Но голландцы просчитались. Ни один из стратегических этапов им не удалось претворить в жизнь в соответствии с планом. Обезглавить Республику не удалось. Утром 19 декабря Сукарно и Хатта успели по радио оповестить мир о вероломном нападении голландцев, призвать народ к сопротивлению и назначить Чрезвычайное правительство РИ на Суматре во главе с находившимся там министром Щафруддином Правиранегара. «Блицкрига» у голландцев также не получилось: ТНИ и лашкары сумели в течение 2—3 недель перегруппировать силы и развернуть тотальную партизанскую войну, причем не только на территории РИ, урезанной Ренвиллом. Дивизии Силиванги и Сунгконо совершили рейды соответственно на давно отторгнутые от РИ запад и восток Явы (при этом частям Силиванги пришлось сражаться как с голландцами, так и с ТНИ — армией Даруль ислама); морская пехота завязала успешные бои в джунглях Южного Калимантана. Следуя тактике партизанской войны, разработанной командующим войсками РИ на Яве полковником А. X. Насутионом, ТНИ одновременно наносили удары по многочисленным объектам противника, вынуждая его дробить свои силы, создавать сотни укрепленных постов, где, впрочем, голландские гарнизоны тоже чувствовали себя в безопасности только днем. Аналогичное положение сложилось на Суматpe. Ряд городов (например, Мадиун) находился в осаде и мог снабжаться голландцами исключительно по воздуху. К марту 1949 г. ТНИ вела уже наступательные действия, причем силами свыше батальона. Трижды ее отряды атаковали Джокьякарту; 1 марта они даже захватили столицу РИ и удерживали ее свыше шести часов.
Население с энтузиазмом поддерживало свою армию. Разулась всенародная освободительная война. Образовалось множество освобожденных районов, сложилась система управления ими военными командирами РИ. 22 декабря А. X. Насутион провозгласил создание Военного правительства на Яве. Проводилась «тактика выжженной земли»: уничтожались голландские заводы, склады экспортной продукции, плантационные постройки. Крестьяне отказывались принимать гульдены голландской Индии, предпочитая им полукустарно отпечатанные рупии Республики. По призыву Сукарно развернулась акция гражданского неповиновения: служащие перестали выходить на работу, рабочие прибегали к забастовкам и саботажу. Из полумиллионного населения Джокьякарты с оккупантами сотрудничало лишь несколько тысяч человек.
Не удались и попытки голландцев утаить свои военные неудачи. Ширящийся размах партизанского движения, захват Джокьякарты частями ТНИ, неспособность НИКА наладить управление захваченными городами — все это получило широкую известность и подорвало в штатах позиции опоры голландцев — местной аристократии и разномастных политических авантюристов, укрепило прореспубликанские симпатии большинства населения. Бесцеремонное хозяйничанье голландцев в штатах не оставляло сомнения в том, что это засилье сохранится и после создания СШИ. В знак протеста против оккупации территории РИ на Яве и Мадуре, правительства трех штатов в декабре 1948 г. ушли в отставку. БФО (Федеральная Консультативная Ассамблея) под давлением населения штатов заявила об отказе от участия в Конференции круглого стола(КМБ), готовящейся голландцами в Гааге, впредь до восстановления республиканского правительства в Джокьякарте.
Итак, вторая колониальная война, развязанная голландцами привела к результатам, противоположным ожидаемым. На волне общенародного сопротивления населения РИ в середине 1919 г. спонтанно развернулось восстановление единого антиимпериалистического фронта, причем этот процесс распространился на всю территорию бывшей Нидерландской Индии.
ОСУЖДЕНИЕ ГОЛЛАНДСКОЙ АГРЕССИИ МИРОВОЙ ОБЩЕСТВЕННОСТЬЮ. СОГЛАШЕНИЕ РУМ—ФАН РОЙЕН
Существенное воздействие на исход конфликта оказала растущая международная изоляция Нидерландов и НИКА. Вторая колониальная война справедливо была оценена всем миром как вызов международному сообществу. Уже в декабре 1948 г. и январе 1949 г. СБ ООН принял резолюции с требованием прекратить огонь, освободить и возвратить в Джокьякарту правительство Республики. Обструкция западных держав предотвратила принятие двух более жестких и последовательных советских резолюций, предусматривавших помимо указанных мер также осуждение голландцев как агрессоров и немедленный отвод их войск на позиции, занимавшиеся до 19 декабря 1948 г. В марте, однако, СБ пришлось продублировать своё решение, так как оно не выполнялось. Но приближавшаяся сессия ГА ООН, включившая в повестку дня рассмотрение индонезийско–голландского конфликта, грозила голландцам полной изоляцией.