане, Флоресе и Риоу и т. п. Руководству ЦСИ удалось основать второй (после ФСТП) по мощи профсоюз — Персонеел Фабрике Бонд (ПФБ), то есть Союз персонала (сахарной) промышленности. В результате и в составе самого СИ существенно возросла пролетарская прослойка. Председатель ЦСИ У. С. Чокроаминото потребовал в своем докладе предоставления Нидерландской Индии статуса доминиона и учреждения подлинного парламента, а также отмены избирательных цензов. Была обозначена и конечная цель СИ — независимость Индонезии. Конгресс выдвинул Чокроаминото и Агус Салима кандидатами от СИ в создававшийся Фолксраад, хотя характер этого «представительства», подвергнутый на съезде резкой критике Семауном и другими левыми, едва ли удовлетворял руководство ЦСИ в целом. Конгресс потребовал также от правительства устранить из Уложения об управлении колонией все сохранившиеся статьи, фиксировавшие бесправие индонезийцев и ограничивавшие демократические права и свободы. В выступлениях лидеров СИ впервые прозвучало предупреждение властям, что их консерватизм и произвол способны толкнуть Сарекат ислам на революционный путь борьбы.
Впервые на этом конгрессе Сарекат ислам в прямой и открытой форме противопоставил «преступному» западному капитализму позитивно оцениваемое национальное предпринимательство. В связи с этим резолюции II конгресса призывали к борьбе за передачу «Частных земель» индонезийским собственникам, за национализацию железных дорог, за введение прогрессивного земельного налога. Также впервые за историю СИ в резолюциях его конгресса среди общедемократических прозвучали и пролетарские требования: добиваться обязательного страхования рабочих на случай инвалидности, пресечения злоупотреблений при вербовке кули на европейские предприятия Внешних островов, запрещения детского труда. В итоге сложилась парадоксальная ситуация: оказалось возможным сочетать в одном программном документе требования пролетариата, выступавшего против капитализма вообще, и требования национальной буржуазии, боровшейся только против господствовавшего в стране иностранного капитала, как отмечал А. Б. Беленький. Причиной, очевидно, была ненависть к общему противнику — иностранному капиталу, абсолютно доминировавшему в сфере предпринимательства и эксплуатировавшему подавляющее большинство рабочих. Авторы «Национальной истории Индонезии» подчеркивают также, что прозвучавшие социалистические лозунги (например, классовой борьбы против иноземного капитала) среди прочих причин были вызваны также развернувшимися в метрополии революционными волнениями масс.
Конгресс открыто поднял знамя реформации ислама, призвал к восприятию этим учением новейших достижений науки. Выступавшие настоятельно требовали расширения сети мусульманских школ всех уровней. На II Национальном конгрессе впервые обнажился антагонизм между правым крылом СИ во главе с Абдул Муисом, Агус Салимом и др. и левым, возглавлявшимся Семауном, М. Юсуфом, Алимином. Председатель ЦСИ У. С. Чокроаминото занимал промежуточную позицию, но ближе к правым. На этом конгрессе он упрекал левых, в частности ИСДС, в том, что, «лишая индонезийцев религии, он подрывает их силу». Что касается А. Муиса, то он, выступая против интернационализма ИСДС, стремился возбудить подозрительность и вражду к деятельности его представителей в составе СИ.
Завершившийся за считанные дни до Великой Октябрьской социалистической революции в России II Национальный конгресс СИ продемонстрировал резко возросший уровень общеиндонезийского национального самосознания, курс народного движения на антиимпериализм и антиколониализм. Все это подготовило почву для глубокого воздействия идей русской революции на ситуацию в Индонезии. Особенна сильным было ее влияние на ИСДС. Его лидеры были единодушны во мнении, что именно русская революция оказала наибольшее влияние на программные установки социалистического движения в Индонезии.