Неудачи фашистского блока на фронтах заставили оккупантов пересмотреть тактику; они пытались опереться на авторитетных лидеров национального движения, и прежде всего на освобожденных Сукарно и Хатту. Последние, поддерживая связь с антияпонским подпольем, в свою очередь рассчитывали использовать предоставленную им общественную трибуну для пропаганды идей национального сплочения и независимости. Так, в 1943 г. японцы основали общественно–политическую организацию Путера (Центр народных сил) во главе с Сукарно, Хаттой, Мае Мансуром (лидером МИЛИ) и Ки Хаджар Деванторо.
В феврале 1944 г. оккупанты преобразовали Путера в Союз верности народу Явы во главе с теми же лидерами, но с меньшим представительством радикальных националистов, так как, вопреки их расчетам, эта организация стала проявлять излишнюю самостоятельность. Опасаясь вспышки возмущения набожных мусульман (сантри), которая могла принять форму джихада (священной войны), японцы осенью 1943 г. разрешили создать на базе МИАИ еще более широкую федерацию Машуми (Консультативный конгресс индонезийских мусульман) также с неполитическими функциями.
Осенью 1944 г. американцы в ходе вторжения на Филиппины захватили Биак, Моротаи и другие восточные острова Индонезии. Голландское радио возвестило из Австралии о создании там голландской Гражданской администрации Нидерландской Индии (НИКА), готовящейся к восстановлению колониального режима. Учитывая сложившуюся ситуацию, в сентябре 1944 г. японский премьер Койсо обещал Индонезии независимость, в будущем (имелось в виду лето 1946 г.). Отныне было позволено вывешивать национальный красно–белый флаг, исполнять гимн «Великая Индонезия». Машуми получила разрешение формировать военизированные отряды Хизбуллах.
Однако подобные политические маневры помогали мало. Сопротивление оккупантам активизировалось. Так, крупные крестьянские восстания прошли на Западной (Индрамайю, Бантен, Тасикмалайя) и Восточной Яве (Мадиун, Блитар), в Аче и на о. Хальмахера.. Близ Маланга группы сопротивления Пустили под откос воинский эшелон. Восстали папуасские племена Западного Ириана, сумевшие оттеснить японцев на побережье. Но все это были лишь разрозненные выступления. Ответом на них стал еще более свирепый террор оккупантов.
Войска ПЕТА также проникались антияпонскими настроениями. 14 февраля 1945 г. восстал батальон в г. Блитаре. Его руководители, индонезийские офицеры и сержанты, надеялись вдохновить своим примером всю армию ПЕТА, подняв ее на восстание. Захватив город и перебив японцев, батальон закрепился на горе Келуд. Но всеобщего восстания не последовало. Гора была вскоре окружена плотным кольцом японских войск. Повстанцев обманом принудили к сдаче и судили. Руководители были казнены или брошены в тюрьмы, батальон расформирован.
Активизировались и подпольные антияпонские организации. Группа Гериндом (Движение молодой Индонезии) во главе с молодыми коммунистами Айдитом, Лукманом, С. Кертапати вела пропагандистскую работу среди военизированных индонезийских формирований. Две другие группы успешно действовали среди транспортников и нефтяников, организуя акты саботажа и диверсий. Среди организаций мелкобуржуазной радикальной молодежи, оповещавшей население о японских поражениях на фронтах, выделялась группа Сукарни — А. Малика, сумевшая подчинить своему влиянию роту ПЕТА в местечке Ренгасденгклок близ Батавии. На Западе исследователи незаслуженно выделяют деятельность подпольной группы С. Шарира, в которой было много бывших членов Пендидикан. В сущности, активность ее сводилась к прослушиванию передач Би- би–си и контактам, с одной стороны, с молодежными антияпонскими группами, с другой — с Сукарно и Хаттой. Легально существовал «Интернат индонезийской независимости» во главе с умеренным националистом Субарджо и коммунистом Виканой. Он был основан в конце 1944 г. в столице при содействии японского контр–адмирала Маэды, раньше других японских военачальников осознавшего неизбежность скорого поражения Японии и сделавшего ставку на контакты своей страны в будущем с независимой Индонезией, а не голландской колонией. В этой своеобразной «политакадемии» преподавали Сукарно, Хатта, Шарир и другие крупные лидеры национального движения.
Таким образом, в начале 1945 г. в оккупированной Индонезии начали складываться предпосылки для воссоздания антиимпериалистического антиколониального фронта.