29 сентября и на этой территории мирный период развития революции окончился: в джакартском порту высадились передовые части английских войск. В октябре три дивизии Великобритании, укомплектованные в основном индийскими солдатами, заняли главные портовые города Явы и Суматры. По англо–голландскому соглашению (август 1945 г.) эти войска обязывались передать власть «законному правительству Нидерландской Индии». И хотя на первых порах, застав в бывшем НИ эффективную республиканскую администрацию, английский командующий вступил с нею в сотрудничество на Яве и Суматре (тем самым признав ее де–факто), скоро англичане заявили о непризнании РИ как «креатуры японцев». С их транспортных судов стали высаживаться голландские войска в британской форме, а также персонал НИКА (Гражданской администрации Нидерландской Индии)[28]. Джакарта оказалась под контролем англо–голландских войск. Глава НИКА фан Моок занял в столице дворец генерал–губернаторов. Все протесты РИ английское командование игнорировало. Голландцы развернули серию провокаций против республиканцев с явной целью развязать колониальную войну и вовлечь в нее англичан. На жизнь лидеров РИ, включая и президента, голландскими солдатами были совершены покушения.
Что касается японцев, то их командующий еще 10 сентября публично заявил, что официально передаст управление союзным войскам, а отнюдь не РИ.
Но сам факт провозглашения независимости не прошел бесследно, он разбудил революционную активность масс. Пролетариат, не дожидаясь приказов, захватил в столице управление железных дорог, мастерские и депо, электростанции, фабрики, типографии. На предприятиях по всей Яве рабочие разоружили японцев, создавали свои отряды. Руководил борьбой Рабочий фронт. В Джакарте по инициативе молодежного и студенческого центра «Ментенг‑31», находящегося под руководством мелкобуржуазных радикалов (Сукарни, X. Салех) и коммунистов (Викана), 19 сентября был созван грандиозный митинг, чтобы продемонстрировать японцам и прибывшей англо–американской миссии связи решимость народа отстоять Республику. Несмотря на прямой запрет японского командования, почти миллион людей собрался на центральной площади. Японские солдаты буквально «утонули» в этом людском море. В очень кратком выступлении Сукарно заверил народ, что правительство отстоит независимость, и призвал присутствующих мирно и организованно разойтись по домам. Беспрекословное повиновение демонстрантов произвело глубокое впечатление как на японцев, так и на англичан и представителей НИКА.
Разоружение японцев продолжалось. В резидентстве Баньюмас (Центральная Ява) части ПЕТА во главе с Судирманом сумели без стычки отобрать оружие у крупной японской части, отдав затем Баньюмасскую дивизию. В начале октября 1945 г. республиканцы с боями разоружили японские части в Сурабае и захватили власть в городе. Но в конце месяца в этом крупном порту начали высадку кроме британских также и голландские войска в прямое нарушение обещаний англичан. Попытка интервентов оккупировать город вызвала ожесточенное сопротивление. Их унизительный ультиматум был 10 ноября 1945 г. решительно отвергнут республиканцами. Свыше двух недель слабо вооруженные, необученные лашкары успешно отражали натиск британских регулярных войск, поддержанных корабельной артиллерией и авиацией, но были в конце концов разбиты. Пять дней шли упорные бои с японцами в столице Центральной Явы Семаранге в середине октября. Подоспевшие английские части разбили и разоружили японцев, но Семаранг для РИ был потерян. В Бандунге индонезийцам с середины октября 1945 г. пришлось сражаться одновременно с британскими, голландскими и японскими частями. Только в конце марта 1945 г. республиканские войска вместе со значительной частью населения отступили, оставив противнику горящий город. В ноябре–декабре 1945 г. части ТНИ выступили против вероломности англичан, которые в обход властей РИ освобождали и вооружали интернированных в 1942 г. японцами голландских военнослужащих в Магеланге и Амбараве. С подходом Баньюмаской дивизии Судирмана 16 декабря противник был отброшен к Семарангу.
Внутренние районы Центральной и Восточной Явы остались за Республикой, и в январе 1946 г. в Джокьякарту, в самый центр территории Республики, было переведено правительство РИ (кроме МИДа); туда же перебрались Сукарно и Хатта, так как дальнейшее пребывание в оккупированной Джакарте стало небезопасным. Все эти бои, особенно битва за Сурабай, продемонстрировали всему миру, что Республика не «креатура Японии», а детище индонезийского народа, готового сражаться за нее насмерть. Уже 17 ноября 1945 г. под давлением английского командующего руководство НИКА было вынуждено вступить в переговоры с РИ, которые, однако, вскоре прервало.