Новому правительству не оставалось ничего иного, как. подтвердить уступки Шарира. Но голландцы, ухватившись и качестве предлога за несогласие Шарифуддина пойти на создание совместных полицейских сил, 21 июля 1947 г. начали против РИ колониальную войну, которую именовали «полицейской акцией», чтобы подчеркнуть «внутренний» характер конфликта. Между тем в ней участвовали две дивизии на Западной и одна — на Восточной Яве, а также три бригады на Суматре. Танковые и мотомеханизированные части с запада и востоке Явы, стремительно продвигаясь по асфальтированным шоссе, глубоко вклинились в территорию Республики, был высажен ряд десантов. В Джакарте был арестован почти весь состав МИ и еще не менее двухсот видных республиканцев. За две недели интервенты овладели всеми крупными городами Суматры и Явы (кроме Джокьякарты, Соло и Мадиуна), основными рисопроизводящими районами, нефтепромыслами и плантационными зонами Республики. Рассредоточенные, слабовооруженные войска РИ с боями отходили в районы бездорожья, где приступили к развертыванию партизанской войны.
Население оказывало ТНИ самую активную и самоотверженную поддержку. К началу 1948 г. войска Республики разрослись до 400 тыс. человек за счет партизан. По призыву СОБСИ рабочие в оккупированных городах уничтожали предприятия, вывозили оборудование. Сжигалась плантационная продукция. Рабочие и служащие саботировали распоряжения колониальных властей. В июле и августе СОБСИ обратился за поддержкой к международному пролетариату. В Голландии и Австралии рабочие развернули демонстрации протеста. Индия и ряд других стран Азии объявили, что запрещают использование своих аэродромов и портов голландскими самолетами и судами. С признанием Республики де–факто выступили Афганистан, Бирма, Саудовская Аравия.
Весь мир был возмущен вероломством Нидерландов. В конце июля 1947 г. спешно собрался Совет Безопасности ООН для рассмотрения жалобы РИ на голландскую агрессию. Показательно, что он заслушал представителя Республики Индонезии Шарира, но отказал в этом посланцам марионеточных «штатов». СБ ООН потребовал немедленного прекращения огня. Вместе с тем предложения СССР добиться отвода враждующих сторон на исходные рубежи и обратиться к предусмотренному лингаджатским соглашением международному арбитражу в составе комиссии из представителей всех стран–членов Совета Безопасности были дважды отклонены голосами представителей колониальных держав и США. Вместо этого была принята резолюция о создании Комиссии добрых услуг (КДУ) с наблюдательными функциями. Голландия избрала в КДУ представителя колониальной Бельгии, РИ — Австралии, а двое избранных делегатов — представителя США Грехема.
Под нажимом СБ ООН 4 августа правительства Республики и Нидерландов отдали приказ о прекращении огня. Но взаимное ожесточение было столь велико, что война продолжалась. Так, 10 ноября голландская армия оккупировала весь Мадура. Стойкое сопротивление РИ, реакция СБ ООН и международная изоляция заставили Гаагу согласиться на перемирие с Джокьякартой. Но в качестве условия голландцы требовали признания демаркационным рубежом так называемой «линии фан Моока», которая соединяла вершины танковых клиньев, глубоко вонзившихся в территорию РИ, и вывода частей Республики из промежутков между клиньями — «карманов». Это означало, что за РИ оставалась лишь треть ареала Явы и около трех четвертей Суматры. Правительство РИ отказалось, в свою очередь потребовав возвращения оккупированных территорий. Переговоры зашли в тупик.