Главой третьей фракции выступает сам президент. Его основной опорой (в армии, Голкаре, в госаппарате) являлись в течение десятилетий расставлявшиеся им по принципу личной преданности высшие офицеры. Большинство из них ныне не состоит на действительной службе, но продолжает осуществлять «гражданскую функцию армии» — участие в управлении страной. Теперь точка опоры переносится президентом на «промежуточное» поколение, которое лично не участвовало в революции 1945 г. и освободительной войне, но хорошо помнит эти героические времена. На замещение стратегически важных послов Сухарто отбирает лично известных ему и преданных лиц, нередко связанных с ним родственными или дружескими узами. Так, его шурин Висмойо Арисмунандар назначен командующим элитным мобильным соединением КОСТРАД, расквартированным в Джакарте и сопредельных районах. Назначение главой Комитета специальных операций (разведка и контрразведка) получил его зять Прабово. Пост командующего ТНИ был доверен после Б. Мурдани бывшему адъютанту Сухарто генералу Три Сутрисно. Два других бывших адъютанта (Кентот Харсено и Кунанто) соответственно возглавили джакартский гарнизон и государственную полицию. По мнению многих офицеров, эти назначения не соответствуют критериям приоритетности по старшинству и заслугам, принятым сейчас и ТНИ, и потому неоправданны.
Создается впечатление, что в течение последних лет Сухарто ощутимо дистанцировался от армии, от офицерства действительной службы. Он опирается на генералов–отставников, на Голкар, который безраздельно им контролируется, а также пытается наладить отношения с обеими партиями. Это обстоятельство не только свидетельствует о стремлении расширить базу массовой политической поддержки и, стало быть, баллотироваться на новый президентский срок, но и повышает престиж Сухарто на Западе, сглаживая стереотипное представление многих о нем как о главе военной хунты. Формируя в марте 1988 г. новое правительство, Сухарто сократил в его составе число генералов с 13 до 10. Большинство оставшихся принадлежит к старшему поколению и безоговорочно предано президенту (адмирал Судомо, генерал С. Рустам и др.). Вместе с тем министром обороны был назначен Б. Мурдани. Президент весьма искусно играет на разногласиях и противоречиях представителей различных фракций и деятелей армии.
Наконец, четвертую фракцию возглавляет вице–президент генерал Судармоно. С конца 70‑х гг. до 1988 г. он занимал пост министра — государственного секретаря, то есть начальника личной канцелярии президента, и, следовательно, являлся его правой рукой и хранителем многих тайн. Военный юрист по образованию, Судармоно был прямо причастен к разработке всех важнейших государственных актов той поры. Вместе с тем он никогда не командовал воинской частью или соединением, и поэтому воспринимается офицерством скорее как бюрократ, нежели как военный. То обстоятельство, что в середине-конце 80‑х гг. все правительственные контракты, превышающие по стоимости 800 тыс. долл., должны были утверждаться аппаратом Судармоно, естественно, ставило кабиров в зависимость от него и не прибавляло ему их симпатий. Наконец, став в 1983 г. председателем Голкара, Судармоно значительно пополнил членство этой организации главным образом за счет кадровой гражданской бюрократии, чьим доверием он пользуется и на которую опирается в еще большей степени, чем на карьяванов (отставных офицеров, расставленных на руководящие посты в госаппарате). Таким образом, состав его фракции хотя и близок к сухартовской, но все же несколько иной. Став вице–президентом, Судармоно сосредоточил в своих руках большую власть. Его позиция тем более опасна в глазах оппонентов, если учесть почтенный возраст президента и положение конституции, по которому вице–президент автоматически замену президента в случае смерти последнего или его неспособность выполнять функции главы государства. Все эти обстоятельства объясняют то жесткое сопротивление, которое оказали первые две фракции переизбранию Судармоно Генеральным председателем Голкара в октябре 1988 г. (см. ниже).
В развернувшемся в конце 80‑х гг. противоборстве фракций президент сумел значительно потеснить оппонентов, пренебрегая возражениями, он сместил с поста командующего вооруженными силами авторитетного и уважаемого генерала Б. Мурдани, заменив его куда более покладистым Три Сутрисно. Мурдани пришлось принять предложенную ему должность министра обороны, которая, однако, в индонезийской военной иерархии значительно уступает посту командующего. Кроме того, 5 сентября 1988 г. президентским декретом был упразднен одиозный внеконституционный орган КОПКАМТИБ, утверждённый еще осенью 1965 г. и находившийся в ведении Б. Мурдани. Однако ликвидация этого спецоргана, бывшего многолетней мишенью критики для либеральных кругов 3aпада и индонезийских правозащитников, не принесла желаемых перемен, так как вместо него при президенте был создан паллиативный орган — БАКОРСТАНАС (Комитет по координации национальной стабильности) с совещательными функциями в области государственной безопасности. Новый Комитет как и КОПКАМТИБ, имеет право мобилизовать и использовать весь состав вооруженных сил «в случае угрозы общественной безопасности». Упразднив КОПКАМТИБ, глава государства тем самым лишил генерала Б. Мурдани второго стратегически важного военного поста. БАКОРСТАНАС возглавил генерал Три Сутрисно, близкий к президенту и, как считают многие, возможный его преемник.